Me 410B-2/U4 安装了威力巨大的 BK-5 加农炮，对轰炸机可以一击致命
整个 1943 年夏季，德国空军高层关于如何部署和武装 Me 410 执行特定任务的争论日益激烈。而一种有着“万金油”称号的飞机执行这些任务还是存在一定的危险性，很多计划在起草阶段便告终止。米尔希提出装备一个联队 Me 410 执行鱼雷攻击任务的提议最终被放弃。作为“闪电”轰炸机的 Me 410 给英国带来了一些麻烦，但对未来空战的战局产生不了多大影响。不过 Me 410 最为重要的作用还是在与美军轰炸机的对抗中，具体的表现便是挂载飞机翼下的 21 厘米火箭发射器。第 25 试飞特遣队曾测试过 30 毫米口径的 Flak 18 型高炮，但该炮的载弹量仅为 12 发，且无法在飞行中由无线电操纵员进行弹药装填。使用不同型号 500 公斤炸弹也被列入考虑范围之内，最为有效的是 SC500（炸药/重量比率 50％），但炸弹装入弹舱后，炸弹与炸弹舱门间存在 10 厘米的间隙。战斗机总监阿道夫•加兰德计划组建三个驱逐机大队，这些大队将装备携带特殊武器的 Bf 110 和 Me 410，这些武器可能是后坐力很大的 5 厘米口径 BK5 机炮或前面提到的 Flak 18，各种武器改装套件将在未来加装。
填装 21 厘米火箭
梅塞施米特 Me 210/Me 410“大黄蜂”驱逐机发展史 侠影之谜 Part13
随着 Me 262 的生产走入正轨，本土防空成为德国空军的首要使命，航空部要求 1944 年年底将 Me 410 的月产量提升至 280 架。米尔希坚持认为，Bf 110 在空战中的作用无可替代，Me 410 则是重要的昼间空战武器。三支 Me 410 大队于 1943 年秋季投入实战，其中两支为昼间战斗机大队，剩下一支为轰炸机大队。3 个大队都没有达到满编状态。佩尔茨上校曾就自己对这些大队的看法与加兰德交换过意见，他本人坚决支持将 Ju 188 当作轰炸机使用。他的部分意见不乏合理之处。B-29（注5）的作战高度预计为 Me 410 和 Me 209 无法达到的 10,000 米，但测试显示，配备 GM1 系统的 Me 410 能飞抵 11,500 米。不过要飞至这样的高度，飞机可能必须牺牲掉自卫炮塔和无线电操纵员，梅塞施米特对这类改装的可行性进行了大量研究。
注 5：德国空军一直担心美军会将 B-29 投入欧洲战场。实际上，B-29 二战期间仅被用于太平洋战场。
ZG26 的 Me 410A-1（3U+CC）420292
有关 Me 410 与 Ju 188 孰优孰劣的争论正式展开，加兰德及他领导的战斗机部队是 Me 410 的拥护者，维尔纳•鲍姆巴赫（Werner Baumbach）上校和佩尔茨则站在反对者的一边。米尔希在这场辩论中扮演了仲裁者的角色。亨舍尔总工程师弗里达格继续坚持生产 Ju 88 和 Ju 188，方便日后转产 Ju 388。现在看来，弗里达格的意见还是颇有远见的，一年后的 1944 年夏季，德国空军计划集中生产 5 种作战飞机，用这些飞机执行德国空军的全部作战任务。Me 262 将成为主力战斗机和“闪电”轰炸机；Ar 234 用于轰炸和侦察任务、Do 335 将成为战斗机、轰炸机和侦察机；Ta 152 是活塞式高空战斗机；Ju 388 是标准高空战斗机和夜间战斗机，用来拦截德国认为将会参战的 B-29。
德国空军最高司令部测试单位的罗韦尔上校认为，Ju 188 在操纵性和性能上更具优势，作为夜间战斗机 Ju 188 也要胜过 Me 410，但他最为青睐的还是 He 219 夜间战斗机。
1944 年德国本土防空战中的 Me 410，隶属 ZG26
但这只是他一项情愿的想法。在这一时期投产 Ju 388 是不可能的，为此，亨舍尔将不得不废弃 Me 410 和 Ju 188 的生产夹具。Ju 388 至少要到 1944 年 9 月方可交货，而到这时 Me 410 至少可完成 170 架。这样算来，亨舍尔一前一后要少生产 850 架飞机。
“高度”问题受到了佩尔茨上校的特别关注，他强调，即使为 Me 410 配备能使飞行高度提升到 13,000 米的 DB603G 发动机，该机仍将因缺乏增压座舱和翼载过高而不适合高空飞行。米尔希和加兰德坚称 Me 410 是一种优秀的战斗机，但两人同时不忘安抚轰炸机支持者，保证增加轰炸机的产量，但这有赖于更多的资源投入。
不同的发动机配置及有关戴姆勒-奔驰的争论一直持续到 1943 年秋季。速度和性能始终是个急切的问题，为 Me 410 和 Ju 88 加装喷气发动机的建议接受了严格的审查。每台 BMW 发动机重约 540 公斤。为 Me 410 加装喷气发动机可能会带来翼载过高的问题，但可通过实施减重措施加以缓解，相关手段不外乎拆除自卫炮塔装甲和第二名乘员。航程是另外一个值得注意的因素，在正常情况和布局下，Me 410 的续航时间 2 小时 20 分钟，增加额外的喷气发动机后会急剧减少。
Me 410 编队
戴姆勒-奔驰和梅塞施米特两家企业间一直摩擦不断，这样的合作关系在战争期间对梅塞施米特战机上的发动机性能的发挥造成了不良影响。而德国在战争期间为新式高压缩比发动机添加低标号滑油更令上述情况雪上加霜。DB605 发动机在发展中遇到抛油环问题的困扰。Me 410 起初使用的 DB603 发动机性能虽然优于 DB605，但仍然离不开抛油环。
II.ZG26 的 Me 410 翼下安装 21 厘米火箭并联发射筒
发动机性能的其他方面有着深层次的根源。发动机制造商通常按飞机的性能来研制发动机。发动机公司设计、制造和测试新发动机样机。有人认为，德国发动机制造商仅生产发动机本体，包括增压器、排气管及发动机短舱在内的其他部件只在最后总装时安装。戴姆勒-奔驰总监纳林格尔（Nallinger）否认了上面的说法，他坚称没有一种梅塞施米特飞机（Bf 109、Me 210、Bf 110 和 Me 410）符合发动机安装文件规定的要求，滑油压力总是被设定的过高。