在训练任务中座舱内还可安排两名坐在固定折叠小座位上的教官，在紧急情况时，教官需要抛掉舱门和登机梯，并放下前起落架，头朝下穿过座舱入口才能跳伞。但该系统并不是很可靠，在 1987 年 9 月 28 日导致了两名教官的死亡。这次事故后，美国空军限制该机在包括低空飞行的任何任务中乘员都是 4 名，教官需要替换其他乘员。
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B-1B 具有复杂的航电系统，包括自动飞行控制系统，负责导航、武器管理和投放的进攻性航电系统（OAS）、以及防御性航电系统（DAS）。
OAS 是数字式可编程系统，可在飞行中按任务要求重新规划。OAS 具备不借助任何光学和激光瞄准系统的传统炸弹的精确投放能力。OAS 的关键部分是其雷达系统，并没有单独的地形跟踪雷达，被并入主攻击雷达系统的一个独立的模式。
B-1B 安装一台单天线的威斯汀豪斯 APQ-164 雷达，该雷达发展自 F-16 的 APQ-66，采用一个固定的相控阵天线，呈一定倾角以把敌方雷达波向下反射，有如下 11 种模式：
1、真实波束地形测绘模式 2、高分辨率地形测绘模式 3、速度修正模式 4、地形测绘信标模式 5、地形跟踪模式 6、地形回避模式 7、精确位置修正模式 8、高空校准状态 9、会合信标模式 10、会合模式 11、气象探测模式
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导航系统包括辛格-克佛特 SKN2440 惯导系统，特里达因·瑞安 APN-230 多普勒速度传感器，陀螺稳定系统，航位推算系统和雷达高度表。在每次任务前，该系统需要用参照点校准，但在紧急情况下，飞机可依靠内存校准模式起飞。
ARN-118 战术空中导航系统（TACAN）可提供 480 千米远处的 TACAN 信标的方位和距离，该系统有两个 UHF 天线，一个在 DSO 和 OSO 座位顶部弹射舱门之间，另一个在右发动机短舱下方。ARN-108 仪表降落系统（ILS）的嵌入式天线安装在机鼻上方。APX-105 信标的天线安装在垂尾顶部前端，在与加油机会合时用于增加 B-1B 的雷达信号特征。
在垂尾前缘安装有 ARC-190 HF 无线电的嵌入式天线，耦合器安装在垂尾与机脊的交界处。ARC-171 UHF 无线电的小型刀状天线安装在机背，另外在每个发动机短舱前下方还各有一个天线。副驾驶负责操作 King KY-58 保密语音视距无线电。B-1B 在后期加装了 ASC-19 卫星接收机，其天线安装在座舱后上方。APX-101A 敌我识别器（IFF）共享 UHF-2 在机背和左发动机舱下方的天线。
DAS 系统是专门设计用来探测敌雷达或导弹威胁的综合电子对抗套件，通过采取相应的对抗措施来保护飞机的安全，包括电子干扰或释放箔条和红外干扰弹等手段。DAS 由 4 个子系统组成：无线电频率监视/电子对抗系统、尾部告警系统、防御管理系统、以及负责释放箔条和红外干扰弹的消耗性对抗系统。B-1B 没有防御武器。
DAS 由伊顿 ALQ-161A 系统和 ASQ-184 管理系统组成，DAS 会探测敌方雷达波，特别是来自防空和导弹制导雷达的辐射，然后将这些信号储存在威胁数据库中，为每个信号排列出威胁优先级，然后发出大功率干扰信号按优先级对其进行干扰或迷惑。该系统也可以管理被动式防御系统，释放出箔条弹致盲敌雷达或红外干扰弹诱骗敌红外制导导弹。DAS 的大多数电子设备安装在座舱后的航电舱中，其余的安装在左右翼根侧面整流罩内，以及机尾处。接收机的天线安装在较钝的机尾锥内，向安装在主起落架舱内的电子设备发送信号。座舱后的机身两侧上方和后机身两侧安装了一些大型刀状天线，其余天线安装在机身透波材料区域内。
