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地形跟踪系统的另一个问题是会产生虚警，在前方没有障碍物时会做不必要的爬升，这不仅会干扰到机组的操作，还缩短了飞机的疲劳寿命。B-1B 的地形跟踪系统在设计时力求稳妥，但收到障碍物信号后立即操纵飞机以 2.4g 的加速度持续爬升 10 秒钟的反应也太过激了。在一些任务中虚警情况甚至每三分钟就会发生一次，罗克韦尔进行了一些软件修改，但问题始终没有得到完全解决。
DAS 在初期服役中的表现也不如人意，可靠性不佳，在一些情况下人们发现该系统实际上是在干扰本机。系统无法发现、定位或识别一些苏联在 80 年代陆续装备的型防空雷达，同样问题也出现在苏联新型截击机和导弹上。在整个 80 年 B-1B 都在进行持续升级，导致在这一时期没有两架 B-1B 的设备是完全一致的。
1986—1987 年美国空军开始升级 DAS 系统，第一阶段是进行 B-1B 机队的 DAS标准化，第二阶段是加入诸如可选择手动或自动干扰这类的新特性。大多数的升级工作是在软件上，也有一些硬件改动。1988 年中期升级 DAS 的 B-1B 进行了首飞。但该系统在同时处理大量雷达信号时还存在问题，这也是可覆盖 8 个波段的 ALQ-161A 系统架构的根本性问题，也一直没有得到彻底的解决。苏联解体，冷战结束，B-1B 不用执行高风险的低空突防任务后，美国空军对 DAS 系统的升级才不那么迫切。
最终美国空军与波音签订了防御系统升级项目（DSUP）合同，靠不住的 AN/ALQ-161 被洛马的 AN/ALQ-56 雷达告警接收机和桑德斯综合防御电子对抗（DECM）无线电频率子系统取代，2003 年开始试飞。
在服役的最初几年 B-1B 还一直出现燃料泄露的问题，在问题的高发时期，地勤需要频繁将飞机停在斜坡上清洗。现在泄露问题已不那么严重，漏油频率大大降低。
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该机的中央综合测试系统也有问题，该系统是用来辅助维护的，可自动提示飞机上要注意的问题并指出可能的原因。但由于系统过于复杂，反而产生了许多的假警报，对维护工作产生了不利影响。假警报是由于传感器故障，错误的配线和软件 BUG 导致的。经过不断的升级，虚警率已大大降低。
1987 年 9 月 28 日 B-1B 84-0052 与一只大鸟相撞，导致一个发动机燃起无法控制的大火，机组被迫跳伞弃机。不幸的是 6 名机组中 3 名丧生（其中两名是教官）。这起事故导致美国空军开始对 B-1B 如何针对鸟撞进行“硬化”展开调查，并确定该机的鸟撞高发部位很脆弱，其中包括机翼/发动机短舱连接处以及支撑结构、垂尾底部、机翼接头内侧的翼套前缘。承包商匆忙设计了硬化钢板制造的防护罩套件。
1990 年 3 月 1 日 B-1B 获得正式绰号“枪骑兵”，但流传最广的非正式绰号却是“骨头”（Bone——B-one）。
1990 年 12 月 20 日所有 B-1B 由于 F101 涡扇发动机叶片出现裂纹而停飞。作为临时解决方案，该发动机的第一级包容机匣被替换成装甲钢制造的较厚的机匣，并开始执行更严格的风扇叶片检查程序。
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最初 B-1B 都装备了 SAC。1991 年 9 月 1 日所有 SAC B-1B 联队的名称从“轰炸机联队，重型”简化为“联队”，反映出 SAC 联队同时装备轰炸机和加油机的事实，所有 B-1B 中队的名称也从“轰炸中队，重型”简化为“轰炸中队”。
随着冷战的结束，所有美国空军的轰炸机自 1991 年 9 月 27 日起开始停止核警报任务。1992 年 6 月 1 日 SAC 解散，轰炸机部队全部移交给空战司令部（ACC）。ACC 是 SAC 和战术空军司令部（TAC）的融合，负责操作美国空军的所有轰炸机和美国本土基地的战斗机、攻击机、侦察机以及战斗救援飞机。空中加油机和运输机则被划给个空中机动司令部（AMC）。
由于迫切的核威胁不复存在，美国空军的 B-1B 开始了多阶段常规任务升级项目（CMUP），以提高 B-1B 的常规任务和生存能力。在 CMUP 中，所有之前的 B-1B 都被定义成为核任务优化的“Block A”。项目的第一阶段（Block B）引入改进型合成孔径雷达和改进型 AN/ALQ-161A DAS 系统，降低了虚警率并改善了系统的整体可靠性。下一阶段是 Block C，赋予 B-1B 挂载各种集束炸弹（CBU）的能力，50 架 B-1B 的炸弹模块经过改装后具有 10 个炸弹挂架，可挂载 10 枚 454 千克的 CBU，每个弹舱内可安装一个模块。通过修改软件后，B-1B 可挂载 CBU-87、CBU-89 和 CBU-97 集束炸弹。一些经过 CBU 改装的 B-1B 弹舱内也可安装改装过的常规武器模块，可挂载 Mk 82 通用炸弹，投掷精度比 CBU 更高。在 Block D 升级中，B-1B 具备挂载 908 千克 GBU-32 联合直接攻击弹药（JDAM）的能力，此外还安装了通讯/导航管理系统（CNMS），该系统包括 AN/ARC-210 抗干扰无线电和 GPS，以及用于精确制导武器的 Mil-Std 1760 数据总线界面。1998 年 2 月 11 日 B-1B 进行了首次 JDAM 试飞。Block E 使用更现代化的系统取代了现有任务计算机，增加了 AGM-158 联合空面防区外导弹（JASSM）、AGM-154 联合防区外武器（JSOW）、风向修正布撒器（WCDM）等武器的发射能力。Block F 安装了 AN/ALR-56 综合防御电子对抗系统和一个新型的光纤拖曳诱饵，取代了过渡性的 AN/ALE-50。B-1B 重新布置弹舱后还可挂载常规空射巡航导弹（CALCM），而这违反了第二阶段核裁军条约（START II）。
