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B-1B 缺席了“沙漠风暴”行动，官方的解释是所有 B-1B 都需要在美国本土进行核警戒。其实当时 B-1B 正遭遇发动机叶片裂纹的问题，DAS 系统也出现各种问题，也许 B-1B 缺席的真正原因是还未做好作战准备。不管怎样，当时的 B-1B 的确还不具备常规武器投射能力。
1998 年 12 月 16 日在“沙漠之狐”行动中 B-1B 首次参战。由于伊拉克拒绝与联合国武器核查人员合作，美国派出一支远征军来报复伊拉克。第 7 轰炸联队第 9 中队和第 28 联队第 37 中队的两架 B-1B 从波斯湾沿岸的阿曼起飞，轰炸了伊拉克西北阿尔库特兵营内的几个目标，第二天 B-1B 又执行了两次任务。在这些任务中每架 B-1B 都挂载了 30,164 千克的 Mk 82 炸弹，前部和中部弹舱的常规武器模块上有 28 个炸弹挂架，后部弹舱有 20 个炸弹挂架。
在北约介入科索沃的“盟军”行动中，南达科塔州埃尔斯沃斯 AFB 第 28 轰炸联队的 5 架 B-1B（第 77 中队 4 架，第 37 中队 1 架）被部署到费尔福德英国空军基地进行支援。这些飞机都完成了最新的 CMUP 升级，安装了雷声 AN/ALE-50 光纤拖曳干扰机和诱饵，还能挂载 24 枚 JDAM，但当时 JDAM 仅允许 B-2A“幽灵”挂载。1999 年 4 月 1 日开始执行任务，到 5 月 17 日 B-1B 机队执行了超过 60 架次的作战任务，出动率 100%，一次典型的任务持续 7—8 小时，通常每架飞机挂载 84 枚 Mk 82 炸弹。
911 事件后，美国针对阿富汗塔利班武装和基地组织发动了代号为“持久自由”的军事行动。在战争初期，第 28 轰炸联队的 8 架 B-1B 作为第28空中远征联队部署到印度洋上的迪戈加西亚岛。2001 年 12 月中旬，B-1B 又从迪戈加西亚岛转场到阿曼的苏姆莱特空军基地。
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B-1B 枪骑兵先后装备了美国空军如下部队：
第 7 联队，德州戴伊斯 AFB，1993 年 10 月 1 日接收的第 96 轰炸联队的 B-1B。 第 9 轰炸中队 第 13 轰炸中队，1999 年 3 月增补为第二支训练部队 第 28 轰炸中队，1984 年 10 月 1 日划入第 7 联队 第 33 轰炸中队，首个形成作战能力的 B-1B 中队，1994 年 10 月 1 日解散，装备移交给第28轰炸中队