另一方面，由于 908 千克炸弹的威力过大，近距支援时恐有误伤友军之虞，因此空军已经将 227 千克炸弹改装的 GBU-38 制导炸弹整合到 B-1B 上。
继续改进的 Block E 批次整合 CBU-105 与 JSOW，以及 JASSM 远程巡航导弹。CBU-105 是利用惯性制导的集束炸弹，射程与精确度较差。新服役的 JSOW 利用较长弹翼使其可以滑翔数十公里远，还有隐身外型可以穿透雷达防空网，但两者都利用集束弹头来压制防空飞弹阵地。JASSM 射程为 300 公里以上，下一代的增程型则达 500 公里以上，B-1B 可携载 24 枚。由于 JASSM 的射程未达到战略巡航导弹的门坎，所以并不违反限武条约，但其隐身外型与精确的光电寻标器使其可以穿透并攻击远程防空系统。
Block F 批次则加强电子系统的能力，预计将 ALE-50 拖曳诱饵换成 ALE-55 光纤诱饵。两者的差别是 ALE-50 是独立运作的干扰器，ALE-50 则会靠光纤与机上的干扰系统协调干扰波，让导弹吸引到飞机和诱饵之间，而不一定是诱饵自己。不过 2001 年开始测试以来遭遇连串失败，使计划在 2002 年取消。
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