不幸的是，Me 210 此后又有越来越多的问题不断浮出水面，1940 年 7 月至 1944 年 6 月，又有 12 架原型机相继完工，至此，计划中的 16 架原型机全部完成，其中最后一架为预生产机型。1940 年 7 月，已经有四架飞机进入服役测试阶段，梅塞施米特认为 Me 210 身上全部的操纵性问题已经得到解决。但 1940 年 12 月 19 日的一次试飞却表明事情没有这么简单。试飞中心的试飞员奈德哈特和马尔茨（Malz）当天试飞 Me 210V9 时，发现飞机大角度倾斜机动时会出现失速现象，这一缺陷在着陆时显得尤为危险，因为此时飞行高度过低，飞行员根本来不及采取应对措施。Me 210V9 出现致命的失速问题后，飞机不得不装上当初被 RLM 以重量过大、成本高昂为由否决的前缘缝翼。此外，起落架因明显的设计问题而故障频发。Me 210 这时已经开始驶下装配线，接受必要的测试和改进。
1941 年 6 月 16 日，Me 210V10 在降落中无法放出起落架只能机腹迫降
1941 年 10 月，V17（W.Nr.210011010）装上了加长的机身，直到 1942 年 2 月，该机一直在进行失速测试，最后换上了动力 DB605 发动机，成为 C 系列的原型机。
根据 1940 年 7 月出台的 17B 计划，Me 210 应于同年 7 月投产，1941 年 9 月达到每月下线 45 架的产量高峰。尽管遇到了大量棘手难题，德国空军最高司令部依然对飞机提出了更多的要求。Me 210 在设计过程中一直饱受朝令夕改之苦，而飞机的操纵性问题长时间没能解决。另外，虽然人们已经意识到 Me 210 座舱没有足够的空间来安装新型“里希腾施泰因”雷达，空军还是测试了该机的夜战能力。
1941 年 6 月 5 日，乌德特向梅塞施米特发出一份清单，列出了 Me 210 需要在全面投产前解决的问题：
Me 210 存在纵向摇摆现象，难以完成瞄准射击； 动力驱动升降舵应改为内置驱动升降舵； 机身需要加长，以加强起降稳定性 发动机存在失火隐患，必须与戴姆勒-奔驰协调解决； 机械增压器进气口的气动设计需做进一步改进； 俯冲减速时在纵轴方向出现的不稳定现象必须消除； 自动俯冲改出系统性能不佳。
Me 210V13 安装了电热除冰系统和自动散热器襟翼，也是原型机中唯一安装 4 叶螺旋桨的
梅塞施米特 Me 210/Me 410“大黄蜂”驱逐机发展史 侠影之谜 Part7
随后在 1941 年 6 月 27 日，乌德特又向梅塞施米特发去了一份私人信函，他在信中表达的情绪极为悲观，他指责梅塞施米特没能使飞机的安全性达到实战标准，同时在信上详细列出了在梅塞施米特飞机上发现的种种缺陷，其中包括要求强化 Bf 109 的机翼、Bf 110 和 Me 210 的起落架问题久治不愈以及 Bf 110 气动控制面的问题。乌德特还提醒梅塞施米特，作为朋友和一位知名飞机设计师，他必须对上述加以重视，并警告如果问题无法得到很快解决，他将为失败付出沉重代价。在信件的末尾，乌德特敦促梅塞施米特接受来自一线部队的意见。
1941 年 5 月 31 日，Me 210V13 在试飞中失去动力，紧急着陆中起落架无法放下只能机腹迫降
这封信件连同夏初至 1941 年秋初发出的一封封沮丧的信件预示着悲剧的到来。极具讽刺意味的是，当来自第 210 试飞大队——为在实战环境下解决 Me 210 问题而成立的测试单位发出第一份乐观的测试报告时，乌德特已经自杀身亡。从残存的报告来看，经验丰富的飞行员认为 Me 210 的操纵性和性能优于 Bf 110。航空兵器生产总监向奥格斯堡的梅塞施米特工厂派出的调查组在 1941 年 12 月证实了这一说法。雷希林试飞中心试飞员瓦尔特•施托普（Walter Storp）少校和埃德加•彼得森（Edgar Petersen）少校及工程师弗里达格一致认为 Me 210 是一种切实可行的飞机。
乌德特的继任者是艾哈德•米尔希，他对航空工业作出了大规模的改组。希特勒打算在短时间内结束东线的战事后，重新把注意力转回英国，要求届时将飞机的产量提高四倍。米尔希清楚的知道他只能把飞机的产量增加两倍。不久之后美国的参战和德军在东线的失利，迫使德军改变了原先的战略部署，以适应“全面战争”的需求。在这场战争中，Me 210 对战局发挥的作用相比其所耗费的巨大的资源显得微不足道。
Me 210 的量产进行的颇为顺利，计划在 1941 年 9 月达到每月生产 45 架的高峰。到 1942 年 5 月，梅塞施米特及其他飞机制造商已经完成了 499 架 Me 210，其中 100 架准备用于飞行训练，300 架将在完成改装后交付一线作战单位。按计划，从第 410 架飞机开始，量产机型将不再进行任何改进，但到 1942 年 8 月有关方面却又计划再次实施改进。Me 210 这时的主要角色已经变成对地攻击机，俯冲轰炸降格为次要作战能力。Me 210 若要加入四个新组建的对地攻击机联队（装备 Hs 129 和 Bf 109），可能需要加装会导致重量大幅增加的防护装甲。
1942 年梅塞施米特工厂中整齐码放的 Me 210 早期生产型机身
梅塞施米特 Me 210/Me 410“大黄蜂”驱逐机发展史 侠影之谜 Part8
Me 210 仍存在大攻角状态进入螺旋和在毫无征兆的情况下进入时速的隐忧，对一线飞行员构成了很大威胁。1941 年 12 月第二周，第 210 高速轰炸机联队第 1 中队（1/SKG210）的 3 架飞机着陆时受损。1942 年 1 月 15 日至 1 月 31 日短短两周的时间里，第 1 驱逐机联队第 1 大队（I/ZG1）的 8 架飞机坠毁，其中两架彻底被毁，三名机组人员丧生。米尔希则继续向制造商提出修改的细节要求，例如，一线作战单位一再呼吁加强装甲防护。普通飞行员在换装 Me 210 时，发现新飞机难以驾驭，其操纵性只有变得更为平易近人方能进入部队服役。