安装 BK5 的 Me 410A-1/U4 完成对 B-17 的截击后编队返航
梅塞施米特 Me 210/Me 410“大黄蜂”驱逐机发展史 侠影之谜 Part19
一份曾在航空兵器总监会议上被讨论的作战报告指出，飞行员们曾在 800 米距离上开火，但只有在距目标很近的位置上开火才能击落敌机，说明 Me 410 需要为 5 厘米机炮配发曳光弹。但 5 厘米机炮的射速很低（每分钟仅 50 发），射程超过 500 米便会出现出现弹道下沉现象。米尔希认为过短的弹道使曳光弹失去了实用价值，由于战斗机生产已成为德国空军装备生产的核心，只生产能有效对付轰炸机的驱逐机型 Me 410 势在必行。5 厘米机炮虽然是一件威力强大的武器，但却存在很多令人头疼的问题。Me 410 的机载武器的问题始终没能得到彻底解决，例如，38 型高爆炮弹（BK5 的炮弹）长度过长、MG151 的可靠性和威力令人满意，以及 MK103 仍有一些问题有待解决，早期型寿命过短的问题直到后期才得到妥善解决。
第3航空舰队曾试图将 Me 410 改装为夜间战斗机，但计划中的斜射炮从未安装。德国空军认为，Me 410 既然能在英国执行夜间轰炸任务，那么在欧洲大陆执行类似任务应该也没什么问题。航空部最后认定 Me 410 因翼载过高，不适合改装为夜间战斗机。
德国空军最高司令部继续围绕着 Me 410 应担当何种角色争论不休，它作为重型战斗机的作用直到 1944 年春才得到充分发挥。
皇家空军博物馆中的 Me 410 A-1/U2
1944 年 3 月 2 日，米尔希、福瓦尔德、一名来自最高司令部的代表及后来担任德国空军总参谋长的科勒将军出席了一次参谋会议。会上有人提出，鉴于战斗机部队目前存在的危机，对军机生产进行调整势在必行，而最佳手段便是削减量产机型的种类。Bf 110 将作为主力夜间战斗机继续生产，Me 410 是重型战斗机，但计划中的 C 型将被 B-3 型替代。科勒对这些计划表示赞同，他十分希望 Me 410 轰炸机停产。他认为 Me 410 对英国的空袭只能算是袭扰性质的行动，但他强调戈林必须批准所有相关提议。他声称最高司令部一致认为，生产指导方针只能依据空军的实际需要来制定，而不是空军希望得到哪些装备。科勒随后列出了德国空军的需求。他宣称，1944 年 2 月 1 日时的德国空军拥有 54 个战斗机联队 1,810 架飞机，实际需要是 52 个战斗机联队 5,656 架飞机，要满足这一需求，战斗机的产量要达到 2,660 架。至于驱逐机部队，现有的兵力时，现有的兵力为 11 个驱逐机联队 623 架飞机，实际需求为 24 个驱逐机联队 1,280 架飞机，要填需求缺口，月产量要达到 484 架飞机。米尔希的回应是相关计划正在制定中。科勒清楚的知道对手的情况，他举例说敌军战斗机数量达 12,000 架（英国、美国、意大利和苏联），盟军每月能补充约 5,000 架飞机，科勒认为德军也应当补充数量相当的飞机。
战斗机参谋部（航空部组织的一个紧急委员会，负责战斗机生产）在 1944 年 3 月成立时，米尔希估计飞行员训练不足是导致飞机损失的主要原因，由于飞行员出错带来的损失占总损失数量的 50~60％。他指出每架飞机的平均寿命为 2~3 年，并利用这一数字来说明航空工业界和作战单位的无能。譬如，30 架配 GM-1 系统的 Me 41 0完工后，因被列为不需要的装备，而闲置在机库内。部分装备 21 厘米火箭的 Me 410 只在 III/ZG26 服役了很短的一段时间后，就被换成其他机型。德国这时面临着严重的原料短缺问题，上面这些原本完全可以避免的浪费令许多德国高层官员十分恼火。
德国空军试图通过实行标准化来提高军用飞机的生产效率——发动机的安装便是一例，制造商最终同意把发动机散热器统一设在发动机前方。这种安装方式能加强发动机的防护，缩短冷却管线的长度及使许多部件更加靠近发动机，降低生产难度。此外，德国人还尝试用其他手段来改善冷却系统——一架 Me 410 曾试装了从英国“蚊”式战斗机上仿制的冷却系统。
1944 年 5 月，德国空军最高司令部下令把所有 Me 410A-1 和 B-1（均为高速轰炸机型）改装成重型战斗机。Me 410A-1/U2、A-1/U4、B-2、B-1/U4 及侦察机型 Me 410A-3 和 B-3 生产时不再安装俯冲减速板和其他与轰炸相关的装备。
尽管 Me 410 的生产在 1944 年夏季已接近尾声，德国人仍计划在它身上实施两项改进。一项是换装配有尺寸更大的机械增压器的 DB603AS 和同样配机械增压器的 DB603E 发动机。Me 410 在当年 6 月制定了 140 项改进措施，7 月增加到 240 项，到 9 月时，所有驶下装配线的飞机全为配 DB603 E的驱逐机型。其他改进措施包括将 Me 410 机翼换为面积更大的木质机翼，其内装有钢制翼梁。但由于 Me 410 此时已趋于停产，新设计的机翼未被采纳，但其发展经验后来应用于 Me 262。虽然新机翼没能走上生产线，有关相面还是在 8、9 月间进行了静力试验。
关于 Me 410 武器配置的争议一直持续到 1944 年夏季，这时的 Me 410 即将经历它不长服役生涯中的大多数战斗。各方在有关如何使用 5 厘米口径 BK5 机炮出现了很大分歧。1944 年 6 月，博兰上校强调了 ZG26 提交的作战报告：在一起事故中，13 架 Me 410 在波森（Posen）上空执行任务，其中一架装备 6 门 MG151，剩下 12 架配备 BK5 和 MG151。在与盟军战机的交火中，4 架盟军轰炸机被击落，但其中只有一架是 5 厘米机炮的战果，这架盟军轰炸机机翼被打出一个大洞，但仍能坚持飞行，直至被达索夫（Dassow）上尉用 MG151 击落。实际上，达索夫在战斗中耗尽了全部 5 厘米炮弹，充分说明 5 厘米机炮即使工作正常也发挥不了多大作用，更不用说与配有曳光弹的 MG151/20 机炮相比。在同一次会议上，福瓦尔德提出把 BK5 机炮的携弹量增加 2~3 倍，增至 140 发，他认为这样一来便能大幅提高 5 厘米机炮战绩。博兰对此提出了异议，他认为 20 毫米和 30 毫米机炮足以击落敌方轰炸机，而小口径机炮对飞行员的要求低于大口径机炮，能大大减轻飞行员的负担。