大量747用作货机，专用货机保留CX-HLS时代的艏门
客改货的则用侧门
NASA用747作为航天飞机的载机
波音则将747改装为超大容量的“大肚子”货机，将构件从全球运到西雅图，用于787的制造
747改装的加油机用于美国空军试验
E-4国家空中指挥中心
ABL机载激光武器系统
747改装的灭火飞机
波音747也用作军用。美国空军将一些可随时征用的民航波音747飞机命名为C-19，还有过用波音747货机补充C-5运输能力的计划，军用编号C-33。但最有名的军用波音747是有名的“空军一号”，军用编号VC-25。巨无霸的波音747代表了美国的工业技术，代表了美国的生活方式，代表了美国傲视世界的霸气，简直就是美国在蓝天的象征，是总统专机的理想平台。美国空军在1987年订购了两架波音747-200，用以替换在肯尼迪时代开始使用的波音707“空军一号”。有意思的是，美国空军舍弃已经投入航班服务的最新的波音747-400不用，而是选中已经过时的-200，保留随机工程师和机载无线电员（总统的通信系统另有专人、专用设备），可能是对电子系统在核大战的极端情况下的可靠性不放心。作为“空军一号”的波音747-200在机头锥上加装了空中加油装置，可以超量携载机油，通过不断的空中加油，可以连续在空中飞行达7天之久，以应付核大战时的极端情况。顺便说一句，“空军一号”有两个含义，一个是无线电呼号，不管总统坐什么飞机（直升机除外，总统的直升机的呼号为“海军陆战队一号”），这架飞机就是“空军一号”。“空军一号”的另一个含义是飞机的名字，这就只有用作总统专机的过去的波音707和现在的波音747用这个名字了，但严格来说，这是习惯称呼，并非正式称呼，只有无线电呼号才是正式的“空军一号”。新“空军一号”本来准备在里根任期后期启用，但种种技术原因使工期严重拖延，老布什成为新“空军一号”的第一个主人。
有意思的是，现在美国空军在招标下一代“空军一号”，规定要四发客机。但现今世界上还在生产中的四发客机只有波音747-8和空客A380。出于政治上的敏感性，“空军一号”不可能采用空客A380，所以空客根本懒得投标，波音747-8自动中标。计划确认采购两架，但有可能增加到3架。与现“空军一号”相比，航程从6735海里（足够华盛顿到东京）增加到7730海里（足够华盛顿到香港），当然，在空中加油支持下，直飞世界任何地方无压力。速度也略快一点，从M0.84增加到M0.855。与商用747-8相比，“空军一号”的改装重点在于电气系统，需要提供大得多的电力，满足各种机载系统和任务系统的需求。还要加装任务通信系统、医疗设施、总统套房、自卫电子战系统、自主地面运作支持系统（包括奥巴马在杭州G20使用的那种机腹登机梯），要求2024年交付使用。不过波音对747-8的未来生产计划是一个不定因素，波音不可能无视“空军一号”的需求，但为了“空军一号”而维持已经没有销路的747生产线也是不可接受的。新“陆战队一号”已经成为传奇，新“空军一号”将是一个值得关注的故事。
除了美国的“空军一号”，巴林、阿曼、文莱、印度、伊朗、科威特、巴基斯坦、卡塔尔、阿联酋也使用波音747作为王室或者政府专机，沙特王室有一架波音747SP和一架波音747-400专机，日本有两架波音747-400政府专机。
在70年代美国空军竟标新型加油机（ACTA）的时候，波音提出KC-33方案，用波音747改装加油机。最后ACTA被麦道得标，制造KC-10。但伊朗在伊斯兰革命之前，就用英国的软管加油设备将一批波音747改装成加油机，至今依然在使用。另一个20世纪70年代的军用波音747计划是波音747CMCA巡航导弹载机，用来补充B-1轰炸机，计划携带50-100枚巡航导弹，用旋转发射架发射。但美国空军最后决定部署更多的常规轰炸机，而没有继续这个计划。
真正实现了的军用波音747之一是E-4“国家空中指挥中心”，这是美国国家指挥体系的空中战略指挥所，即使爆发核大战，也能保持对核反击和全球战略行动的指挥。美国空军有4架E-4，常年保持24小时升空。另一架军用波音747还是试验性的，这就是YAL-1“机载激光武器系统”，这是国家导弹防御计划的一部分，用于试验在空中用激光击毁在上升阶段的弹道导弹。YAL-1的2号机在奥巴马时代被取消。
还有一架准军事的波音747是常青国际航空公司的灭火飞机，经过专门改装后，可以携带两万加仑的灭火剂。常青国际是一家专门承接外包空运业务和代人照管特种飞机的日常运作的公司，专长承接美国空军和美国邮政的外包服务，NASA的SOFIA由常青国际负责日常运作，波音的“梦幻运输机”也是交由常青国际负责日常运作。
A380虽然比波音747更大，但波音747依然保持着单机载客量的世界纪录。在90年代初埃塞俄比亚的门格斯图政权即将垮台之际，以色列出动34架次飞机，在36小时内将14500埃塞俄比亚犹太人（所谓“黑犹太人”，相传是圣经中示巴女王的后裔，也有说示巴女王的王国在现也门，真相有待圣经学者的最后澄清）空运到以色列。在1991年5月24日这一天，一架以色列的波音747运载了创纪录的1122人。本来计划最多只能运载760人，但饥荒中的埃塞俄比亚人体轻如燕，所以多装了好多。登记登机的有1087人，但还有好多婴儿藏在母亲的大袍子里一同上机，在机上还有两个婴儿降生。
从某种意义上说，波音747已经超过了美国的象征，而是成为西方的象征。但这也不尽是好事，有一段时间，波音747成为恐怖分子袭击的首选目标。在波音747进入航班服务的头一年的1970年9月6日，就有一架从阿姆斯特丹到纽约的泛美093航班的波音747被劫持。飞机后来飞到贝鲁特，再到开罗。在恐怖分子放走所有人质后，飞机被炸毁。1973年7月23日，日航404从阿姆斯特丹飞往阿拉斯加的安克雷奇时遭到劫持，飞机转飞迪拜、大马士革后，最后到达利比亚，同样在放走所有人质后，飞机被炸毁。历史上共有35架波音747遭到劫持或袭击，导致882人丧生。集中受到恐怖分子的攻击是泛美最终走向倒闭的重要因素，尤其是1988年12月21日苏格兰洛克比空难中损失的泛美103航班，机上259人加地面11人丧生。1985年6月23日，印度航空（Air India）182航班从多伦多飞往孟买的途中被锡克恐怖分子放置的炸弹炸毁，机上329丧生。这个案件至今没有完全结案，还在加拿大的印第和锡克族群中有极大的争端。