不过驾驶舱后的上层舱最初并非用于载客，而是头等舱的酒吧。这是因为FAA有紧急情况下90秒钟内所有旅客必须安全离机的要求，上层做不到。一直到后来救生技术改善了，上层载客也能满足紧急逃生要求后，上层才改造为头等舱，以后上层的“驼背”稳步加长，进一步增加头等舱座位。
由于90秒钟紧急撤离的规定限制，早期747的上层舱只能用于酒吧，不能载客，用于载客是后来的事
波音在设计中首创了故障树（Fault Tree）方法，确保单一系统或者部件故障不至于导致全面故障。波音还大量采用了冗余系统，四台发动机分别驱动四余度操纵系统中的一套，所有控制面都分段，保证有足够的备用。这些措施极大地提高了系统可靠性，先进增升装置的大量采用更使得波音747可以在标准长度的跑道上起落，两两对角成对的主起落架在只有一对还能工作时也能安全着陆。
但在波音747设计中，最大的问题还是来自发动机。如果用波音707或B-52上用的涡喷发动机，波音747至少需要8台发动机，系统的复杂性和油耗都受不了。特里普对C-5上用的通用电气TF39大流量比涡扇发动机的低油耗、大推力非常感兴趣。通用电气首创大流量比涡扇，但正忙于将TF39和C-5整合，没有多余的精力来顾及波音的需要，以TF39为基础的CF6要到很多年以后才可供波音747使用，罗尔斯·罗伊斯德RB211和衍生的Trent系列是更后来的事了。在CX-HLS的发动机竟标中落选的普拉特·惠特尼乘虚而入，奉上在CX-HLS竟标中落选的和TF39同级的JT-9D。问题是JT-9D是全新的发动机，直到波音747样机制成还没有试飞过。TF39也是全新的发动机，但空军对技术风险的承受能力和认证要求和民航完全不同，这个差别最终给波音747计划带来了极大的风险，波音为此几乎砸锅，不过这是后话。
波音747的尺寸空前巨大，在当时的民航客机中，连尺寸接近的都没有。波音747的机舱宽度几乎是波音707的两倍，机舱内的空气就有一吨重！波音747巨大的尺寸和重量对世界各地的机场跑道和登机设施带来很多问题，这些问题在不久前A380问世时又来了一遍。但对波音来说，最大的问题是生产设施，波音在华盛顿州兰顿（Renton）的工厂不够大，于是在华盛顿州靠近军用的佩恩机场（Paine Field）的埃佛莱特（Everett）另建了一个世界最大的飞机总装厂。即使不算埃佛莱特后来为波音767和波音777的生产扩建的部分，埃佛莱特的厂房体积至今仍然是世界最大，35米高，占地面积近40万平方米。沿厂房绕一圈的长度超过8000米，相当于穿越75个美式橄榄球场！但是埃佛莱特的厂房建设速度赶不及波音747计划疯狂的进度，第一架波音747是在没有封顶的厂房里完成的。
与此同时，波音进行了大量地面试验。波音747的驾驶舱远远高于同时代的其他客机，机头锥对地面的视界和地面操控需要试飞员的意见才能决定。首席试飞员杰克·瓦戴尔（Jack Waddell）设计了一个专用试验平台，将一个模拟的波音747驾驶舱安装在大卡车的顶上，用作地面滑行和操纵试验。人们将这个模样古怪的东西戏称为“瓦戴尔的大车”。
在5万波音人疯狂地赶工16个月之后，第一架波音747在1968年9月30日成功地下线了。但是JT-9D发动机还没有试飞，波音不敢将波音747首飞，一直到1969年2月才进行了第一次首飞。在波音首席试飞员瓦戴尔的操纵下，日后被人们称作珍宝机（jumbo jet，英文意思是巨无霸飞机，而不是中文中“珍宝”所表征的精巧的意思）的波音747凌空跃起，满载着波音和航空公司的希望，飞入西雅图的蓝天。
第一架747在总装中
萨特是当之无愧的“747之父”
但747是作为超音速客机投入使用之前的过渡设计的，萨特办公室墙上还可以看到很多超音速客机的设计方案
第一架747总装完毕下线，但因为缺乏发动机，还不能首飞
一代传奇的开始
1969年2月9日，波音747首飞
试飞表明，波音747的操控性能优良。试飞本身进行顺利，但问题接踵而来，最大的问题还是发动机。在10个月的试飞中，发动机故障87次，更换发动机55台，这显然是不可接受的。发动机的问题使20架已经装配完成的波音747没有发动机可用，但波音依然把一架波音747送到1969年的第28届巴黎航展展出，引起了轰动。在普拉特·惠特尼作了大量昂贵的修改后，波音747终于在1969年12月通过FAA验证。
发动机问题初步解决了，其它问题并没有远去。波音为波音747计划灌进了7亿5千万的巨资，公司已经倾家荡产了。但波音747的航程比预计的短了7%，加上其它种种初期设计和质量问题，泛美威胁要在每架波音747上扣押5百万美元的付款，直到所有问题全部解决。经过艰苦的谈判，泛美最后同意将扣押金减到2百万。更糟的是，20世纪70年代初，波音遇上了严重的财政困难，波音747研制的收尾全靠向银行借债才能付账，一旦银行停止借贷，波音就要立刻破产。这当口NASA的阿波罗登月计划开始收尾，波音的一大财源断流了。波音的“主力”客机计划波音2707因为野心过大和环保上的限制，其拨款被国会中止，也只有下马。
但是波音在深及咽喉的污泥潭中挺了过来，1970年1月15日，第一架波音747交付泛美，被命名为“青年美国快船”（Clipper Young America）号，以继承泛美用19世纪风帆时代驰骋于太平洋上的快船命名飞机的传统.。时任总统尼克松的夫人帕特·尼克松亲自出席命名仪式。仪式没有用传统的香槟酒，而是用红白蓝三色的水洒向崭新的飞机，红白蓝是美国国旗的颜色。不过第一艘波音747快船的命运比较坎坷，不到一年就成为历史上第一架被劫机的波音747，在1970年8月2日被劫到古巴去了。泛美为了改改运气，事后重新将这架飞机命名为“维克多快船”（Clipper Victor）号。但重新命名没有改变命运，1977年3月27日，这架飞机在加勒比海中加那利群岛坦纳里夫（Tenerife）的洛斯·罗迪奥斯机场和荷兰航空公司的一架波音747在地面滑跑中相撞，两架飞机上共583人丧生，至今是历史上单次伤亡人数最多的空难事故。可巧，出事时，机长的名字也叫维克多，但这是以后的事了。