3 月，II/ 和 III/JG27 及其 Stab（战斗轰炸机，下同）中队，Stab、II/ 和 III/JG77，I/ 和II/LG2 开始进驻罗马尼亚的各个机场，但南斯拉夫发生的政变打乱了希特勒的时间表。亲德的政府被推翻，新成立的政府废除了与德国的一切协议。3 月 25 日，元首签署作战命令。4 月 6 日，陆军在 1,200 架飞机掩护下同时进攻南斯拉夫和希腊。
南斯拉夫的 Bf 109E-3
南斯拉夫空军的战斗机只有很少几架逃到空中，别的都被击毁在机场上。Bf 109 第一次同室操戈——升空的是南斯拉夫空军第 6 战斗机团的 Bf 109E，幸好德军所有的战斗机都把引擎罩和尾翼涂成黄色才不至于混淆。
这架 JG27 的 E-7 把引擎罩、翼尖和机身环涂成黄色，方向舵上的涂层最早剥落
希腊的空军由一个布伦海姆轰炸机中队，一个格罗斯特“斗士”战斗机中队和两个飓风战斗机中队组成，那里的天气多少阻挠了德国空军的行动。4 月 13 日，6 架布伦海姆被 Bf 109 拦截，全部被击落。到 23 日希腊和英国军队逃往克里特为止，德军共损失飞机 164 架，英军损失 72 架。JG77 和 ZG26 乘胜追往克里特，肃清了剩下的盟军飞机，支援伞兵空降。5 月 22 日，I/LG2 的一架 E-4/B 无意中撞上英国海军的斐济号巡洋舰，用它的炸弹在侧舷炸开了一个大洞，30 分钟后，第 2 架 E-4/B 带着 500 磅炸弹飞来，击沉了斐济号。6 月 2 日，克里特战役结束。
巴尔干的恶劣天气使得发动机的更换更加频繁
“黑色 10”，III/JG77 的一架 E-3 在攻击一处皇家空军基地时被击落，没有把机鼻涂成黄色
7/JG77 的 E-4 在做起飞前的检查，似乎只要地面上拍的照片中飞行员总是很悠闲
此外，梅塞施密特还作了种种附加设施的尝试。他们将一架 E-8 的轮子换成雪橇（更像一对浮筒），并设计了一种托卸式的滑车以帮助在正常跑道上的起飞。当试验快结束时，空军已经在俄国经受了第一个冬天，发现雪地中起降不会有大问题。而加上额外的雪橇反而会影响飞机的气动性能，该项目遂告终止。
在机翼上下表面增加备用油箱的实验开始于 42 年，一架 E-4 用于该项目，加厚了机翼，对速度没有大影响，但最小转弯半径增大了，总体操纵性也稍有下降。由于部队的报告证明光是腹部的副油箱也足够了，这个项目也停了下来。后来把机翼上侧的油箱换成一个中空的容器，可以钻进一个敌后作战的特种人员和他的全部伞具装备，这架 E-4 于 43 年夏天试飞，获得成功。但空军对这种想法兴趣不大，所以从未投入实战使用。
1941 年 4 月 14 日，1./JG27 来到北非的 Ain el Gazala 机场，此前他们的战斗机在西西里进行了热带改装。在增压器进气口外面加装空气过滤器，并为飞行员提供一套沙漠中的逃生装具（应急口粮，水，信号设备，卡宾枪）。改装后的战斗机称为 Bf 109E/Trop。
这就是安装空气过滤器的原因！
19 日，1 中队的 E-4/Trop 和 E-5/Trop 开始战斗巡逻，与皇家空军 274 战斗机中队遭遇，击落 4 架飓风，自己损失 1 架。3 天后，3./JG27 到达北非，非洲军的战斗机和飞行员素质都凌驾于对手之上。I/JG27 大队标志是猎豹的头和眼睛瞪大的黑人，与他们在非洲的使命无关，这个标志早在法国战役开始之前就已经被使用了。
6 月 1 日，第 4 个 Bf 109E 中队从西西里来到加拉扎机场，只有 6 架飞机的 7./JG26 的中队长是骑士勋章获得者，43 次空战胜利的 Joachim Munchenburg 中尉。
这架 E-7/Trop 黄色引擎罩两侧的红心是 Muchenburg 中尉的个人标志
6 月中旬，英军发起战斧行动，隆美尔于 17 日发动反击，战斧失败。此后双方都在积攒实力，准备新一轮的攻势。大量战斗机、坦克和燃料通过马耳他送到英国人手中，而元首的眼光已经集中到东线，隆美尔的供给日见窘迫。直到 9 月 14 日，从俄国战场抽调出来的 II/JG27 才来到非洲，装备更新型的 Bf 109F 战斗机。从此，E 型卸下了一线战斗机的重任，到 42 年，只有战斗轰炸机部队和侦察部队还在使用 Bf 109E。
刚到非洲就开始战斗值勤，Ludwig Franzisket 中尉驾驶的这加 E-4/Trop 还使用的欧洲迷彩，正在为 II/St.G2 的斯图卡护航，从托布鲁克归来
非洲之星这时也只是刚到非洲的准尉，机身还是旧的涂色。欧洲式样的深蓝色飞行服，带着夏季飞行软帽
很有名的照片，1./JG1 的“白色 3”和“白色 8”正在巡逻，8 的机身环比 3 的宽得多
1 大队的飞行员在碰头，穿的既有欧洲式样又有非洲式样，身后的飞机涂装也是如此。只有第 3 架的上面部分是非洲迷彩：沙黄（79），橄榄绿（80），浅蓝（78）。机身的白色环是地中海地区的识别标志
ETC500，上面写着“取下挂架前先取下盖子”，而盖子上方则写着“锁住”。炸弹上写的是……“寸草不留”，可以很好的看到炸弹搭钩。
Barbarossa
在入侵苏联的前夜，德国的战斗机部队还在换装更新型的 Bf 109F，但参加巴巴罗萨的 440 架 Bf 109 中，大约三分之一还是 E 型。包括中央战区的 II/ 和 III/JG27，南部战区的 I/ 和 II/JG52，II/ 和 /III/JG77，I（Jagd）/LG2，北部战区的 II/JG54。虽然空军宣称：“Bf 109E 就足以消灭任何敢于升空的苏联战斗机，因为驾驶它们的都是最优秀的德国飞行员。”但对比法国战役中，投入 1,000 架 Bf 109 的数字，不禁要质疑德国是否有能力同时进行两线战争？此刻的德国战斗机部队分散在英吉利海峡，巴尔干和希腊，挪威和北非，440 架已经是能调集的所有力量。