在以色列,闪电II的全面停飞意味着在问题被解决之前101和105中队所有的任务都要被冻结。为了保持在作战状态下,12架闪电C从拉马特戴维基地飞抵哈佐尔,这些机体分别是:闪电305、309、333、337、350、360、367、368、376、384、386、389。这12架飞机由两支中队平摊,同时,一些闪电II安装回了早期型号的F110发动机,而且这些发动机也从拉马特.戴维基地运来。在检测了坠毁机型的动力系统后发现中间的风扇叶片出现了裂纹,导致了整台发动机的失效,问题被解决后,这些被借来的闪电C又还给了拉马特.戴维基地,而闪电II又开始了例行飞行。

  在1994至1995年间发现,以色列空军中的闪电I也因为剧烈飞行而出现了问题,飞机的翼粱和其它部位的骨架上出现裂缝。根据生产商所说的,这样的裂缝应该在飞机服役的晚期才会出现,这也证明了以色列空军飞行员过度使用飞机使其产生了过早的疲劳。同样的事情也发生在F-16A/B雀鹰机群中,所有的闪电I和雀鹰都更换了有裂纹的部件。

  就在闪电II重新回到现役后不久又发生了一起事故,这次事故让两架飞机报销,飞行员丧命。1995年7月18日黎明,一支101中队的闪电II D四机编队在地中海上空进行夜间飞行训练。就在中空平安无事的飞行时,两架飞机(闪电II 606和660)突然在空中相撞,其中闪电II 606机组中队长容.施洛摩(Ron Shlomo)和领航员尤瓦尔.本尼亚明(Yuval Binyamin)身亡,第二支机组成功跳伞并获救,事故的原因从未被查明,之后253中队的中队长尼莫德.舍费尔(Nirmord Sheffer)中校接任101中队的中队长。

  1995年117中队派驻到南部欧夫达(Ovda)基地的一支分遣队的一架飞机遭受了中度损伤,正在进行空战训练的时候,闪电356的翼尖掉了下来,这一切都发生在飞机飞过另一架飞机尾流的过程中。这次训练任务离开被取消,飞机降落,但是飞机完成修复后又回到现役中。1997年12月23日,还是117中队,这次是闪电304在完成训练返航后遭遇到的事情,起落架放不下来。在和塔台咨询了之后,决定用机腹迫降,或者确切的说是机腹副油箱。飞行员在天上烧掉一些油料,而地面上则在为飞机迫降做准备。跑道被清除并喷上了泡沫,用来降低飞机和炮弹摩擦产生的热量。飞行员的进场做得很漂亮,副油箱触地后尽可能时间长地将飞机保持水平,值得注意的是,就算这架飞机停下来了也没有倒向侧面,受损的只有机鼻空速管。第二天,这架飞机被大型起重机吊起来,运入机库仔细检查,最后发现左起落架设备的一根管脚断了,使得起落架无法放下。这架飞机很快被修好,然后回到现役中。

  就快进入新千年的时候,一些事故又影响到了拉马特戴维基地的闪电机群,主要的原因还是发动机问题。1998年8月9日,110中队的预备役飞行员拉菲.魏斯曼(Rafi Weisman)起飞进行例行训练,但是飞机起飞没多久发动机就失效了,他在距离地面仅800英尺高度跳伞并受了轻伤,但这架闪电368则完全损毁。1999年3月28日,109中队的闪电031正在地中海上空进行例行训练,突然,飞机发动机冒出火焰,机组尝试重启起火的发动机未果,最终,机组跳伞并被救走。但是在2000年3月27日,闪电077的机组就没这么幸运了,当时这架飞机正在模拟低空拦截直升机,快到20:00的时候,在机组说完最后一句话10秒不到,飞机就坠毁在地中海里了,飞行员尤纳坦.贝京(Yonatan Begin)和领航员利奥尔.哈拉里(Lior Harari)身亡,看起来像是能见度太低导致机组撞海。

进入21世纪

  到了2000年末,闪电机群已经成为以色列空军拦截和对地攻击的主力,随着F-4E大锤和A-4天鹰的不断退役,雀鹰机群的数量也在不断壮大。然而,这些飞机都被使用了近10年和20年,面对着新的、长远的挑战,也需要更新的飞机。同时新的武器也被引入5支闪电中队,显著地提高了中队的作战潜力。

  寻找新一代战斗轰炸机的计划始于1991年,受到了海湾战争影响的同时还和闪电II抵达哈佐尔平行展开。以色列空军起初彻底的寻找下一代战机来取代现有的F-4E,一开始,主要的竞争者是改进型的F-16和专用型的F/A-18。和F-16不一样,以色列空军完全不熟悉F/A-18,因此派出了一只队伍前往美国学习。后来,在1993年,麦道派出了2架F/A-18D前往以色列接受评估。装备闪电II的105中队接待了他们一个月,并且针对当时以色列空军最先进的飞机展开了一系列的测试,闪电C/D和F-15隼,结果由于F/A-18需要改进的地方过多而被放弃,而且采购的价格也更高。最终,在1993年,F-15的衍生型F-15E被批准出售给以色列,主要是打消以色列反对美国向沙特出售F-15S的疑虑。以色列空军很快就接受了,1994年2月签署了购买25架F-15I雷电(希伯来文:רעם,发音:Ra’am)的合同,69中队受命将在1998年1月开始接受换装。闪电机群不再是以色列空军中最优秀的对地攻击机群,因为新的雷电安装有更高级的航电设备、更远的航程、更强的通用性、更大的载弹量。

  1996至1999年间开始寻找一种更加先进的战斗轰炸机:这里面有2种选择:追加F-15I的订单,或者新型号的F-16D,Blk 52批次的F-16I风暴(希伯来文:סופה,发音:sufa),后者比起雷电更加便宜。于是在1999年和2000年分别签下了2笔订单,购买102架F-16I。第一批飞机的交付在2004年2月开始,F-16I毫无疑问将从闪电手中接过远程全天候轰炸的担子。但是特殊的F-16I测试型在2006年才抵达以色列,一个临时的方案就是将601测试中队的闪电C 301改装成“半F-16I”水准,这架飞机可以挂载保形油箱,增加的仪器和航电设备与F-16I保持一致,尽管这只是一架单座的F-16C。

  相比起雷电和风暴,闪电的级别确实要低一些,但是距离表现出它的全部战斗力还相差很远。为了和雷电及风暴的技术持平,“老旧”的闪电也做出了很多改进,使其战斗力比之前更加强大。主要的升级还是在航电和武器系统方面,从1987年起,以色列空军就授权独自对所有闪电的飞控、任务和武器计算机进行软件升级,这样使得它们能够提升表现并能够使用新的武器弹药。这些升级的软件经常由以色列空军软件工程中心的一支专门的队伍制作,其中包括电脑技术专家和闪电机组成员。这些持续的工作直到2006年才完成,当时做出了一个决定就是要用风暴上的设备完全替闪电上换老旧的计算机和座舱显示器。起初,升级闪电的软件是基于风暴的软件基础之上的,并且和洛.马在沃斯堡的工厂进行合作。现在,风暴上的一切软件和硬件都被用来升级闪电,第一架改进后的“闪电2020”在2007年完成,然后被送至601中队进行了一系列的测试。2010年,整个升级包被宣布可以投入使用,接下来是一系列专门针对哈佐尔基地闪电II机体的升级,同样在拉马特.戴维基地,闪电I机体的升级也平行展开。尽管在闪电2020项目开始时开始考虑到了,但风暴上的APG-68(V)9还是没有取代闪电上的APG-68(V)5雷达。