整场战争中，德国的燃油供应一直紧张，这是各种军事行动的控制因素。主要的燃油供应以及唯一的航空汽油供应为第 13 号合成工厂，同时有一小部分供应来自 3 个 从1944 年开始运作的较小工厂。提炼燃料所用的原油主要来源是罗马尼亚的普罗耶什蒂（Ploesti）油田和匈牙利油田，它们共同提供了 1943 年液态燃料供应的四分之一。此外，在德国和奥地利境内存在一个小型但重要的油田。1943 年 8 月，普罗耶什蒂地区的炼油厂遭受了高风险而又代价巨大的低空轰炸。这些攻击收效甚微，燃油输出持续增加，直到 1944 年 4 月轰炸重新开始。1944 年的轰炸和多瑙河的布雷行动极大减少了罗马尼亚的原油输出。在 1944 年 8 月，苏军的占领彻底杜绝了（普罗耶什蒂）原油供应，对合成燃油的需求相比先前更为迫切。合成燃料工厂的产量一直在稳定下降，到 1944 年 7 月，每个主要的工厂均遭到过轰炸。在袭击开始前，这些工厂平均每个月生产 316,000 吨燃油。在 7 月，燃油产量下降到 107,000 吨，到 9 月下降到 17,000 吨。合成燃料工厂生产的航空汽油产量从 4 月的 175,000 吨下降到 7 月的 30,000 吨，以及 9 月的 5,000 吨。在 11 月和 12 月，产量有所回升，但相对该年的其余数据来说，只是被轰炸前的细小片段而已。
B-24 轰炸罗耶什蒂（Ploesti）油田
德国人将空袭视为灾难。委员会获取的文件资料之内，在写给希特勒的一系列信件中，未来的危机被一个月比一个月更清晰地勾勒而出。在 6 月 30 日，斯佩尔写道：“到 6 月 22 日，敌人成功将我们航空汽油的损失增加到九十个百分点。只有加速受损工厂的恢复，才有机会部分挽回这些可怕的损失。”信件后续内容的语调大致相同。
与滚珠轴承/飞机制造厂的空袭相同，德国采用了最积极的步骤以修复燃油工厂。又一位强权人物埃德蒙•盖伦伯格（Edmund Geilenberg）走马上任，他再次被赋予了对人力和资源的完全优先权。盖伦伯格使用了 35 万人之多以修复、重建和疏散被轰炸的工厂，以及新的地下工厂建设。合成燃油工厂的内部结构极其复杂，它们无法简单地拆解和分散。在战争终结时，疏散转移和地下建设的计划并没有完成。
轰炸过后的莱那（Leuna）合成燃油工厂
在极短时间内，合成燃油工厂的生产部分恢复。但和滚珠轴承工厂不同，在恢复生产之后不久它们再次遭受空袭。莱那（Leuna）工厂的范例便较为典型。莱那地区拥有最大规模的合成燃料工厂，由高效率的烟雾伪装设施所和欧洲地区最密集的高射炮火所保护。航空兵战士将前往莱那的空袭视为战争中最危险和困难的任务。莱那在 5 月 12 日遭受轰炸，停止运转。但是，对工厂记录的调查和和对莱那官员的审讯揭示了数千劳力在 10 天左右的时间里使其部分恢复了运作。该工厂在 5 月 28 日再次遭受空袭，但在 6 月 3 日部分恢复了生产，并在 7 月初达到了 75 个百分点的原产量。它在 7 月 7 日继续遭受空袭并停止运转，但在 2 天后重新开始部分运作，并在 7 月 19 日达到 53 个百分点的原产量。7 月 20 日的空袭再次使运作停止，但这只维持了 3 天时间，7 月 27 日工厂的产量恢复到 35 个百分点。7 月 28 日和 29 日的空袭使工厂瘫痪，未来 8 月 24 日、9 月 11 日、9 月 13 日、9 月 28 日、10 月 7 日的轰炸使其一直停滞。然而，莱那工厂在 10 月 14 日重新开工，虽然生产被 11 月 2 日的一次小型空袭所干扰，它仍在 11 月 20 日恢复了 28 个百分点的原产量。虽然工厂在 11 月和 12 月遭受了 6 次大规模空袭（被天气干扰而成效甚微），它在（1945 年）1 月恢复了 15 个百分点的原产量，并一直维持在该水平，直到临近战争结束。从第一次空袭到最后，莱那工厂平均保持着 9 个百分点的原有生产率。它一共遭受 22 次空袭，其中 20 次由美国陆军航空军发动， 2次由英国皇家空军发动。基于消灭该工厂生产能力的迫切需求，多次任务在恶劣的气候条件下执行。因而，精确轰炸莱那的命令便没有其他目标的高优先权。为了赢得莱那的战斗，一共消耗了整整一年的时间，起飞了 6,552 架次轰炸机，投下 18,328 吨炸弹。
德军丢弃在巴德贝尔卡的空燃料桶
“今天我们完成了重建工厂的任务，明天轰炸机会再来的。”
从 1944 年 5 月开始，燃油的消耗便超过了产量。燃油储量被迅速地消耗，在 6 个月之后实际上已经接近枯竭。燃油生产的损失被装甲部队所深切感受到。8 月，飞机发动机出厂前的试车时间由 2 小时下降到半小时。由于缺乏燃油，本来已然削减过的飞行员训练时间被进一步缩短。在整个夏天中，德国装甲部队由于战斗损失、运输不便以及燃油紧缺，在野外的行动受到越来越多的限制。到 12 月，根据斯佩尔的证词，燃油的储量已经达到悲惨境地。当德国人在 12 月 16 日发动反攻时，燃油储量已经不足以支撑这次行动，他们只能指望夺取盟军的燃油储备。因而，许多装甲部队由于燃油耗尽被损失。在 1945 年 2 月和 3 月，德国人在维斯瓦（Vistula）的巴拉诺夫（Baranov）桥头堡聚集了 1,200 辆坦克以阻挡俄国人的进攻。它们缺乏燃油，动弹不得而被击溃。
对合成燃料工厂的空袭同样消耗了德国的复合氮以及甲醇供应，此外包括相当可观的橡胶供应。
和其他工业国家一样，德国通过合成工序来取得复合氮的供应，合成燃料工厂是最大的供应方。百分之六十的复合氮生产和百分之四十的甲醇生产通过两个合成燃料工厂提供。在合成燃料工厂遭受空袭之前的 1944 年初，复合氮的月产量为 75,000 吨。在年底时，其月产量降低到 20,000 吨。
复合氮，除了作为爆炸物不可缺少的组成部分，还被广泛应用于德国的农业。在 1943～1944 农事年中，占据了 54 个百分点的比例；在 1944～1945 农事年中，原定占据 25 个百分点的比例，随后被完全清除。通过减少用于农业的份额，用以制造军需品的复合氮得以维持，但到了 1944 年年底，这种应急方法也最终于事无补。爆炸物供应也最终随着复合氮的减少而削减。弹壳需要炸药和非爆炸物的岩盐混合进行填充。在战争末期，在所有的战线上出现了普遍的弹药短缺现象。高射炮弹的短缺同样存在；操纵高射炮的单位被告知禁止向敌机开火，除非它们正要攻击该单位专事保护的工厂或者“炮弹绝对能击中这些敌机”。