作为容克斯公司早期探索的一个典型例子，Ju 86 的风格更接近于试验飞机，很多设计细节都显得过于理想化了。例如：外八字式起落架虽然结构坚固、布置简单，却导致了飞机的主轮距太小，一旦着陆时姿势有所偏差、或者侧风较大，就容易造成失事。事实上，从现存的 Ju 86 事故图片中可以看出，外八字起落架导致了相当多的降落事故。无论是作为轰炸机，还是作为运输机，这种缺点都是难以容忍的。
由于起落架折断而导致的降落事故
虽然 Ju 86 设计时就考虑了搭配其他的发动机，但整体设计中，显然把容克斯 Jumo 205 系列航空柴油机做为第一选择（这里可能也有容克斯公司效益最大化的意图在作用）。虽然可以期望以降低耗油率的手段来增加航程，但由于柴油机的功重比要比汽油机小，导致实际驱动功率太小（Jumo 205 的功率不到 BMW 132 的 80%），直接导致了航速和有效载重的下降，而这明显不符合空军最初的主要性能排序要求。特别是 Jumo 205 航空柴油机采用的对置活塞形式，不但结构复杂，而且维护困难，可以当之无愧的称为“地勤人员的噩梦”，承受粗暴操作的能力也远不如当时日趋强大的航空汽油机。
可收回的腹部枪塔也是一个败笔，虽然理论上可以改善射手工作条件，有利于发扬自卫火力，但实际上却会增加飞行阻力，使得飞机本已不佳的机动性进一步下降，不啻于为敌人设立了一个稳定的靶子（不能不说“垃圾桶”的绰号还是很实在）。
更加不幸的是，作为当时世界上唯一一种高空侦察机的 Ju 86P/R 系列，也没有把高度上的绝对优势保持多久。在西线，很快就遭到了新型“喷火”的痛击；而在东线，MiG-1/3 系列高空战斗机也对其构成了有效的威胁。
凡此种种，都直接导致了各型 Ju 86 的迅速边缘化，直至悄然淡出人们的视野。而容克斯公司在吸取相关经验教训后，设计、生产的 Ju 88 系列飞机，以其优越的性能，获得了德国空军的青睐，在二战中得到了广泛的应用，再次向世人证明了容克斯公司的实力。
型号 Jumo 205A Jumo 205B/C Jumo 205D Jumo 205E 时间 1932 1934 1934 ？ 气缸数 6 6 6 6 缸径（mm） 105 105 105 105 冲程（mm） 2×160 2×160 2×160 2×160 排量（L） 16.6 16.6 16.6 16.6 压缩比 17：1 17：1 16.7：1 ？ 转速（rpm） 2,100 2,200 2,800 2,500 长（m） 1．53 1．94 2．24 ？ 宽（m） 0．44 0．6 0．65 ？ 高（m） 1．32 1．33 1．27 ？ 重量（kg） 510 570 595 ？ 最大功率（kw） 404．5 441．3 647．2 515 持续功率（kw） 308．9 375．1 478．1 ？
其它几种 Jumo 航空柴油机参数表 （注：？表示缺乏相关数据，多数是因为战争导致的资料散失造成的）
型号 Jumo 204 Jumo 206 Jumo 207B/C Jumo 208 时间 1931 1940 ? 1941 气缸数 6 ？ 6 6 缸径（mm） 120 ？ 105 130 冲程（mm） 2×210 ？ 2×160 2×160 排量（L） 28.6 35 16.6 25.5 压缩比 17：1 ？ 16.2：1 ？ 转速（rpm） 1,800 ？ 3,000 2,800 长（m） 1．46 ？ 2．17 1.06 宽（m） 0．51 ？ 0．91 0.89 高（m） 1．51 ？ 1．48 1.44 重量（kg） 750 ？ 865 ？ 最大功率（kw） 551．6 882 735 1,100 持续功率（kw） 441．3 ？ 551 735
关于 Ju 86 的总产量，现在的航空文献仍未有确切记载。在 1962 年 4 月出版的《容克斯揭密》卷 2 中，统计出了如下的 Ju 86 产量：原型机 5 架，生产型 543 架，特许生产 292 架。到 1939 年后，已完成了产量中的很大一部分，不久以后，多数都被转为运输机；它们接下来以新的设计号出现在航校和其他使用单位的统计表上。同样的情况还出现在将它们改装为 P 系列和 R 系列高空轰炸机和侦察机时，在 1939 年至 1943 年间大约有 50 架飞机接受了改装。
基于这些信息，可以确定 Ju 86 的所有亚型总产量在 850 至 950 架之间，包括了特许生产的数量。
结构图注释
1、 方向舵调整片 2、 升降舵配重 3、 可调整平尾 4、 尾上机枪手（半遮蔽舱盖） 5、 无线电测向天线 6、 隔舱壁 7、 纵桁 8、 纵骨 9、 弹舱（可携载 8 枚 125Kg 炸弹） 10、 辅助燃油箱 11、 襟翼配重 12、 副翼配重 13、 燃油箱 14、 滑油箱 15、 容克斯 Jumo 205 柴油发动机 16、 容克斯－汉密尔顿可调距螺旋桨 17、 皮托管 18、 轰炸瞄准手/前机枪手 19、 无线电 20、 飞行员 21、 弹舱门 22、 发动机散热器 23、 翼肋板 24、 翼桁条 25、 配重 26、 容克斯“双重”襟翼 27、 尾下机枪手吊篮 28、 升降舵调整片