除了 30 架 Ju 86G-1 在 IV/KG 1 用于转换训练之外，战争爆发后不久就不再有 Ju 86 在一线部队服役了，它们全都被分配到了数目众多的 C 级航校。1942 年末成立了两个运输大队：KGrzbV 21 和 KGrzbV 22，总共拥有 58 架 Ju 86，用于向被困于斯大林格勒城下的第六军提供补给。当行动持续到 1943 年 1 月时，两个大队总共损失了 42 架 Ju 86。当年 3 月这两个运输大队被解散，幸存的 16 架 Ju 86 被交还给 C 级航校。
斯大林格勒战役中担负运输任务的 Ju 86
随着战争的升级，帝国空军不得不把他们的“后备飞机”也拿了出来。1943 年 12 月 1 日的飞行器规划（转换）要求升级大量的二手 Ju 86。
在布拉格的列托夫装备处，15 架修复的飞机和从操作单位来的一些 Ju 86E 安装了 BMW 132 发动机和更大的燃料箱用于远程行动。这些经过改装的飞机被给予了 Ju 86E-10 的型号，可是改装的合同只有部分得到了完成。从航校和其他单位提交的损失报告可以看出，在训练飞行中损毁了相当数量的 E-10。
另外，列托夫还有计划将从操作单位抽调来的 24 架 Ju 86E-6/E-8 轰炸机改装为教练机，它们得到了 Ju 86E-12/E-13的型号，并在 1943 年 10 月底开始交付。这个合同同样也只得到了部分完成。
在 1943/44 年冬季，Ju 86 开始在巴尔干半岛被进行的反游击作战。
Ju 86P 和 R 高空改型
继“特种照相飞机”Ju 86V9 问世后，自 1936 年底以来一直作为空中照相平台使用着。1939 年 9 月，RLM 授予容克斯公司一个合同，要求以最快的速度生产 40 架 Ju 86 高空侦察机。经过多年对高空飞机的发展（Ju 49 和 EF 61），容克斯公司的丰富经验现在可以发挥作用了。容克斯采用了 Ju 86G 的机身作为未来高空侦察机的基础，在第二架原型机上截去了整个玻璃机鼻，换为高空增压座舱。到了 1939 年 11 月，主要的结构工程已经基本完毕，紧接着就安装了全套设备。同时计划安装的 Jumo 207 发动机也开始测试。不久之后，容克斯的两位试飞员，Heintz 和 Seibert 驾驶 Ju 86PV1（D-AHUB）进行了第一次试飞。另外的两架原型机分别于 1940 年的 2 月和 3 月交付，装备了增压座舱和 Jumo 207A-1 六缸直列柴油发动机。第三架原型机（Ju 86PV3）安装了翼展增大至 25.6m 的新机翼，这进一步的改进使得该机可以达到 13,000m 的升限。
Ju 86P/R 的高空增压座舱。取消了机首机枪
开始时 Ju 86P 系列没有装备自卫武器，但不久以后就在机尾增加了一挺 MG 17 机枪（被称为“喷火”）。还改进了武器投放和燃料系统，在 Ju 86P-1 和 P-2 上有四个挂弹架，可以携带 16 颗 ZC/SC50 或者 4 颗 SC250 通用炸弹。在挂弹架之后是两个容量分别为 1,290 升和 1,130 升的机体油箱，还有两个容量 152 升的润滑油箱以及一个容积 60 升的冷却液箱。无线电通讯系统是一套 FuG X 无线电台，另外安装了一套 PeilG V 系统用于导航。还装设了两套 FuBI 1 ILS 系统。到了 1940 年 8 月，这些原型机进行了 43 次 10,000m 以上的高空飞行，其中包括了第一次夜间高空飞行。
用于改装的 Ju 86G-1 机体
容克斯工厂的技术人员正将增压座舱安装在 Ju 86G-1 的机体上
1940 年夏，容克斯交付了第一架 Ju 86P 以执行对英国的侦察任务。另外的飞行计划还包括在巴巴罗萨计划开始之前以波兰和罗马尼亚为基地对苏联进行的侦察。由于发动机的延误，只有 8 架转换生产的改型在 1940 年 12 月初整备完毕。新机在雷赫林测试基地的测试一直进行到 1941 年春。仅仅几个月之后，容克斯就开始了 Ju 86P 的进一步改进型——Ju 86R-1。这种改型由更大功率的 Jumo 207B-3 柴油发动机驱动，带动新的四叶螺旋桨。同时基于 Ju 86P-3 的经验，还提高了设计性能。第一架 Ju 86R（生产号 0421）交付于 1941 年 11 月，另外四架 1942 年 4 月交付，分配到 Kommando Rowehl 大队。
飞行员只能通过梯子进入 Ju 86R-1 的增压座舱
除了 Kommando Rowehl 大队以外，Ju 86 还进入了其他单位服役。1942 年春在克里特的 Kastelli 部署了 Ju 86P-2。很多在埃及和北非上空执行的侦察任务都是由这个基地出发的。在 1942 年 8 月 24 日以前，这种侦察机没有遇到过任何挑战。然而就在这天，一架喷火 Mk V 在开罗空成功的击落了一架 Ju 86P-2，当时的飞行高度是 12,000 米。几天后，又有两架 Ju 86P 在 Aboukir 上空因为敌机的攻击而损失。
1942 年 9 月，喷火已经可以迫近在英国上空进行侦察的 Ju 86P，但没有成功击落其中任何一架。但由于这种威胁，德国空军的指挥官停止了更多的这些高空侦察机的昼间飞行。
Ju 86P 原型机的 Jumo 207 柴油发动机
在此期间，容克斯工厂正致力于设计一种更好的高空侦察平台——P-3 型，其中少数飞机是由 Ju 86R-1 系列改装的。Ju 86R-1 高空侦察机被列入了具有高度优先生产权的“S”类里面。
经过改进的 Ju 86R，翼展增加到了 32.0 米，高空型 Jumo 207B-3/V发动机修改了进气口，采用了四叶全金属 VDM 螺旋桨，于 1942 年夏完成。鉴于敌人的战斗机性能有了很大的提高，而对于 Ju 86 性能的任何进一步改进都要付出极大代价，Ju 86R-1 和 R-2 的合同被大大地削减了。
容克斯的设计师们希望可以通过安装 Jumo 208 或者 Jumo 207D 或 E 型发动机来进一步提高性能，但是这些动力装置只是在试验台上安装过。为 Ju 86R-3 安装一台 DB 605T-0 复合增压发动机的设想也被否决了，因为 Ju 86 的机身横截面积对于这种发动机来说，实在是太小了。