1937 年 2 月，预生产型 Ju 86B-011（生产号 860952，使用 Jumo 205C 发动机）以 Ju 86Z-1（登记号 VH-UYA“劳伦斯•哈格拉”）的 型号，经中途多次停留飞往澳大利亚。这次远航引起了世界的关注，还不到 8 月，这架飞机就再次回到了德绍，并恢复了原来的登记号 D-AGEY。
Ju 86 还在南非进行了飞行——有时在恶劣的天气条件下。当时南非还是大英帝国的一部分。南非航空公司“南非 航空”（South African Airways，SAA）订购了下列的 17 架民用型 Ju 86Z-3 和 Z-7 飞机：
型号 登记号 机名 编号 Ju 86Z-3 ZS-AGE 路易斯·特里查德 未知 Ju 86Z-3 ZS-AGF 理查德·金 未知 Ju 86Z-3 ZS-AGG 卢克·图巴格 未知 Ju 86Z-3 ZS-AGH 约翰·克拉多克爵士 未知 Ju 86Z-7 ZS-AGJ 大卫·巴尔德将军 未知 Ju 86Z-7 ZS-AJE Gert Maritz（后改为 Sarel Villiers） Ju 86Z-7 ZS-AJK Hendrik Swellengrebel 未知 Ju 86Z-7 ZS-AJL Cecil John Rhodes（后改为 Daniel Lindley） Ju 86Z-7 ZS-ALN 海格里斯·罗宾逊爵士 未知 Ju 86Z-7 ZS-ALV President Steyn 未知 Ju 86Z-7 ZS-ANA J·乔丹·斯普里格爵士 862017 Ju 86Z-7 ZS-ANB Hendrik Potgieter 862018 Ju 86Z-7 ZS-ANC 本杰明·杜班爵士 862019 Ju 86Z-7 ZS-AND 查尔斯·森莫谢特勋爵 862020 Ju 86Z-7 ZS-ANE 西蒙·冯·德斯特尔 862021 Ju 86Z-7 ZS-ANF 简·冯·里比克 862022 Ju 86 K1 ZS-ANI —— 862041
第一批 5 架 Ju 86 以 Ju 86Z-1 的型号在 1936 年底交付，动力是罗尔斯•罗伊斯的茶隼发动机。由于 SAA 十分注重发动机的总体适应性，容克斯最后决定更换这些在非洲使用的飞机的发动机，用经过考验的普拉特•惠特尼的大黄蜂星型发动机代替，设计号改为 Ju 86Z-3。同样剩余未交付的飞机也按这个方案进行了改装，并给予 Ju 86Z-7 的型号号。改进后的第一批生产型于 1937 年 6 月开始交付给 SAA。
SAA 的 Ju 86Z-7 Daniel Lindley 号
南非空军（SAAF）只购买了一架 Ju 86K-1 军用型用于评估目的。1938 年 1 月 31 日，在著名的容克斯飞行员——罗伯特•恩图赫的操纵下，该机在南非进行了成功的演示。仅仅一年之后，1939 年 9 月 20 日到 30 日之间，两架交付给 SAA 的 Ju 86 在约翰内斯堡附近坠毁。
1939 年 SAAF 似乎接管了所有 SAA 的 Ju 86Z-3 和 Z-7。其中一些飞机在背部装上了.303 维克斯机枪。跟 SAAF 的 Ju 86K-1 不同的是，炸弹挂架是另外安装在机腹中线上的。
二战爆发之后，南非的 Ju 86 被给予了从 641 到 658 的编号。其中包括了 10 架来自 SAA 的飞机和机组，组成了所谓的“客机联队”。3 架服役于第 16 中队，作为海岸巡逻机在鲸湾活动，并在 1939 年 12 月发现了用来为德国袭击舰进行补给的“瓦图西”号邮轮。从 1940 年 5 月开始，10 架容克斯在第 12 中队服役，用于轰炸在阿比西尼亚和索马里的意大利地面部队。其中一架容克斯在 1940 年 9 月 3 日被击落。1941 年 5 月 1 日，剩余的 Ju 86 加入了在阿迪斯•阿巴巴重新组建的第 16 中队。这些飞机一直服役到当年的 8 月。其中一些飞机在 1942 年 7 月交给了驻在德班的第 22 鱼雷轰炸机中队。
在南非服役的 Ju 86 中有 10 架坠毁，一架被敌方击落，3 架用于运输。所有剩余的飞机除了一架外，都被送到第69航校用于训练。这些飞机一直服役到 1947 年，最终成为割炬的牺牲品。
容克斯 Ju 86 第一次飞进澳大利亚是在 1937 年 3 月初。这架飞机是按照澳大利亚德国纺织工业提供羊毛的交换协议下提供给澳方的，德国民航编号 D-AGEY。它的两台 600 马力的 Jumo 205C 垂直对置活塞 6 缸水冷柴油机，被一个报纸称赞为“长达 20 年试验的成就”。
“高强度和耐热的新型合金有了新发展，”该报道说。“当应用了这些新技术后，容克斯飞机的这种对置活塞推进动力就出现了。”
这种发动机最为引人注目的特点是燃油经济性，当航速达到 180 节时，每小时只需要消耗 20 加仑的柴油。
这架飞机的最大速度据说可达 368 千米/小时。文章还介绍了发动机的水冷方式，以及封闭式的客舱——使得舱内噪音降到了可以接受的水平。
劳伦斯•哈格拉夫号的机组
在降落到达尔文之后，这架芥末色涂装的飞机被换上了澳大利亚民航编号 VH-UYA。而早在离开德国之前，这架飞机已经被命名为“劳伦斯•哈格拉夫”——这位澳大利亚航空先驱的相框被安置在客舱里。
这架飞机可以运载 10 位乘客，4 月底被一位悉尼的羊毛经纪人签下。该经纪人从澳大利亚航空获取了许可，从 5 月中旬开始，使用 Ju 86 执行悉尼至 Townsville 每周两次的航班，因为后者运力不足，订购的新型道格拉斯客机还未交付。
Ju 86 在澳大利亚运营的时间很短，1937 年 8 月就返回了容克斯公司，这也许是因为持续不断的发动机故障（例如，一台发动机曾在 Timor 上空失效，另一次则是在 Coffs Harbour 降落时发生的），也可能是因为这架飞机再没有接到过包租业务。回到德国后，这架 Ju 86 重新登记为 D-AGEY，并在二战爆发之前被德国空军接管。由于残酷的战争，它最终的命运已经无法知晓。