一架Ju 86B-0（D-AKOP，“天命”）在卡利欧赢得了埃及航空俱乐部举办的第三届国际飞行大会（1937 年 2 月 22~26日）。在加入了经过卢克索的“绿洲飞行”、艰难地穿越了撒哈拉沙漠后，安全地回到了埃及首都。
另一个飞行记录是 Ju 86Z“劳伦斯•哈格拉夫”远航澳大利亚。总航程达 23,335km，总计飞行时间 69 个飞行小时。
在国外服役的 Ju 86
从一开始，Ju 86 就有了出口的计划。为了出口时达到更好的销量，Ju 86V4 用 BMW 132Dc 星型发动机取代了柴油发动机。同样的情况也出现在 Ju 86B-07（D-ANUV）上，这是一架 Ju 86Z-2 的原型机（在容克斯，Z 系列代表民用出口型，K 系列则是军用型）。除了 BMW 发动机之外，出口型还可以选择安装布里斯托尔的飞马发动机、格诺姆-雷诺的西北风 9K 发动机、普拉特•惠特尼的大黄蜂 S1E-G 发动机。
1936 年 5 月 15 日，一架 Ju 86 在斯德哥尔摩的 ILIS 航展上展出。结果 1936 年 6 月 30 日，瑞典首先订购了一架 Ju 86A-1，根据瑞典人的要求，安装的是普拉特•惠特尼的大黄蜂 S1E-G 星形型发动机。当年的 12 月 19 日，这架 Ju 86A-1k 交付给了瑞典。而此前一个月，瑞典又订购了另外的两架 Ju 86，1938 年 5 月 18日一架预定交付给瑞典的 Ju 86K-4 在交付飞行中坠入了巴伦支海。
瑞典后来又订购了 20 架以布里斯托尔飞马 III 9 缸星形发动机为动力的 Ju 86，因为瑞典从 1937 年开始就进行了这种发动机的许可生产。这些使用飞马发动机的 Ju 86K-4 被瑞典人称为 Ju 86B-3A，而安装了更大功率的飞马 XII 发动机的则被称为 Ju 86B-3B。
容克斯总共供应了 40 架 Ju 86K-4 和 K-5。1937 年 9月 3 日起，瑞典还在特罗尔海坦以 Ju 86B-3B 和 B-3D 的型号许可生产了另外的 16 架 Ju 86K-13。瑞典制造的第一架 Ju 86 于 1939 年 8 月首飞，当时安装的是飞马 III 发动机驱动，后来更换更大功率的飞马 XXIV。
Ju 86K-13 飞行在瑞典广袤的森林上空
第一架 Ju 86Z-7（SE-BAE“斯瓦兰”，生产号 860959） 民用型在 1938 年 3 月交付给瑞典的 AB 航空运输公司，动力为普拉特•惠特尼的大黄蜂 S1E-G。这架 Z-7 最后在 1940 年初被瑞典空军征用为轰炸机，机号 911。
直到 1948 年还有数量很少的 Ju 86 作为鱼雷轰炸机在瑞典空军中服役。它们随后被用作教练机和运输机，直到 1958 年才最终除役。
匈牙利政府在 1936 年向容克斯下达了 24 架 Ju 86 的订单。这些飞机由法国格诺姆-雷诺的西北风 14K 发动机驱动，发动机由布达佩斯的M.维斯公司许可生产。由于生产的延误，63 架 Ju 86 中的第一架在 1938 年初才抵达匈牙利，并于当年夏天出现在匈牙利轰炸机中队里。
匈牙利的 Ju 86K-2
这些 Ju 86K-2（机号 B301~324）在作战中使用到了 1942 年，由于在与苏联的战争中损失了相当数量，最后被转为训练用机。 匈牙利追加订购的 Ju 86 于 1941 年交付，两年后又有 5 架 Ju 86 交付，不过后来交付的飞机主要都作为运输机来使用。
瑞士在1936年接收了安装 Jumo 205C-1 发动机的 Ju 86B-02。这架飞机 1937 年在法兰克福附近坠毁。作为替换，同样装有 Jumo 205 发动机的 Ju 86B-10（HB-IXE，生产号 860951），以 Ju 86Z-1的 型号，1937 年 2 月交付给瑞士航空公司。1939 年初，这架飞机更换为 BMW 132Dc 星形发动机，编号改为 HB-IXA（Ju 86Z-2）。1939 年 7 月 19 日，该机在康斯坦斯附近坠毁。
瑞航的 Ju 86Z-2 HB-IXA
智利在 1937 年 9 月为其空军订购了 12 架 Ju 86K 中型轰炸机，由普拉特•惠特尼的大黄蜂发动机驱动。智利航空公司也在 1937 年订购了 3 架使用 Jumo 205 柴油发动机的 Ju 86Z。
智利空军的 Ju 86K-6 机群
日本在中国东北成立了伪满洲国航运公司，引进至少 5 架 Ju 86Z-2（M-210 至 M-214）为日军执行运输、照相侦察等任务。
伪满洲国航运公司的 Ju 86Z-2
葡萄牙在 1938 年为空军轰炸机部队订购了 10 架 Ju 86K-6。这些飞机服役于以 Alverca 为基地的两个轰炸机中队，同时还有一些 Ju 52K 作为辅助轰炸机使用。由于机上设备配置的原因，这些轰炸机只能执行昼间轰炸任务。自卫武器被改为德国空军早期 Ju 86 的形式。
在玻利维亚，当地德裔人设立了玻利维亚皇家航空公司（LAB），1925年 12 月 24 日使用一架 Ju F13 完成 了首次飞行。LAB 订购了 4 架装备普拉特•惠特尼的大黄蜂发动机的新型 Ju 86Z-7（生产号 860013，860234-237 和 240），除了民航服务之外，从 1941 年开始，Ju 86 被玻利维亚空军征用为运输机，安装了自卫机枪，并驻扎在 Alto La Paz 基地活动了一段时间。
在获得了出口许可证之后，奥地利共和国下达了 12 架 Ju 86 订单，安装 Jumo 205 发动机。其中只有 3 架实际交付（生产号 0964-0966），单价 25 万帝国马克。在德国官方的指令下，容克斯公司 用 BMW 132 发动机替换了这 12 架飞机原来的发动机。按计划这些飞机将驻扎在奥地利泽特威格基地。
已交付一批的3架飞机（311-313）“因为同时出现了机械故障”而在 1938 年 2 月 16 日飞回了德绍。仅仅一个月之后的 1938 年 3 月 12 日，对奥地利的所谓“合并”就发生了。