Ju 86PV1 高空型飞机，双座，2×Jumo 207A-1，用于测试高空增压座舱和发动机，翼展 22.5 米。 Ju 86PV2 高空型飞机，比 Ju 86V1 增加了增压座舱的原型机。 Ju 86PV3 高空型飞机，与 V1 和 V2 相似，翼展 25.6 米。 Ju 86V28 Ju 86P-1 高空轰炸机的试验机 Ju 86V30 Ju 86P-1 高空轰炸机，与 V3 类似，但有四个挂弹架。 Ju 86P-2 高空战略侦察机，与 P-1 相似，但安装了三台照相机，用经过修整的机体油箱取代了炸弹挂载装置。 Ju 86P-3 高空飞机，配置没有记载。 Ju 86V29 高空侦察机，双座，2×Jumo 207B-3，翼展 32.0 米，其他跟 P 系列相似。 Ju 86R-1 高空侦察机，与 V29 相似，两台照相机。 Ju 86R-2 高空轰炸机，与 P-1 相似，2×Jumo 207B-2，翼展 32.0 米。 Ju 86R-3 高空轰炸机，2×Jumo 207B 和 1×DB 605T-0（复合增压），设计升限达 17,000 米，未建造。 Ju 186 高空轰炸机，四座，4×Jumo 208，翼展进一步增加，只停留在设计阶段。 Ju 286 高空轰炸机，6×Jumo 208，只停留在设计阶段。
Ju 86 在作为三座轰炸机 之外的另一个主要用途就是民航客机。最初这种客机还具有用最小的代价迅速转换成轰炸机的能力。
像 Do 17 或 He 111 一样， 有种广为流传的说法，这些与轰炸机同型的客机是按照中型轰炸机来制造的，以满足紧要关头德国空军的需求。但是现在的信息揭示了这种说法是缺少根据的。
1934 年 3 月 22 日，Ju 86V2（生产号 4902，D-ABUK）作为客机的原型机，完成了首飞。试飞程序是从 1935 年 4 月开始的。除了布局的不同之外， 客机和军用型的最大区别在于在机体内有一个 920 升容量的主油箱，以及 4 个机翼油箱（两侧都是 320 升＋24 0升）。1.34 米宽的机舱里，足够容纳 3 名乘员和 10 名乘客。1936 年 6 月，这架飞机被移交给德国汉莎航空公司（DLH）。第二架民用原型机也在同月交给了 DLH。在 DLH 的管理部门决定用著名的德国山峰来命名他们 的 Ju 86 以前，Ju 86V2获得了“德累斯顿”的名字，后来更名为“布罗肯峰”。
试飞中的 Ju 86V4 客机
1936 年 12 月，所有的原型机被送回容克斯工厂更换 BMW 132Dc 星型发动机，并成为 B 系列的基础，在 1937 年 6 月交还 DLH。
BMW 发动机对于 DLH 来说是一把双刃剑。Jumo 发动机每 100 千米的航程只消耗 70 升柴油，而 BMW 发动机需要 100 升 汽油。另一方面，BMW 速度上的提升只有 30～70km/h。
DLH 的人员正在检视评估 Ju 86V4
由于费用原因，汉莎航空主要选择了安装柴油发动机的型号。因此，DLH 从 1936 年 6 月起的 Ju 86 保有量如下所示：
日期 采购数量 已有数量 总数量 备注 12/31/1936 5 1 6 —— 12/31/1937 7 - 12 增加了保险 12/31/1938 - - 12 —— 12/31/1939 1 - 13 —— 12/31/1940 - - 1 12 架 Ju 86 以“汉莎航空因战争局势而作的特殊贡献”的名义转为帝国所有。 12/31/1941 - - 0 最后一架飞机交给 RLM
1944 年 6 月 30 日，8 架飞机可以被 DLH 用于 运营。它们虽然不是汉莎航空的财产，但在德国空军的登记中，其唯一的用途就是进行客运飞行。根据记录，以下的 Ju 86 在 1937 到 1940 年间服务于汉莎航空：
年份 编号 登记号 命名 备注 1935 4902 D-ABUK —— Ju 86V2/Jumo 205C 1936 4904 D-AREV 德累斯顿/布罗肯峰 Ju 86V4/Jumo 205C
随后：Ju 86B/BMW 132D 860007 D-AXEQ 布克堡 Ju 86B-01 /Jumo 205C
1936 年，取消舷窗，用于德绍至巴瑟斯特的远距离飞行 860009 D-AHYP 斯涅克普 Ju 86B-03/Jumo 205C 860010 D-ALOZ 祖格峰 Ju 86B-04/Jumo 205C 860011 D-AQER 岛山 Ju 86B-05/Jumo 205C 860012 D-AZAH 费尔德山 Ju 86B-06/Jumo 205C 860014 D-AFAF 瓦兹曼 Ju 86B-09 重新安装BMW 132Dc 860016 D-ANUV 瓦萨库勃 Ju 86B-07 重新安装 BMW 132Dc 成为出口型 Z-7 860972 D-AKOI 御座 Ju 86C-1/Jumo 205C 860973 D-AQEA 绍恩斯兰 Ju 86C-1/Jumo 205C 860974 D-ASOE 赫舍尔堡 Ju 86C-1/Jumo 205C 860975 D-AVOE 奥博萨堡 Ju 86C-1/Jumo 205C 860976 D-AMYO
/D-AJEQ 梅利勃库斯 Ju 86C-1/Jumo 205C 860977 D-AJUU 福格斯堡 Ju 86C-1/Jumo 205C 860246 D-AUME 安娜堡 Ju 86A-1，BMW 132Dc，Z 系列原型机，V-24 860502 D-ADJO 荷恩特维尔 原计划出口到伪满洲国（日控）
由于航程较短的限制，DLH 的 Ju 86 主要用于国内航线。下列城市是国内航班的主要网点：柏林、不来梅、布雷斯劳、多特蒙德、格莱维兹、汉诺威、科隆和莱比锡。
汉莎投入运营的 Ju 86 客机
当然，在有附加油箱协助时，Ju 86 完全有能力进行远距离飞行。例如 1936 年 8 月 22 日，Ju 86B-01（D-AXEQ，布克堡）用 18.5 小时完成了从德绍到巴瑟斯特（西非，冈比亚）的 5,800km 距离不着陆飞行。这架飞机在机体里安装了一个大型辅助油箱，使得起飞重量增加了 2,100kg。