1937 年初 KG 235 的 Ju 86 三机编队
4 架 A-1 原型机经受了试飞的考验，第一架是 Ju 86V12（生产号 0055），安装了两台 BMW 132F（稍后为 BMW 132FD）星形发动机。这些原型机的试飞从 1936 年 10 月在雷赫林开始。接下来的原型机 Ju 86V13（生产号 0052）是生产型的前奏，也安装了 BMW 132F 发动机。V14 也是同样的结构，于 1937 年 5 月完成了试飞。第四架 A-1 原型机是生产号 0099，用来试飞 Jumo 207C 发动机，大约在 1936 年底开始进行试飞。
安装 BMW 星形发动机的 Ju 86 才是产量的大头
由于帝国空军高层的压力，Ju 86 在 1935 年 1 月 21 日就被批准采购，大大早于该机原型机首飞日期。由于在竞争中 He 111 表现出了更多的发展余地，所以获得了优先生产权，而 Ju 86 更多的被视为一种备份解决方案。
关于这件事，恩斯特•辛德尔在 1979 年回忆道：“在 Ju 86 和 He 111 的竞争中，前者最大的障碍就是出力不足的发动机。在首架原型机阶段，He 111 还是装备 BMW VI 发动机时，两者的速度相差无几。但当 He 111 升级为更加有力的 Jumo 211 后，试飞表现抢眼。使用这种发动机的 He 111 性能远胜于装备 Jumo 205 的Ju 86。无论如何，RLM 已经没有其他选择，在采用了功率提升达 70% 的 Jumo 211 后，最终决定批准 He 111 的批生产——而这种发动机在开始设计时，对于 Ju 86 显得稍微大了些。”
Ju 86D-1 的轰炸瞄准具
“但科本博格（容克斯公司的总设计师）仍在努力争取 Ju 86 的量产。尽管如此，只有少量装备了 Jumo 205 柴油机的飞机交付给空军；在德国空军装备的近 600 架 Ju 86 中，大半是由 9 缸 BMW 132F 星形发动机驱动的，每台输出功率 800 马力（589 千瓦）。He 111 进入了大批量生产。那些原来获得许可证准备生产 Ju 86 的公司都转产 He 111了，甚至容克斯工厂也被迫许可生产了一小批（42 架）He 111。这对容克斯公司和野心勃勃的总设计师科本博格来说，实在是难以下咽的苦果。他激动地咆哮、责备我们整个设计组，那时的日子真是难熬！”
“可以肯定的是，科本博格成功使 He 111 在容克斯的生产数量限制在了无足轻重的程度，这虽然是总产量只有区区 42 架飞机，但是其所包含的‘羞辱’和‘威望的损失’对于容克斯工厂、特别是设计小组，影响是巨大的。”
另外，对于前面提到原型机来说，有为数众多的帝国所有飞机被全权委托给德国航空业用于试飞目的——就像在《德国机场》（1937 年 4 月 1 日）上的第 201 号快讯里概括的那样。其中包括了：
登记用户 型号 登记号 容克斯有限公司（德绍） Ju 86 D-AFWA 1938 年 9 月 3 日之后增加的： 安苏兹公司（基尔） Ju 86 D-AEMU 阿斯卡尼亚·维科公司（柏林） Ju 86 D-AIBO 容克斯发动机有限公司（德绍） Ju 86 D-AQOU
在对 Ju 86V6 进行了提升油箱容量的改进后，1936 年秋出现了 Ju 86D-1。当年的 10 月，Ju 86A-1 和 Ju 86D-1 在比克堡进行了公开展示。另外鉴于 Jumo 205 发动机的性能问题已经得到解决，这时将柴油机应用于作战飞机的想法再次得到了关注。但是柴油机在改变工况时有响应缓慢的趋势，暴露这个缺陷的典型状态是在编队飞行、或进行应急战术机动的时候。当 1937 年底 Ju 86D-0 在西班牙内战中进行部署后，这些缺陷快就暴露出来。当剧烈机动中，对发动机进行粗暴的操作时，Jumo 205 柴油机迅速过热，活塞在急剧改变发动机转速时发生损坏。相当多的机壳焊点也在重压下出现了损坏的征候，并导致大量的发动机故障。结果一架 Ju 86D-1 装上了 BMW 132F 星型发动机，一种在 BMW 特许生产的美国普拉特•惠特尼燃油喷射发动机进行试飞。1937 年夏末，德国空军开始接收安装 BMW 132F 发动机的 Ju 86E-1。在交付了 30 架飞机之后，装备更强劲的 BMW 132N（输出功率 636kw）的 Ju 86E-2 也开始服役。
首架抵达西班牙的 Ju 86D-1
在西班牙战场损毁的 Ju 86D-1
柴油发动机在西班牙的拙劣表现直接导致了 Ju 86E 的问世
1936 年 5 月，Ju 86V10（生产号 6006）在雷赫林开始了试飞，它是在 A-0 系列生产型的基础上进行改进的，安装了一个经过修形的前机身。通过将驾驶舱前移，飞行员在起飞时的视野得到了改善，座舱改为全玻璃窗，某些地方更加紧凑了。作为这些改进的结果，Ju 86G-1 于 1938 年春在德绍工厂开始了生产，在制造了仅仅 40 架 Ju 86G-1 之后，Ju 86 的生产在 1938 年初夏再次被中止。1938 年9 月 19 日，Ju 86 系列在德国空军达到了最大的在役数量：
型号 总数 可用数 妥善率 Ju 86A/D 159 136 86％ Ju 86E 43 35 81％ Ju 86G 33 29 88％ 总计 235 200 85%
与上述数据比较，其他服役于德国空军的同类轰炸机，如 Do 17 和 He 111 的数量，要比 Ju 86 明显多得多。
型号 总数 可用数 妥善率 Do 17E 328 271 83％ Do 17M 102 80 78％ 总计 430 351 82% He 111B 272 219 81％ He 111E 171 141 82％ He 111F 39 30 77％ He 111J 88 78 89％ 总计 570 468 82％
这时，德国空军已经拥有了咄咄逼人的强大实力：2,188 架一线战机，其中 1,825 架处于随时可用的状态。
到了 1939 年 9 月，一线战机的数字变为 2,195 架，其中 1,896 架随时可用。