在 GAZ-21 和 GAZ-153 两家工厂生产的 2,500 架＂农夫＂式战斗机中，有 75% 是米格-19S。1957 年底，由于新一代的米格-21 已经研制成功，加之在米格-19 的生产过程中厂家始终没有彻底解决其机体、发动机和飞行性能上的一些问题，苏联航空工业部决定提前停产米格-19。之后下诺夫哥罗德的 GAZ-21 厂开始转产米格-21，而新西伯利亚的 GAZ-153 厂则开始生产苏-9“捕鱼笼”B 战斗机。从一线部队退役后，米格-19S 和一些米格-19PM 继续服役到了 70 年代初期，在 1970 年在苏联防空军和前线防空兵中编制内仍有 350 架米格-19。
米格-19 的一个固疾是其发动机温度过高的问题，米格设计局始终无法彻底解决这一问题，导致了在服役期间很多米格-19 因发动机起火而坠毁。飞行员被告诫开加力的时间一定要限制在米格-19 的飞行手册上规定的时间范围内，否则将直接导致发动机起火。另一个始终困扰苏联人的问题是米格-19 的液压系统，当飞机油门加到最大时，油箱与发动机间的液压线路会不停的摩擦机身蒙皮，根据飞行手册，这些管线每两年必须更换一次，但是由于华约集团糟糕备件储存情况，这些管线往往得不到及时更换。结果在一定的飞行小时之后，金属疲劳会导致管线泄漏，最终造成飞机后部起火。由于这种火焰蔓延极快，大部分情况下飞行员都无法保住飞机。
位于米格-19 后机身的油箱也经常带来麻烦，油箱内的橡胶内衬会因老化而造成油箱密封不严，燃油会泄漏到后机身底部，地勤人员不得不在每次飞行之前很仔细的检查那里是否有漏油，否则飞机在开加力时会空中爆炸。解决这个问题的办法只有更换油箱，一些外国用户干脆换装了本国生产的改进型油箱。
米格-19 在起飞前必须先确定风向以决定先发动哪台发动机，如果风从左侧吹来，就要先发动右发动机，反之亦然。如果不这样做，另一台发动机就会因进气量不足而无法发动。后来苏军的一线部队后来发明了一种非常规的启动方式，该方法具体如下：先打开燃油泵，使发动机后燃室流入一些燃料，然后开动发动机启动器，使气流开始进入发动机，之后一名地勤人员将一个燃烧棒投入发动机后燃室，发动机就会立刻启动。很多地勤人员都反映这是启动 RD-9B 发动机的最好的方法了，于是这种方式被迅速推广到了其他装备了米格-19 的华约诸国。
米格-19S 出口到了很多国家，所有出口的米格-19S 新机均是由下诺夫哥罗德的 GAZ-21 厂生产的，此外当米格-21 服役后，大量被替换下来的米格-19 也加入了出口行列。华约国家中只有保加利亚、捷克斯洛伐克和民主德国进口了米格-19S。
1957 年 7 月，第一批保加利亚、捷克、波兰和罗马尼亚飞行员和技师来到了位于下诺夫哥罗德附近的塞瓦斯特莱卡训练中心。这是第一批接受米格-19S 和米格-19P 训练的外国人，在航校学完预备理论课后，飞行员们开始驾驶米格-15UTI 和米格-17F 进行评估飞行，在完成所有课程后，1957 年 8 月上旬他们开始了米格-19S 的驾驶训练。
苏联以外第一个装备米格-19S 的国家是保加利亚。1957 年该国接收了 24 架早期型米格-19S 战斗机，这批飞机带有小型炮口防焰板并且垂尾前缘延伸鳍较短，保加利亚也是除苏联外唯一装备早期型米格-19S 的华约国家。具体装备情况如下：1958 年装备了驻 Graf Ignatievo 的第 19 团的一个中队，到 1965 年该中队所有米格-19S 退出现役。1958-1963 年间驻 Grbrovnitza 的一个团装备了米格-19S，该团于 1963 年撤编，飞机分别编入驻 Uzundjovo 和 Dobroslavtzi 的部队。驻 Uzundjovo 的一个中队装备的米格-19S 直到 1978 年才退役。
最初保加利亚空军的米格-19S 采用的是无涂装铝本色和两位数字的黑色战术编号，军徽分别涂在机翼下、机身和垂尾上，后来这些飞机都涂上了迷彩涂装并改成了 3 位数字的白色编号。
涂有迷彩的保加利亚 MiG-19S
1957 年 12 月，第一批 12 架米格-19S 的散件抵达捷克斯洛伐克的 Kbley 空军基地，1958 年 1 月 3 日第一架米格-19S 组装完成，黑色编号 0859，交付捷克空军。同年 5 月 9 日，在布拉格举行的阅兵式上，捷克空军的米格-19S 首次公开亮相，这些飞机隶属驻 Ceske Budejovice 的第 1 团和驻 Zatec 的第 11 团，两团都属第三防空军师编制。1959 年，这些部队开始接收捷克按许可证生产的米格-19S 战斗机，本国编号 S.105。捷克空军所有的米格-19S 在垂尾和机翼上下表面都涂有带蓝边的军徽，4 位数字的黑色编号涂在机翼后面的机身上。
捷克斯洛伐克的 MiG-19S
1958 年 9 月 5 日，民主德国与苏联签订了一笔价值 1,557 万马克的合同，订购 12 架米格-19S 战斗机，最初决定装备 Preschen 地区的两个团，即驻科特布斯的第 1 师第 3 团和驻 Drewitz 的第 3 师第 8 团。
民主德国装备的 MiG-19S
1959 年 6 月第一批 12 名民主德国飞行员来到苏联塞瓦斯特莱卡训练中心，而地勤人员则早在 1959 年 3 月就开始在当地训练了，到 9 月初训练结束。第一批米格-19S 于 1959 年 10 月装备人民军空军第 3 团第 2 中队。民主德国对其装备的米格-19S 高度保密，基地周围的保密措施非常严格。基地周围设立了警戒线，任何与米格-19 无关的人员严禁进入这一地区，同样与米格-19 无关的军人也不能靠近飞机，甚至连看一眼都是被严格禁止的。
由于米格-21F-13 比预想得早得多便开始向华约诸国出口，原本打算装备米格-19S 的第 8 团决定直接装备米格-21F-13，该团也成为了民主德国空军第一个装备此型战机的部队。米格-19S 在东德服役期间，由于缺乏备件而且存在上述所说的缺陷，很多德国飞行员和地勤人员纷纷向上级打报告要求解决问题，这引起了东德党和政府高层的不满。飞行员和地勤人员被告知，如果他们不撤回有关米格-19S 设计缺陷的报告，便要受到严厉的行政和党内处分。