另一方面，轰炸司令部得到了来自海军陆战队的支援。自 1952 年夏起，海军陆战队第 513 飞行中队装备的 F3D“天空骑士”喷气战斗机加入了 B-29 的护航序列。这种战斗机因为其笨重的外型得到了“蓝鲸”的外号，但是装备三台机载雷达的 F3D 无疑是相当合适的夜间战斗机。自 1952 年 8 月起，根据与 B-29 轰炸计划的配合，F3D 负责攻击那些在夜间试图随后追击 B-29 的米格-15，主要用于检验自己中队的夜战能力。同时，他们也负责通常的护航任务，对 B-29 实施近距离护航，或者在米格-15 来袭的航线与 B-29 轰炸航线之间组织拦截屏障。
部署在 K3 机场的 F3D-2
海军陆战队航空队的支援并非是由于空军的夜间护航能力不足。相反，空军的夜间战斗机部队部署在朝鲜的时候比海军陆战队要早的多。1952 年 3 月，装备 F-94“星火”夜间战斗机的空军第 319 战斗截击机中队就进驻水原地区。由于担心 F-94 一旦损失，其装备的精密雷达火控系统有可能坠落在志愿军控制区域从而落入敌手，F-94 的活动区域被严格限制在战线以南。由于海军陆战队装备的地面控制雷达水平不高，其战斗机中队选择主要与米格-15 进行夜间空战。1952 年 11 月，在地面雷达的引导下，海军陆战队的战斗机在两次交战中击落米格-15 二架。在 12 月，更击落了三架。到 1953 年 1 月，F-94 不得进入北部的禁令终于被解除，随后取得了几次空战胜利，并在 1953 年 6 月的一次夜战中击落一架米格-15。这一时期的战斗逐渐沉寂，因此很难判明，加入的夜间护航战斗机对于提高 B-29 的轰炸效率起到了多少作用。但是，夜间护航战斗机确实对削弱志愿军的夜间防空系统起到了一定的作用。
最后的损失到 1953 年 1 月底为止。自 1952 年 11 月到 1953 年 1 月底， 远东空军轰炸司令部损失了 5 架 B-29。随后直到战争结束，所有的 B-29 都平安无事。如同前述，轰炸司令部绞尽脑汁避免可能的轰炸机损失，但出于无可避免的原因，仍有 B-29 被击落。1952 年 11 月 18 日，一架 B-29 在被探照灯锁定后被米格-15 击落。一名获救的机组成员形容当时的处境：“我们的电子干扰设备操作员摘下耳机大喊道：‘太多雷达信号了，没法干扰！’”而另一架于 12 月 30 日被击落的 B-29，其在月夜下的飞行形成了长长的飞行云轨迹，这道飞行云被一架志愿军空军的飞机敏锐的捕捉到，随后悄悄跟在这架 B-29 的身后，用无线电向基地通报了这架 B-29 的高度，方向，速度等关键信息。随后赶到的米格-15 轻松击落了这架 B-29。更糟糕的是，冬季夜晚明亮的月光，加上白雪皑皑的地面做反射背景，让飞行的 B-29 愈发显眼。尤其在没有护航战斗机的情况下，B-29 若是撞上米格-15，只有坐以待毙的份。
在朝鲜战争的最后几个月，远东航空军轰炸司令部终于完善了其电子战战术条令和规章。轰炸司令部于 1952 年 11 月颁布了紧急投掷干扰箔片的标准程序，同时规定了电子干扰设备的目标优先顺序。作战时，电子干扰设备必须首先干扰探照灯雷达，然后是战斗机地面控制雷达，最后才是早期预警雷达。到此时轰炸司令部仍没有什么办法应付“波-20”雷达，但幸运的是“波-20”雷达在志愿军的雷达体系里并不占主要位置。最重要，也最令轰炸司令部头疼的是探照灯雷达。志愿军的整个夜间防空系统的战术基础，就是建立在用探照灯彻底照亮夜空，为米格-15 提供照明和指示光源。幸运的是，整个战争期间部署在北朝鲜控制区的探照灯雷达大多工作在 200 兆赫的频段，B-29 使用的 APT-4 干扰器和 RR-3A/U 干扰箔片足够应付。但是，探照灯雷达的数量仍时常超过 B-29 足以应付的水平。在战争的最后 6 个月内，远东航空军轰炸司令部共出动 B-29 和 B-50G 约 5,000 架次（包括侦察任务），其中 534 架次报告遭遇探照灯，约占 13%。遭遇的 534 架次中有 114 架次报告遭探照灯锁定，约占 20%。而其中有 86 架次（占 75%）报告在开启电子干扰设备并投掷干扰箔片后，成功摆脱了地面雷达的锁定。电子干扰设备的成功运用，成为 53 年 1 月后 B-29 未再蒙受损失的主因。
战后总结
从数字上看，B-29 在朝鲜战争时期的损失比率十分低，在总共 21,000 架次的任务中损失74架。但我们所关心的，是电子战在其中所占的位置。在远东空军战后所做的评估中，不无道理的指出，自轰炸司令部于 1951 年 11 月转入夜间轰炸后，电子干扰设备的成功运用至少令 B-29 减少了 50% 至 70% 的损失。电子干扰设备最成功的运用在于对抗探照灯雷达和高炮指挥雷达，而对付战斗机地面控制雷达和早期预警雷达时效果并不显著。这与探照灯雷达和高炮指挥雷达所要求的精确度与准确度不无关系，一旦探照灯和防空炮火因为电子干扰而偏离目标，其效果就几乎可以忽略不计。而当探照灯雷达能成功的锁定轰炸机时，地面控制雷达所做的只需引导米格-15 到达该区域。在这里米格-15 的飞行员可以凭借肉眼确定目标。
朝鲜战争是 B-29 的谢幕演出
主要的问题集中在其他方面，许多超出了远东航空军的能力范围。首先是人员，整个战争期间远东航空军从未能够为 B-29 机群配备足够的无线电和电子干扰设备操作员。一方面是由于本土提供 B-29 补充机组的效率低下，另一方面则是由于 B-29 在战略空军司令部得不到足够的重视。战略空军司令部将装备新一代喷气式战略轰炸机 B-47 和 B-52 列为首要位置，B-29 已进入了退役名单。尽管远东航空军一直要求为 B-29 提供足够的合格补充机组和其他装备，答复却姗姗来迟。
装备上的问题也持续困扰着远东航空军。虽然在后期远东航空军得到了一些 APT-16 型电子干扰器，用于对抗工作在 S 波段的苏制“波-20”雷达，但整个 B-29 机群主要使用的电子干扰器仍是二战结束时的水平。万幸的是，志愿军的雷达技术水平也同样不高。朝鲜战争对于美国空军是一场严格的考验，也提供了许多宝贵的经验。无疑，B-29 在这场战争中被宣布彻底过时，其原本设计已经很难承担进一步的现代化作战要求。以“肖兰”轰炸定位系统与电子干扰设备相冲突为例，尽管后来附加的供电设备解决了这一问题，但是机身空间已经被填满了。最后，B-29 的机内空间终于告罄，无法再安装任何附加的电子设备，或安置增加的机组成员和电子干扰设备操作员。同样，也难以继续在战场上证明其价值。虽然远东航空军轰炸司令部和其麾下的 B-29 机组在朝鲜战争中表现出色，但 B-29 的改进潜力已经耗尽。