正式的电子战开始于 1951 年 4 月 10 日，B-29 机群在当日轰炸平壤的行动中，成功使用“点干扰”干扰了地面的高炮指挥雷达。一切就像战略空军司令部的教科书上一样精确，干扰设备在距轰炸目标 60 公里处开机，直至 B-29 完成任务，完全脱离地面高炮射程为止。此时仍然难以评价电子反制措施的效果，因为在对抗昼间轰炸中，地面高炮可以使用光学瞄准具弥补雷达数据的缺失。不过根据情报部门的报告，志愿军高炮部队确实受到相当大的影响，其雷达开机时间和工作程序大幅变动，在阴雨和多云等能见度不佳的天气，地面高炮的射击显的漫无章法。1951 年夏季中，远东航空军轰炸司令部开始将后备的无线电员安排在 B-29 机组的电子干扰设备操作员的位置上，7 月，战略空军司令部副总司令托马斯.S.鲍威尔将军到访朝鲜，并许诺向远东航空军的每个轰炸机大队增派 12 名受过良好训练的电子干扰设备操作员。8 月初，远东航空军开始改造其拥有的 B-29，将电子干扰设备操作员的位置安排的更为方便和舒适。如果一直以来使用的电子对抗措施能够持续减少损失和提升轰炸效率，远东航空军仍计划将昼间轰炸进行下去。
随着夏季的结束，B-29 轰炸机群不得不开始面对真正造成致命威胁的对手：米格-15。米格机群对 B-29 昼间轰炸的拦截，在 10 月 23 日南市机场上空的拦截战中达到了高峰。10 月，由于担心志愿军在北朝鲜境内建设的空军基地一旦投入使用，会在空中争夺中占据优势，远东航空军轰炸司令部决定消灭所有鸭绿江以南建设中的志愿军空军基地，特别是南市－泰川－山城里这三个在平壤 30 公里范围内的机场。此时情报部门估计，志愿军空军部署在鸭绿江以北中国基地上的米格-15 战斗机已经达到 525 架以上。10 月 23 日，第 307 轰炸大队派遣 9 架 B-29（其中一架因故障随后返回），在 55 架 F-84“雷电”战斗机和 34 架 F-86“佩刀”战斗机的护送下，前往轰炸南市机场。部署在平壤的早期预警雷达站很快发现并发出了空袭警报，志愿军超过 100 架米格-15 组成的机群迅速腾空而起，在地面引导雷达的指挥下冲向美国飞机编队。当 F-84 和 F-86 与这支数量相当的米格机群全力格斗时，另一支约 20 架的米格-15 机群忽然杀出，直扑 B-29（这支米格机群是自缠斗中脱身而出，或是刚抵达战场的增援力量，至今仍难以确认）。当日的空战成为了 307 轰炸大队永久的梦魇：三架 B-29 被当场击落，一共只有 5 名机组成员逃生；剩余五架全部带伤，其中两架损毁过于严重，在落地后报废。这种情况下，远东航空军轰炸司令部不得不在数日后下令暂停昼间轰炸。考虑到远东航空军此时仅拥有不足 100 架 B-29，如此频繁的损失足以令轰炸司令部在半年内丧失战斗力。很明显，在志愿军的米格机和地面指挥系统所整合的一体化防空体系面前，白昼出击的 B-29 其损失令人无法承受。
一架 MiG-15 向 B-29 编队俯冲射击，这当时照相枪拍摄的影像
空军总参谋长霍伊特.范登堡将军于 1951 年 11 月抵达朝鲜视察，预备对远东航空军暂停昼间轰炸的决定大发雷霆，但是事实迅速浇熄了他的无名火，取而代之的则是冰冷的恐惧：即使是这样占据优势的状态下，战略空军尚且无法对付敌军的拦截机群，如何指望在预想的世界大战爆发时，战略空军的轰炸机可以穿越更加严密的苏联防空网，实施投掷原子弹的任务？而当时远东航空军的许多做法也确实出于无奈，在明知志愿军防空系统主要倚靠雷达、地面引导系统和米格战斗机一体化的情况下，却始终未对切断米格机和地面引导系统的联系做出任何努力。这一原因，主要是由两个方面构成的。首先，远东航空军手中的 B-29 数量并不足以实施有效的“面干扰”。与二战末期动辄数百架的出击数量相比，远东航空军每次轰炸充其量动员数十架 B-29，这样小的机群所能释放出的面干扰，根本无法提供足够的干扰能量，覆盖广泛的轰炸区域和有效干扰敌方的雷达。而且，在接近志愿军控制区域时开启干扰设备，无疑于大声的通知轰炸编队的到来，不但志愿军部署的地面预警雷达会迅速做出反应，释放干扰源的 B-29 机群也会象磁石一样吸引着米格战斗机。在昼间轰炸中，这样做尤其危险。其次，远东航空军一直缺乏足够的经验丰富的电子战人员和有效的电子战设备，和为了监听敌方通讯而不得不做出许多行动限制。综上所述，远东航空军一直以来进行的电子对抗，并不能够在昼间轰炸行动中，给予 B-29 有效的保护。最后，昼间轰炸不得不被放弃，而取而代之的夜间轰炸，暂时让 B-29 缓了一口气。
昼间轰炸的 B-29 编队
可惜，仅仅是暂时的。
（南市机场的惨败所带来的后果之一，就是让前来视察的范登堡总参谋长重新考虑了自己先前的决定，同意进一步扩充远东航空军拥有的 F-86 数量。75 架崭新的 F-86E 随后送至朝鲜，大多数配备给第 51 战斗截击机联队。对于之后的米格走廊昼间制空权争夺，带来重要的影响）
朝鲜战场上的 F-86E
执行夜间轰炸中最为重要的部分，是近距离导航定位系统 SHORAN 的应用（简称“肖兰”系统）。“肖兰”系统是一套精确的电子三角测距和导航系统，可以在夜间提供足够精确的定位和导航信息。凭借这套系统，B-29 可以在夜间抵达轰炸目标上空，对敌方的各种重要设施，包括机场、桥梁、仓库、交通枢纽等实施准确的轰炸。自 1951 年 6 月起，远东航空军的 B-29 开始全面装备“肖兰”轰炸定位系统和相关设备。尽管全部的 B-29 升级在 1952 年才正式完成，但自 1951 年 10 月后，B-29 就将夜间轰炸作为主要的行动方式。可“肖兰”系统并不是 B-29 的万灵药，新系统的应用带来了新的问题。每次启动“肖兰”系统，都要占用机内发电机近一半的供电量，严重影响了其他设备，尤其是电子干扰设备的正常工作。因此，一旦启动“肖兰”系统，其他设备就开始出现各种奇怪的问题。一个暂时的解决办法是，当 B-29 使用“肖兰”系统在目标上空定位时，电子干扰设备就被暂时关闭。不幸的是，这个时候恰恰是最需要电子干扰设备正常运转的时候。尽管如此，电子干扰设备在夜间轰炸行动中依旧表现出色，成功的干扰了志愿军探照灯指引雷达和高炮指挥雷达的正常工作。通常一 架B-29 有四个用于安装外置电子干扰设备的外接口，一般安装一个接收器和三个发射器，分别是 APT-1、APQ-2、ARQ-8 型发射器。有些B-29则安装了附加的电子信号分析仪，专门用于接收并分析敌方的雷达信号，以便为部分更先进的干扰设备提供必需的数据。