此外人们在第一批发射的 V-1 飞弹残骸中还发现了部分飞弹上安装有小型无线电信号发射机。飞弹发射后，可以通过跟踪无线电信号源来跟踪飞弹大体的飞行轨迹和最后的弹着点，并标示在格子地图上作为修正误差的依据。
V-1 飞弹一发射里程表就开始计算里程，同时推算是否到达目标上空。飞弹发射前里程表被设定成到达目标所需的里程数；飞弹发射后里程数就开始递减；到达目标上空时里程数正好归零，当然这还有个前提就是飞弹飞行时风速相对稳定，变化不剧烈。在未到达目标上空前的飞行过程中，自动驾驶仪会控制飞弹以一定的坡度超目标大致方向边爬升边飞行。飞行时，空气气流吹动叶片风速计的叶片转动，叶片每转动30转，里程表上的数字减一。当飞弹飞行距离超过 60km 后，飞弹战斗部引信自动启动；当里程表里程归零后两支爆炸螺栓（detonating bolt）自动引爆；平尾上的两块扰流片被打开并被锁死；而飞控系统与尾舵之间的联系也被切断，尾舵置中锁定，这样一来 V-1 飞弹开始减速进入俯冲状态。在俯冲状态下空速达到一定速度后，发动机会熄火，因为此时飞弹燃料罐在下发动机在上，受重力影响燃料供应不到发动机了。此时天空中吵闹的噪音突然变得寂静起来，暗示着地面上的人们可能会有什么事情要发生，几秒钟后就会听到远处震天动地的巨响，那就是 V-1 飞弹击中目标的声音。而到了后期型号，V-1 飞弹设计者改进了发动机的燃料供应装置，即使在俯冲状态下 V-1 发动机仍旧能正常工作。其实最初 V-1 的设计师们计划采用无线电指令制导或者雷达制导等技术作为 V-1 的制导系统，但是考虑到盟军在电子对抗方面的优势，还是使用了基于陀螺仪+里程表这样一种命中精度低但抗干扰能力强的简易制导系统。
关于这套系统的精度，按照 Fiesler 公司的说法：90% 的飞弹可以打到距离目标 10 公里半径的区域里；50% 的飞弹可以打到距离目标 6 公里半径的区域里。
V-1 的陀螺仪
战争中的 V-1 飞弹
1943 年德军上校 Max Wachtel 奉命指挥德军第一支飞弹训练与测试部队，该部队位于德国佩内明德附近的 Zempin 火箭试验基地，此外在波罗的海沿岸还将建造一处飞弹发射点用于训练。这支部队成为日后德军第 155 高炮团（Flak-Regiment 155(W)）前身，注意其中字母 W 代表的是德文中“发射器”的意思——这是德军，也可能是世界上第一支以发射飞弹为自己主要任务的战斗部队。
V-1 飞弹的作战效能发挥还有赖于发射阵地的布局和建设。围绕着如何部署 V-1 飞弹，德国空军内部分化为两派：一派主张分散建立大批小型发射点，这样易于伪装，可以避开盟军的战略空袭；另一派则主张集中建立大型飞弹发射基地，集中火力打击对方。后者的意见得到了希特勒的支持，原因是他看到在法国布雷斯特的 U 潜艇基地由于保护严密没有受到盟军空袭的影响，觉得那么多“鸡蛋”与其分散开，不如集中在一个篮子里妥善保管，这样效果更好。最后在 1943 年 6 月 18 日，空军元帅戈林召开了专题会议讨论部署问题，最后形成的方案实际上是两派意见的折中：在法国北部 Saint-Leu-d'Esserent、Nucour t和 Rilly-la-Montagne 等地区建立大型弹药库保存飞弹；沿英吉利海峡部署96处发射阵地；部署空射飞弹。
伦敦第一枚 V-1 落下之地
由于各种各样的原因，到当年 8 月份德军才开始在法国部署 V-1 飞弹——沿迪耶普到加莱修建 96 处发射场，每个发射场包括一个两边带有保护墙的发射导轨；一个非磁机房用来调试磁罗盘；一个发射掩体；存放飞弹的弹药库；燃料储存室和其他仓库。当然具体布局还要结合当地地形地貌尽可能做好伪装（出于伪装需要，德军通常选择树林、农场建设阵地，甚至刻意选择在其他民用建筑物周边建立阵地），此外诺曼底地区只修建了 8 处发射场。本来有一个更庞大的计划：沿瑟堡到比利时沿岸修建更多发射场，但最后来不及实施了。
理论上说一个 V-1 飞弹的发射阵地每天能够发射 15 枚 V-1 飞弹，但实际上这个标准很难达到，资料记录单个阵地最高的发射记录是一天发射了 18 枚 V-1 飞弹。而且因为 V-1 飞弹落后的制导系统性能，发射出去的 V-1 飞弹的命中率仅仅达到 25%，剩下的很多飞弹都失的了。造成 V-1 飞弹命中率低下的原因有以下几种：盟军采取的针对性的空防和打击措施；飞弹本身性能不可靠；还有就是制导系统失灵导致的脱靶。而随着盟军登陆后的步步深入，原先部署在法国海岸的发射场陆续被占领或被炸毁，V-1 飞弹的袭击目标逐渐从英国本土转向比利时境内的战略目标，特别是港口城市安特卫普。
V-1 飞弹的巡航高度原本希望定在距地面 2,750m（9,000 英尺）高度。但是由于在这个高度上气压式燃料供应阀总是不能正常工作，迫使设计者于 1944 年 5 月修改了设计，巡航高度降低了一半。这个改动带来的消极后果就是 V-1 飞弹在飞行时落入了盟军普遍装备的博福斯高射炮的有效射程里。
尽管绝大多数 V-1 飞弹都是从地面发射阵地发射出去的，但是从 1944 年 7 月到次年 1 月，德国空军还是发射了超过 1,176 枚空射型 V-1 飞弹。当时使用的是经过改装的 He 111H-22 型轰炸机作为发射平台，在北海上空进行发射，而所有这些飞弹载机都隶属于德国空军第三轰炸机联队——代号为“闪电”（Blitz Wing）的飞行联队。空射型 V-1 飞弹的存在对于德军而言好处多多：首先盟军登陆后部署在法国海岸的 V-1 飞弹发射阵地陆续陷落后，德军仍可以使用轰炸机继续对英国实施飞弹打击；其次由于空射平台机动灵活、隐蔽性强，不但可以有效地避开盟军地面部队的攻击，还可以避开英国防空力量的抵抗。为了在发射 V-1 飞弹时减小被英国雷达发现的概率，德军轰炸机飞行员们后来发明了一种名为“低-高-低”的战术，具体说就是：搭载了 V-1 飞弹的 He 111 轰炸机在起飞后，等到飞出海岸进入海上飞行后就下降到尽可能低的高度飞行；当接近发射阵位后，轰炸机迅速爬升到预定高度并发射搭载的飞弹；完成发射任务后，轰炸机掉头再次迅速降低高度，重复先前的步骤低空返航。但是不管怎么说空射型 V-1 飞弹的可靠性非常差，战后学者估计大概有 40% 的空射型 V-1 飞弹发射失败了，而且对于执行发射任务的轰炸机而言，这样的任务也十分危险，由于每次发射时的头几秒钟内飞弹尾焰会将周围夜空照的很亮，这无异于为对方夜间战斗机指出了一个很好的靶子。