自杀攻击的零式
到投降之日，日军在本土列岛拥有超过 9,000 架飞机可以用于神风攻击，其中超过 5,000 架已经特别装备完毕，准备用以自杀攻击抵抗我方的登陆计划。
1944 年 10 月 30 日，“贝劳伍德”号航母遭神风攻击
日本海军舰队的摧毁
正如本文开篇所述，日军在发动战争时拥有 10 艘航空母舰。在 1942 年的交战中，有 6 艘被击沉。在整场战争中，日本通过建造或改装自其他型号船舶，获得了 17 艘航空母舰的补充，包括 5 艘护航航空母舰。在这些改装型号中，包括一艘大和级战列舰船体的改造，以及两艘战列舰的部分改造，即将后部炮塔移除、安装小型机库以及飞行甲板。鉴于在 1942－1943 年训练完备的航母飞行大队的损失，日军直到 1944 年方才重新部署他们的航空母舰。在这一年的交战中，日军损失了 7 艘航空母舰，却没有任何值得一提的战果。还有 7 艘航母在本土水域由于潜艇或者空中袭击被击沉。除了一艘被舰载飞机施以致命重创、再由水面舰只消灭的例外，所有日本航空母舰被击沉的原因均为我方舰载航空兵或者潜艇。
日军拥有 2 艘大和级战列舰，其排水量达 64,000 吨，装备 18 英寸火炮，强于任何一艘美国战列舰。其中一艘在锡布延海（Sibuyan Sea）被击沉，另一艘在九州岛以南被击沉，均为舰载鱼雷攻击机的战果。
日军在开战时，总共拥有 381 艘战舰，排水量总计为 1,271,000 吨。在战争中，后续建造有 816 艘、排水量 1,048,000 吨的战舰。在所有型号和吨位的战舰中，有排水量总计 1,744,000 吨的 549 艘被击沉。在总共被击沉的日军战舰中，有 13,000,000 吨为航空母舰、战列舰、巡洋舰以及驱逐舰的级别。其中，625,000 吨被海军及其海军陆战队航空兵击沉，375,000 吨被潜艇击沉，183,000 吨被水面舰艇击沉，55,000 吨被陆军航空兵击沉，65,000 吨被其他兵力击沉。在这些级别的舰船中，只有 196,000 吨在战争结束时残存在水面上。日军水面舰船有很大一部分在夜间交战中被击沉。1943 年之后，日军驱逐舰的缺乏以及空中反潜力量的不足助长了美国潜艇部队在日军舰船上取得的战果。
1945 年 3 月，TF58 的舰载飞机在濑户内海发现了大和号并实施攻击，图为大和号急转躲避中
1945 年 4 月 7 日，大和号在爆炸中沉入海底
在菲律宾的解放以及冲绳岛的占领之后，日本的原油输入被完全切断，燃料储备消耗殆尽。由于缺乏燃料，残存的日军战舰被迫退役或加以伪装、仅仅作为防空火力平台之用。除开它用以反登陆自杀攻击的岸基神风航空兵、水面和潜艇部队，日本海军已经名存实亡。
日本运输船队的摧毁
日本的运输船队，不仅仅是前线地面部队后勤支援的关键一环，而且是本国经济结构的致命环节。在整场战争里，它是整个经济架构中在直接攻击之下脆弱无力的唯一部分。
在开战时，日本拥有的排水量超过 500 吨的运输船总计达到 6,000,000 吨左右。在战争中，通过建造、掠夺和征用，增加了 4,100,000 吨的数量。调查团在日本获得充足的资料，以便将这 10,100,000 吨船舶的信息逐一列表整理，包括（a）名称和吨位（b）被击沉或击伤的时间、地点及原因（c）幸存船只的当前情况以及停泊位置。从中取证的资料来源，在某些方面存在矛盾。如有可能，这些矛盾应该及早得以纠正。陆海军联合委员会（Joint Army and Navy Assessment Committee）已经临时达成一致，并将在未来进一步持续甄别各类资料。调查团认为，在下文中所陈述的内容将不会和陆海军联合委员会的最后结论存在本质上的差别。
在战争结束时，8,900,000 吨运输船被击沉、或被严重损坏以至于无法使用。其中，总数的 54.7％要归功于潜艇部队，16.3％为舰载飞机的战果，10.2％为陆航航空兵的战果，4.3％为海军和海军陆战队岸基航空兵的战果，9.3％为水雷（大部分由 B-29 投放）的战果，不到 1％为水面部队炮火的战果，此外有 4％由日方海员操作事故所引起。
美国潜艇击沉日本运输船的瞬间
得益于在敌军控制水域内长驱直入的能力，潜艇部队到战争结束的几个月前一直取得接近 60％的商船击沉战果。在 1944 年，航母特遣部队执行了多次纵深扫荡任务，击沉大量商船。在 1945 年 4 月 1 日之后，日本的船运被局限于朝鲜和满洲里的航线以及内海浅水区域范围，B-29 在日本港口和内海航道上布设的水雷取得了击沉或者击伤所有船舶的 50％战果。舰载和陆基航空兵在各种偶发战斗中同样击沉了排水量低于 500 吨的大量驳船和小艇，这没有被列入调查团的整理列表之中。以调查团的观点，那些以反舰攻击为主要职责、并拥有所需的设备、技术和训练的航空兵单位，在对舰船的作战上取得了相对于自身损耗的最佳战果。
最初，日军分配了三分之二的运输船队用以前线部队的后勤支持。他们期待，在初期的进军胜利完成之后，能够以持续增加的数量派回船只，用于为国民经济运送各种原材料。但是，在瓜达卡纳尔岛战役开始后，日军处在未曾预料到的持续军事压力之下，以至于计划中在该战役后进行的返程从未得以实现。
到 1942 年底，被击沉的船只略微超过了新近的补充数量。在此之后，被击沉的总吨位迅速地超过日本造船计划的增长能够企及的数量。堪用的运输船队规模因而开始持续下降，到战争结束时，其总吨位仅仅略多于开战时初始数量的 10％。日军姗姗来迟地尝试建立一套护航系统、重新改变航运路线、以及取消距离更远的物资供应，然而这些措施只是权宜之计，无法使局面改观。除此之外，护航和改变航运路线在战争结束前的几个月时间里将平均每船承载货物的重量降低至 43％。在 1944 年，油轮的损失尤其严重，因而引发了日本海运官员的首要关注。
第 313 轰炸机中队的 B-29 在投掷重磅磁性水雷
运输船损失对本土国民经济的后续影响将在下文中进行阐述。以前线日本陆军部队的视点，需要注意的是：从日本通过海运输送往前线的物资补给在 1943 年有 17％被击沉，1944 年则为 30％，1945 年为 50％。油轮的缺乏是日本海军舰队活动的持续障碍，这影响到在菲律宾海两场至关重要的战役的失败。由于广泛缺乏运输船，后勤供应的缺失是制约日本航空兵力量的首要问题之一。