到投降之日，日军在本土列岛拥有超过 9,000 架飞机可以用于神风攻击，其中超过 5,000 架已经特别装备完毕，准备用以自杀攻击抵抗我方的登陆计划。
1944 年 10 月 30 日，“贝劳伍德”号航母遭神风攻击
正如本文开篇所述，日军在发动战争时拥有 10 艘航空母舰。在 1942 年的交战中，有 6 艘被击沉。在整场战争中，日本通过建造或改装自其他型号船舶，获得了 17 艘航空母舰的补充，包括 5 艘护航航空母舰。在这些改装型号中，包括一艘大和级战列舰船体的改造，以及两艘战列舰的部分改造，即将后部炮塔移除、安装小型机库以及飞行甲板。鉴于在 1942－1943 年训练完备的航母飞行大队的损失，日军直到 1944 年方才重新部署他们的航空母舰。在这一年的交战中，日军损失了 7 艘航空母舰，却没有任何值得一提的战果。还有 7 艘航母在本土水域由于潜艇或者空中袭击被击沉。除了一艘被舰载飞机施以致命重创、再由水面舰只消灭的例外，所有日本航空母舰被击沉的原因均为我方舰载航空兵或者潜艇。
日军拥有 2 艘大和级战列舰，其排水量达 64,000 吨，装备 18 英寸火炮，强于任何一艘美国战列舰。其中一艘在锡布延海（Sibuyan Sea）被击沉，另一艘在九州岛以南被击沉，均为舰载鱼雷攻击机的战果。
日军在开战时，总共拥有 381 艘战舰，排水量总计为 1,271,000 吨。在战争中，后续建造有 816 艘、排水量 1,048,000 吨的战舰。在所有型号和吨位的战舰中，有排水量总计 1,744,000 吨的 549 艘被击沉。在总共被击沉的日军战舰中，有 13,000,000 吨为航空母舰、战列舰、巡洋舰以及驱逐舰的级别。其中，625,000 吨被海军及其海军陆战队航空兵击沉，375,000 吨被潜艇击沉，183,000 吨被水面舰艇击沉，55,000 吨被陆军航空兵击沉，65,000 吨被其他兵力击沉。在这些级别的舰船中，只有 196,000 吨在战争结束时残存在水面上。日军水面舰船有很大一部分在夜间交战中被击沉。1943 年之后，日军驱逐舰的缺乏以及空中反潜力量的不足助长了美国潜艇部队在日军舰船上取得的战果。
1945 年 3 月，TF58 的舰载飞机在濑户内海发现了大和号并实施攻击，图为大和号急转躲避中
1945 年 4 月 7 日，大和号在爆炸中沉入海底
在菲律宾的解放以及冲绳岛的占领之后，日本的原油输入被完全切断，燃料储备消耗殆尽。由于缺乏燃料，残存的日军战舰被迫退役或加以伪装、仅仅作为防空火力平台之用。除开它用以反登陆自杀攻击的岸基神风航空兵、水面和潜艇部队，日本海军已经名存实亡。
日本的运输船队，不仅仅是前线地面部队后勤支援的关键一环，而且是本国经济结构的致命环节。在整场战争里，它是整个经济架构中在直接攻击之下脆弱无力的唯一部分。
在战争结束时，8,900,000 吨运输船被击沉、或被严重损坏以至于无法使用。其中，总数的 54.7％要归功于潜艇部队，16.3％为舰载飞机的战果，10.2％为陆航航空兵的战果，4.3％为海军和海军陆战队岸基航空兵的战果，9.3％为水雷（大部分由 B-29 投放）的战果，不到 1％为水面部队炮火的战果，此外有 4％由日方海员操作事故所引起。
美国潜艇击沉日本运输船的瞬间
最初，日军分配了三分之二的运输船队用以前线部队的后勤支持。他们期待，在初期的进军胜利完成之后，能够以持续增加的数量派回船只，用于为国民经济运送各种原材料。但是，在瓜达卡纳尔岛战役开始后，日军处在未曾预料到的持续军事压力之下，以至于计划中在该战役后进行的返程从未得以实现。
到 1942 年底，被击沉的船只略微超过了新近的补充数量。在此之后，被击沉的总吨位迅速地超过日本造船计划的增长能够企及的数量。堪用的运输船队规模因而开始持续下降，到战争结束时，其总吨位仅仅略多于开战时初始数量的 10％。日军姗姗来迟地尝试建立一套护航系统、重新改变航运路线、以及取消距离更远的物资供应，然而这些措施只是权宜之计，无法使局面改观。除此之外，护航和改变航运路线在战争结束前的几个月时间里将平均每船承载货物的重量降低至 43％。在 1944 年，油轮的损失尤其严重，因而引发了日本海运官员的首要关注。
第 313 轰炸机中队的 B-29 在投掷重磅磁性水雷
运输船损失对本土国民经济的后续影响将在下文中进行阐述。以前线日本陆军部队的视点，需要注意的是：从日本通过海运输送往前线的物资补给在 1943 年有 17％被击沉，1944 年则为 30％，1945 年为 50％。油轮的缺乏是日本海军舰队活动的持续障碍，这影响到在菲律宾海两场至关重要的战役的失败。由于广泛缺乏运输船，后勤供应的缺失是制约日本航空兵力量的首要问题之一。
潜艇攻击、远程巡逻-攻击飞机、水雷以及舰载和陆基飞机之间相互支援，突破日军防御。远程飞机的巡逻为潜艇部队搜索目标；日军具备若干反潜防护设施的护卫船队在面对空中袭击时易受攻击；由于惧怕潜艇攻击而开入拥挤港口的日军船舶是航空母舰袭击的轻松战果；同时水雷能够帮助把船舶赶出浅水区域，进入潜艇能够活动的水域中。如果我方建造更多的潜艇，更早地将目标集中在油轮之上，更全面地配合远程飞机的巡逻-攻击任务而展开潜艇作战，运输船队的摧毁过程将能够更加有效。
在战争爆发时，日本建立了一支兵力为 1,700,000 人左右的陆军地面部队，并达到过 5,000,000 人左右的巅峰数量。日本陆军的病历档案显示，在所罗门群岛、新几内亚、马歇尔群岛、吉尔伯特群岛、加罗林群岛（Carolines）、马里亚纳群岛、菲律宾群岛、冲绳群岛、硫磺岛和阿留申群岛部署的兵力总数为 668,000 人，其中 316,000 人战死；在缅甸部署的兵力为 220,000 人，其中 40,000 人战死；在中国部署的兵力为 1,100,000 人，其中 103,000 人战死。大部分剩余兵力部署在满洲、朝鲜以及本土列岛，实际上并未参加战争中的决定性战役。
我方进军战略以及日本水面运输系统的缺陷使得日军只能对任何我方决定占领的关键岛屿集中投入他们堪用的地面部队之中的一小部分。日本士兵的忍耐能力和决死信念均是无可比拟的。1942 年之后，我方陆军或者海军陆战队在任何地面区域与日本步兵作战，均能获得全面的空中优势支援。除了雷伊泰岛战役的奥尔莫克港（Ormoc）运输，我方在其他的每一场交战中，均绞杀了日军向关键交战区域输送人员和物资增援的能力。在奥尔莫克港，日军使 30,000 名步兵登陆，但这批部队抵达前线耗时过长，建制零散，无法起到有效作用，此外他们的大批运输船在能够卸下重装备之前便被击沉。在每一场交战中，当日军准备在登陆区域准备防御时，他们被空中轰炸和海军舰炮轰击大为削弱。不过，实战经常证明：即便能够通过早期的准备、甚至最猛烈的轰击遏制日本步兵，仍然很难消灭他们其中的哪怕一小部分。日本人深藏在地道、战壕和山洞之中，我方很难发现，往往通过轰炸和海军炮火均无法消灭。敌军的大部分固定火炮工事被摧毁，但仍有部分残存。我方在登陆的滩头阵地之上投放猛烈炮火准备，其强度通常使日军向内陆短暂退缩一段距离；不过当我军从滩头开始挺进之后，则必须在代价高昂的近距离战斗中消灭日军残存力量。但是，战事依然证明：如果在初期准备阶段以及后续的近距离支援战斗中，能够投入适当强度和精确度的火力，日军的抵抗能够得到有效的削弱，我方的伤亡也会随之减小。