同时，所有这些型别的 JSF 都只应在同一条生产线上制造，使用同一种针对 CV 和 STOVL 优化的发动机，并且拥有尽可能多的通用部件。此外，所有的JSF还必须使用同一种通用的支援和维护系统。
对于美国航空工业而言，JSF 不仅是多年来第一种同时满足多军种使用需要的战斗机，还是第一种在同一条生产线上生产的具有多种配置的战斗机。而且，该项目的中心议题便是如何有效降低采办和使用成本，这在过去的项目中还未曾有过。因此，研制这样的飞机对于目前的美国军用飞机制造业而言，必定是一场严峻的挑战。
计划的发展情况
经过激烈竞争，美国波音公司和洛克希德•马丁公司终于获得了概念验证阶段的竞争权。根据美国军方的安排，双方分别设计制造了两架概念验证飞机（即 X-32 和 X-35），用于军方比对削减武器系统成本和加强飞机性能的技术，以及在工程制造与发展阶段（EMD）前用于降低计划风险所采取措施的有效程度。此外，还需要以该概念验证机为基础，设计并改进一套武器系统概念的战斗机，以符合所有军种的获得性需求。而所谓获得性需求即为军方能以低廉的成本取得战机，而且战机的整体寿命中，包含设计、开发、生产、维修与运作的全寿命周期成本都必须比现有的同类型战斗机低，而美国和英国的项目考察重点恰恰都集中在此。另外，为了平衡发动机的成本，美国军方已同意由普惠公司为JSF计划研制新型的发动机。这种发动机将以 F-22 的 F-119 高性能涡轮风扇式发动机为基础，以提高其可靠性、可维护性和生存能力为改进重点，同时保证未来的JSF还可以使用通用电气公司 F-120 发动机。
1995 年，“第一阶段联合暂时需求文件”（JIRD I）出台，指定了 JSF 的需求尺寸、速度及隐身性能参数，波音公司采用全新的三角翼构型设计的 370 方案和洛克希德•马丁公司利用研制 F-22 的成熟技术经验设计的传统型 230-1 方案胜出，从而分别得到了“X-32”和“X-35”的概念验证飞机的发展编号。两家公司同时开始了概念验证机的研制生产。
1997 年，“第二阶段联合暂时需求文件”（JIRD II）发布，指定了飞机的成本限额和通用维护性要求。其中指出，参与计划的发展商必须制定出 JSF 的通用维护计划以便适应现有标准的故障诊断和维修保障系统的正常运作，同时必须给 JSF 加入“安全预测管理系统”，使之能够监控并预测机上设备及机件的使用情况，并允许通过适当降低性能的方式来提高飞机的安全性。同时，文件中还提出了所谓“集成维护”的概念，即去除中间层次的冗余维护以减少后勤补给和库存配件上的不必要浪费。
1998 年，“第三阶段联合暂时需求文件”（JIRD III）公布，文件强调的重点在于机载电子设备和传感器系统，这里的传感器除了包括了机载的部分，还涵盖了机外可以遥控的部分传感器。文件指出，飞机电子系统的设计必须与美军整体指挥、管制、通信、情报、计算机（C4I）的发展计划同步。目前，波音公司和洛克希德•马丁公司均在使用经改装的大型客机进行测试JSF所选用的机载主动电子扫描相位控制阵列雷达、光电传感器以及机载数据链系统性能的工作。
1999 年 5 月，美国国家财务署公布的评估报告显示，参与竞争的两家公司均未达到足够的技术成熟度，尚无法进入工程制造与发展阶段（EMD）。其中，洛克希德•马丁公司在概念验证阶段的支出超过预算 1.47 亿美元；波音公司的情况也大同小异，于 1999 年初重新设计了 X-32 的整个机身构型，基本脱离了原来方案的构型，而由于研制上所做的变动太大，在 X-32 成功试飞后的今天，美国军方对其尚存在不少疑虑。
1999 年 9 月，在美国军方终于敲定了“作战需求文件草案”之后，参与计划的两家公司还表示要再作一些修改。目前，波音公司的 X-32 停留在公司编号为 374.3 的构型上，洛克希德•马丁公司的 X-35 则移至公司编号第 235 的构型上，并以此作为各自进入工程制造与发展阶段（EMD）竞标的最终构型。2000 年 3 月，美国国防部终于公布了最后确定的“作战需求文件”，并允许参与竞争的两家公司再作少许改动，再开始进行竞标。
由于 JSF 计划所需的飞机数量庞大，在未来 30 年至 40 年中将可以创造 2,000 亿至 4,000 亿美元的产值，因此该项目对于美国航空工业有着举足轻重的影响，甚至是威胁到参与竞争的两家公司的“生死存亡”问题。因此，如何选择整个 JSF 计划竞标项目中唯一的赢家，也成为美国国防部考虑的重点。
美国军方的项目竞标考核人员从 2000 年 3 月开始对两个公司的方案进行了不间断的评估比较，而两个公司最后的提案书也已在 2000 年 10 月上交五角大楼，军方最后的决定将在 2001 年夏季作出，而且也将标志着概念验证阶段的结束，其后将开始为期 4 年，经费高达 200 亿美元的工程制造与发展阶段（EMD），当然，影响这段时期的其他因素也很多，包括总统大选后美国新政府的态度，或者国会削减 EMD 经费，甚至 STOVL 型概念验证飞机的试飞延迟等，都会显著影响到整个 EMD 阶段。
EMD 阶段将建造10架先期生产型飞机和7架测试型飞机。首架飞机的首次试飞预定在 2005 年进行，接着是 6 个阶段的小批量初始生产。首批 13 架 JSF 将在 2008 年交付美国空军和海军陆战队。最初构型的 JSF 可以携带 GBU-31 联合直接攻击弹药（JDAM）和 AIM-120 先进中距空空导弹，在 2009 年出现的 JSF 第 2 批构型将具有更多功能，而在 2010 年下半年出现的 JSF 第 3 批构型已基本可以满足作战需求文件所指定的要求。