正在画第 40 个标志，方向舵的上段是黄色的，从这个角度可以清楚看到尾轮上面方向舵的控制杆
JG1 的 E-4，可以看到掀开的座舱盖上有个小把手，用来拉开前段的玻璃，现在是开着的，风挡玻璃也得到了加强，见下图
大多数战斗机此时根据命令在机身两侧重新喷上深色迷彩，图中的 3/JG1 显然是违章了
从 7 月中旬到 10 月 31 日总共 4 个月的不列颠空战中，德军损失了 610 架 Bf 109 和 235 架 Bf 110，而皇家空军损失了 631 架飓风和 403 架喷火。可以说是平分秋色，但德国人并没有如计划的掌握制空权，这是战略本身的缺陷，跟 Bf 109 的性能或者飞行员的素质无关。事实上，在上述损失数字中，如果把战斗机对战斗机的部分拿出来，我们可以得到：
219 架喷火——180 架 Bf 109 272 架飓风——153 架 Bf 109
总共 491：333 的比例显然说明了德国战斗机更胜一畴。
40 年底，大多数战斗机联队回到国内重整，只有 JG2 和 JG26 回到海峡边的机场，元首的目光已经投向东线，“真正的敌人”——苏联。
法国人正在回收迫降的战斗机，这样的情景随处可见，Luftwaffe 正在英伦上空慢性出血。损失的战斗机很快可以补充，但上百名有经验的飞行员呢？再也没有回来
“跟着那些笨重的轰炸机飞了两个小时还不能看到大陆的海岸线。”JG26 的飞行员抱怨，那天他们损失了 12 架战斗机，其中 5 架像这样栽在沙滩上，另外 7 架“溅落”到海中
Bf 109E-7 于 40 年夏末装备部队，外形设备跟 E-4/N 基本相同。在腹部由工厂装上了 ETC250 挂架（此前都是部队自己加装），可以挂 250 公斤炸弹或者一个 300 升的副油箱以增加航程。
7/JG77 的 Hans Pichler 站在座机前，机腹的挂架可以自由选择 ETC50 或是 ETC500，这架早期型的 E-7 还没有换上尖头桨毂罩
41 年发布了 E-7/U2，U 是 Umruest-Bausatz 的缩写，即工厂提供的改装套件，E-7/U2 为机翼下的散热器、发动机下方和油箱增加了防弹钢板。
E-7/Z 给发动机装上了 GM1 注入设备，在座舱后面加入一个钢瓶，储存液态的一氧化二氮（笑气），在飞行时将注入增压器，提供更多氧气。原先的战斗机升到一定高度后，由于空气密度稀薄，引擎中的燃烧就不够充分，这种改进提高了战斗机的高空性能。
E-8 和 E-9 在 40 年底出现，前者其实就是装上 300 升副油箱的 E-1。后者是远程侦察型，使用 DB 601N 发动机，加装副油箱，改用 RB50/30 航空相机。
德国在 39-40 年一系列的成就极大的鼓励了墨索里尼，40 年 10 月 28 日，他在阳台上嚷嚷着要重现罗马帝国的荣光，第一步是通过阿尔巴尼亚入侵希腊。但是 1940 年的罗马人与他们 2000 年前的祖先差别太大，在最初几次胜利后，意大利人被狼狈的赶了回去，反而半个阿尔巴尼亚落到希腊人手里。担心英国的势力渗入巴尔干半岛，希特勒决定帮一把落难兄弟，通过南斯拉夫和保加利亚进攻希腊。
3 月，II/ 和 III/JG27 及其 Stab（战斗轰炸机，下同）中队，Stab、II/ 和 III/JG77，I/ 和II/LG2 开始进驻罗马尼亚的各个机场，但南斯拉夫发生的政变打乱了希特勒的时间表。亲德的政府被推翻，新成立的政府废除了与德国的一切协议。3 月 25 日，元首签署作战命令。4 月 6 日，陆军在 1,200 架飞机掩护下同时进攻南斯拉夫和希腊。
南斯拉夫的 Bf 109E-3
南斯拉夫空军的战斗机只有很少几架逃到空中，别的都被击毁在机场上。Bf 109 第一次同室操戈——升空的是南斯拉夫空军第 6 战斗机团的 Bf 109E，幸好德军所有的战斗机都把引擎罩和尾翼涂成黄色才不至于混淆。
这架 JG27 的 E-7 把引擎罩、翼尖和机身环涂成黄色，方向舵上的涂层最早剥落
希腊的空军由一个布伦海姆轰炸机中队，一个格罗斯特“斗士”战斗机中队和两个飓风战斗机中队组成，那里的天气多少阻挠了德国空军的行动。4 月 13 日，6 架布伦海姆被 Bf 109 拦截，全部被击落。到 23 日希腊和英国军队逃往克里特为止，德军共损失飞机 164 架，英军损失 72 架。JG77 和 ZG26 乘胜追往克里特，肃清了剩下的盟军飞机，支援伞兵空降。5 月 22 日，I/LG2 的一架 E-4/B 无意中撞上英国海军的斐济号巡洋舰，用它的炸弹在侧舷炸开了一个大洞，30 分钟后，第 2 架 E-4/B 带着 500 磅炸弹飞来，击沉了斐济号。6 月 2 日，克里特战役结束。
巴尔干的恶劣天气使得发动机的更换更加频繁
“黑色 10”，III/JG77 的一架 E-3 在攻击一处皇家空军基地时被击落，没有把机鼻涂成黄色
