7/JG77 的 E-4 在做起飞前的检查，似乎只要地面上拍的照片中飞行员总是很悠闲
此外，梅塞施密特还作了种种附加设施的尝试。他们将一架 E-8 的轮子换成雪橇（更像一对浮筒），并设计了一种托卸式的滑车以帮助在正常跑道上的起飞。当试验快结束时，空军已经在俄国经受了第一个冬天，发现雪地中起降不会有大问题。而加上额外的雪橇反而会影响飞机的气动性能，该项目遂告终止。
在机翼上下表面增加备用油箱的实验开始于 42 年，一架 E-4 用于该项目，加厚了机翼，对速度没有大影响，但最小转弯半径增大了，总体操纵性也稍有下降。由于部队的报告证明光是腹部的副油箱也足够了，这个项目也停了下来。后来把机翼上侧的油箱换成一个中空的容器，可以钻进一个敌后作战的特种人员和他的全部伞具装备，这架 E-4 于 43 年夏天试飞，获得成功。但空军对这种想法兴趣不大，所以从未投入实战使用。
1941 年 4 月 14 日，1./JG27 来到北非的 Ain el Gazala 机场，此前他们的战斗机在西西里进行了热带改装。在增压器进气口外面加装空气过滤器，并为飞行员提供一套沙漠中的逃生装具（应急口粮，水，信号设备，卡宾枪）。改装后的战斗机称为 Bf 109E/Trop。
这就是安装空气过滤器的原因！
19 日，1 中队的 E-4/Trop 和 E-5/Trop 开始战斗巡逻，与皇家空军 274 战斗机中队遭遇，击落 4 架飓风，自己损失 1 架。3 天后，3./JG27 到达北非，非洲军的战斗机和飞行员素质都凌驾于对手之上。I/JG27 大队标志是猎豹的头和眼睛瞪大的黑人，与他们在非洲的使命无关，这个标志早在法国战役开始之前就已经被使用了。
6 月 1 日，第 4 个 Bf 109E 中队从西西里来到加拉扎机场，只有 6 架飞机的 7./JG26 的中队长是骑士勋章获得者，43 次空战胜利的 Joachim Munchenburg 中尉。
这架 E-7/Trop 黄色引擎罩两侧的红心是 Muchenburg 中尉的个人标志
6 月中旬，英军发起战斧行动，隆美尔于 17 日发动反击，战斧失败。此后双方都在积攒实力，准备新一轮的攻势。大量战斗机、坦克和燃料通过马耳他送到英国人手中，而元首的眼光已经集中到东线，隆美尔的供给日见窘迫。直到 9 月 14 日，从俄国战场抽调出来的 II/JG27 才来到非洲，装备更新型的 Bf 109F 战斗机。从此，E 型卸下了一线战斗机的重任，到 42 年，只有战斗轰炸机部队和侦察部队还在使用 Bf 109E。
刚到非洲就开始战斗值勤，Ludwig Franzisket 中尉驾驶的这加 E-4/Trop 还使用的欧洲迷彩，正在为 II/St.G2 的斯图卡护航，从托布鲁克归来
非洲之星这时也只是刚到非洲的准尉，机身还是旧的涂色。欧洲式样的深蓝色飞行服，带着夏季飞行软帽
很有名的照片，1./JG1 的“白色 3”和“白色 8”正在巡逻，8 的机身环比 3 的宽得多
1 大队的飞行员在碰头，穿的既有欧洲式样又有非洲式样，身后的飞机涂装也是如此。只有第 3 架的上面部分是非洲迷彩：沙黄（79），橄榄绿（80），浅蓝（78）。机身的白色环是地中海地区的识别标志
ETC500，上面写着“取下挂架前先取下盖子”，而盖子上方则写着“锁住”。炸弹上写的是……“寸草不留”，可以很好的看到炸弹搭钩。
在入侵苏联的前夜，德国的战斗机部队还在换装更新型的 Bf 109F，但参加巴巴罗萨的 440 架 Bf 109 中，大约三分之一还是 E 型。包括中央战区的 II/ 和 III/JG27，南部战区的 I/ 和 II/JG52，II/ 和 /III/JG77，I（Jagd）/LG2，北部战区的 II/JG54。虽然空军宣称：“Bf 109E 就足以消灭任何敢于升空的苏联战斗机，因为驾驶它们的都是最优秀的德国飞行员。”但对比法国战役中，投入 1,000 架 Bf 109 的数字，不禁要质疑德国是否有能力同时进行两线战争？此刻的德国战斗机部队分散在英吉利海峡，巴尔干和希腊，挪威和北非，440 架已经是能调集的所有力量。
“白色 3”是 III/JG54 的一架 E-4，黄色的方向舵和机身环都是东部战场的标志（黄色翼尖到后期才有），黄色的机鼻则是不列颠空战的留念
1941 年 6 月 22 日，在曙光勾勒出高加索山脉第一条轮廓线，231 架战斗机伴着 637 架轰炸机扑向苏联境内 31 个前线机场，全天都是清场式的密集轰炸。到傍晚为止，共有 35 架德国飞机未能归来，就用这点微不足道的代价，共有 300 架左右的苏联飞机被击落，另有 800 多架在机场上化作残骸。胜利是绝对的，却是不宣而战的胜利。大部分史学家同意，苏联在开战第一天损失 1,200 架飞机，更有人认为 1,800 架。德国人 35 架的损失中包括 JG27 的联队长舒尔曼少校（Schellmann），这位在西班牙取得 12 次胜利的老兵在击中一架 I-16 后（第 25 次胜利），座机被对方撞击，被迫跳伞。两天后，他被 NKVD 抓住并枪决。打从一开始，东线的战斗就是你死我活，双方都很少保留空军的战俘。
这是 8./JG54 的 E-3，已经很少见到了。机身浅蓝灰色，机鼻黄色，说明刚从海峡前线调来。（不用怀疑，确实是黄色机鼻，40 年代使用的胶片使黄色看起来很深罢了。）
6 月 29 日，刚好开战一星期，德国公布摧毁 4,017 架苏军飞机，自己损失 150 架。7 月 3 日，II/JG27 被调回国内，换装 Bf 109F；8 月，II/JG52 也换上了 F 型战斗机。到 41 年秋天，担任第一线战场主力的已经全部是 Bf 109F，只有一些战斗轰炸机中队还在使用艾米尔，北部战区 JG5的 E 型则一直用到 42 年春天。
1941 年的冬天，大多数 E 型已经被改装成战斗轰炸机，这架 E-3/B 有加装的防弹风挡
