行动中C-130的航线（虚线），实线是遭劫持A300的航线
决心已下，官兵回营修整，并继续熟悉情报和地图，很多人还没来得及看，从第一次听说营救任务到现在只有18个小时的马不停蹄的准备和演练。装备需要转移到洛德机场，准备明天出发。奔驰还需要修理，还需要喷黑漆，加装用硬纸板剪出来的乌干达牌照和国旗。有意思的是，总参侦察队的人员像世界其他特种部队一样，可以自己选择个人装备。以色列的加利尔突击步枪已经列装，总参侦察队也在使用，但当恩德培营救命令下达时，每个人优先领取的却是久经考验的AK47，看来AK47精度糟糕的口碑并不影响这些精兵中的精兵的选择，最关键的时候，能确保打响才是最重要的。不过参加行动的伞兵们依然使用加利尔，他们只有制式武器可用，没有选择。
7月3日，摩萨德关于恩德培的最新情报到达了。一个摩萨德的人驾着一架小飞机绕恩德培机场航拍，照片显示，旧航站楼屋顶和楼前停机坪上没有乌干达士兵警戒，大大降低对突击队的威胁。
2008年拍摄的恩德培国际机场旧航站楼
下午1点20分，五架C-130从洛德机场飞往西奈南端的沙姆沙伊赫，这是在1973年10月战争之前，以色列依然控制西奈半岛。沙姆沙伊赫是以色列控制地区里离恩德培最近的空军基地了。其中4架将参加行动，第5架作为预备。
7月3日下午2点，内阁召开全体会议，经过一个半小时的激烈辩论，最后全体通过。两天前，同一个内阁也全体通过了与恐怖分子谈判的决议。但在内阁决议之前一个小时，突击队的飞机已经出发了，要确保午夜抵达恩德培，时间等不及了，万一内阁不批准，反正还可以在空中召回。飞机从西奈南端的沙姆沙伊赫出发，一号机由沙尼中校亲自驾驶，装载总参突击队尖刀组的29名成员和他们的奔驰及两辆路虎吉普，还有52名伞兵和肖姆龙指挥组的一半，肖姆龙准将、副手海姆奥兰中校和伞兵旅侦察队队长维尔纳伊中校也在一号机上。二号机由纳迪少校驾驶，装载贝策少校的两辆装甲车和16名总参侦察队成员，还有17名伞兵和肖姆龙的另一半指挥组。三号机由阿里耶少校驾驶，装载另两辆装甲车和16名总参侦察队成员，另有30名戈兰尼旅侦察队成员。四号机由哈利夫尼中校驾驶，装载两辆标致轻型卡车，一辆是戈兰尼旅侦察队用的，另一辆用于装载燃油泵，还有10人加油组，10人医疗组和20名戈兰尼旅侦察队成员。
飞机超载起飞，非常勉强地在跑道尽头拉起，为了不至于失速，好久才能转弯向东南飞行。为了避免引起埃及和沙特阿拉伯雷达的注意，飞机在60米超低空飞行，直到埃塞俄比亚海岸才拉高到6000米，转向南偏西的航向，直奔恩德培。埃塞俄比亚没有像样的防空雷达，根本看不见以色列飞机。肯尼亚是友好国家，也无大碍。接下去就是乌干达了。
晚上10点半，机群到达恩德培紧邻的维多利亚湖上空，机群散开，一号机继续向恩德培飞行，二号、三号、四号机按计划盘旋，等一号机着陆后再跟进着陆。亚当和佩利德乘坐的波音707因为速度快，在C-130起飞后几小时才起飞，这时也已经到达战区上空，现场指挥。
恩德培机场航拍
幸运的是，恩德培机场跑道灯打大开，乌干达当局根本没有料到以色列会长途奔袭。沙尼还是打开了雷达，预防万一乌干达当局发现不对，关闭跑道灯，但跑道灯一直开着。飞机平缓地下降，轻轻地接地，沙尼怕超载的飞机着陆太猛把轮胎压爆了。还在下降和准备接地过程中，机尾门已经开始打开。内塔尼亚胡和战友们可以看到迅速向后闪过的跑道灯。机侧的门也打开了，伞兵准备一接地立刻跳出去，安放着陆引导灯，万一乌干达当局清醒过来关掉跑道灯也不怕了。11点01分，当地时间12点01分，一号机接地。
飞机还在滑跑，伞兵已经跳出去，开始安放着陆引导灯。所有车辆的系留索全部解开，奔驰已经启动，这一次发动机一下子就打起火来了，路虎吉普在后面也启动了发动机。飞机滑行到通往旧航站楼的滑行道时转弯停下，这是预定的停机点。机尾门还没有完全放下来，奔驰和路虎就窜了出去，一转弯就直奔旧航站楼去，行动开始了。
机尾门还没有完全放下来，奔驰和路虎就窜了出去，一转弯就直奔旧航站楼去，行动开始了
离旧航站楼大概200米的地方，黑暗中出现两个乌干达哨兵。训练过乌干达士兵的以色列军官说，乌干达士兵的素质很一般，但一个不对劲就会毫不犹豫地开枪。果然，一个士兵已经把枪对准了奔驰。奔驰放慢速度，好像要准备验明身份一样，但缓缓滑到跟前时，内塔尼亚胡和后座的人同时把无声手枪伸出去开枪。接下去的事情已经无法弄清了，到底是乌干达士兵倒地前扣动了扳机，还是另一名乌干达士兵开了枪，还是后面路虎吉普上的突击队员看到乌干达士兵倒地时还在挣扎所以抢先开枪，反正枪声响了，接着就是像暴雨一样的子弹倾泄到这个倒霉的乌干达士兵身上。车队猛然加速，开足马力冲了过去。另一个乌干达士兵这时慌了，开始逃跑。不过他没有向黑暗里逃，而是沿着有跑道灯照明的跑道跑，被高速奔驰的路虎吉普上的机枪打倒了。奔驰冲到塔台和旧航站楼前的空地嘎然停止，这里离预定的下车点还有20米，但这里比较黑暗，有利于下车组织行动。内塔尼亚胡和尖刀组成员迅速下车，成三角队形直冲候机厅入口处。
作为伪装的一部分，突击队全体身着乌干达军队的伪装服。当一名恐怖分子听到枪声往外看的时候，还以为乌干达军队突然掉转枪口了。在恐怖分子疑惑的当口，尖刀组已经冲到了门前，但这时贝策突然停了下来，利用墙角的掩护，向入口前广场上扫射。情报表明，乌干达警卫在楼外有一条警戒线，但实际上没有。贝策的谨慎耽搁了近20秒时间，里面的恐怖分子和乌干达士兵开始回过神来，向外射击。内塔尼亚胡一面着急地催促贝策小组往前冲，一面自己带领指挥组向门前预定位置冲，但还没有到达位置，胸前中弹倒地。出发前，内塔尼亚胡就下了死命令，任何人负伤，其他人继续往前冲，一切等恐怖分子消灭、人质安全了再救护。这时战友们按照命令，没人停下来，继续往前冲。
内塔尼亚胡一面着急地催促贝策小组往前冲，一面自己带领指挥组向门前预定位置冲，但还没有到达位置，胸前中弹倒地
关于内塔尼亚胡的中弹，一直存在着很多不同的传说。一般说法是他在撤退的最后关头被塔台上的一颗子弹击中，也有说战斗中一个乌干达士兵倒地前扣动扳机击中他的。但参加战斗的突击队员回忆，他是在开始冲击的时候就中弹倒地的。抢救的军医证实子弹是从前面打中的。军医从内塔尼亚胡胸前的手榴弹带上取出AK47的弹头，这是恐怖分子使用的武器，乌干达士兵使用的是FN FAL，使用的子弹与AK47完全不同，而且射击方向也是在内塔尼亚胡的背后。