然而，F-22并非完美无缺，航程有限和维修要求高是两个最严重的缺陷。该飞机的最大航程稍高于F-16，但比F-15C差得太远，而F-22原本是为替换F-15而设计的。这一事实引起三个重大后果：遂行作战需要更多空中加油机支援；只能有限突入敌方纵深领空；飞行员无法充分利用F-22的超音速巡航能力。在维护方面，该战机也比最初预期更困难。空军承认：F-22的“雷达吸波金属蒙皮是造成维修困难的主要原因，还有其他意料之外的缺陷。”空军需要不间断地维修这些涂层，才能保证F-22处于战备状态，故而大幅增加了所需维修人员（和费用）。而且，在传统（与隐身性无关的）维护项目方面，初期情况表明，F-22也比前代战斗机的费用高。不过随着维修人员增加经验，这个问题得到大幅改善。例如，2004年的平均维修间隔时间为0.97飞行小时，但是对较新的F-22，这项指标近来已提高到3.22个飞行小时。
F-22的涂层维护占据了相当大的人力物力
另一项重要考量和专业化要求相关。空空作战有许多非常高度的特殊要求，特别注重如何对抗高端空中威胁。因此F-22采纳了一些非常专业化的一体化航电结构设计，而今若要跟上不断出现的新需要而升级改造，其代价非常高昂。结果是，在某些作战环境中，F-22的表现反而不如老式的第四代战斗机。例如在低威胁环境中，F-22难以成为一种空对地作战平台，从来比不上A-10、F-15E、F-16或F/A-18等的空对地作战能力。这些老型机所适用的空对地攻击弹药种类要广得多，也更容易通过改造接纳新技术（例如新一代瞄准吊舱），通常航程更大及巡逻时间更长，而且购买成本和运行费用也更低。这些因素，加上阿富汗、伊拉克（从2003年以来）和利比亚战场都不存在任何空中威胁的现实，都使得F-22没有用武之地。鉴于空军没有往这些国家部署这款最新式战斗机，批评马上接踵而至，指称F-22无战可打，留之何用。
总之，F-22的性能表现达到设计要求，大致满足期望。它是一款卓越的空对空战斗机，其隐身性、先进航电设备和机动性在现代战斗中优势毕显，其空对地攻击能力也相当强大。然而，F-22执行这些任务的效能在很大程度上取决于对手的威胁。如果不存在依靠雷达的地面威胁，那么在执行空对地攻击任务时，它并不比老式第四代飞机更有优势。下一个问题要讨论为这些性能付出的成本。
昂贵的F-22却不适应现在的低烈度空地作战，这不能不说是一个讽刺
F-22采用了许多尖端技术。它是第一款拥有隐形、一体化航电、矢量推力、超音速巡航的实战空对空战斗机。国会，尤其是众议院，从一开始就对F-22存有疑虑，因为议员们认为空军对“困难时期的拨款额度抱有极不现实的幻想。”到1993年时，国家审计总局、国会预算办公室、国防科学委员会等，都已经对国防部可能得到的估算拨款与其项目估算成本之间的缺口表示担忧。由于技术挑战和资金不稳定而引起的持续忧虑，迫使空军在1993、1994、1996和1997年重新调整F-22计划——而研发成本在同时期上涨了50亿美元。
国会对空军控制计划成本的能力失去信心，于是在1998财年设定了费用封顶。最初规定这些限额时，国防部部长办公室成本分析改善组、联合估算组、空军、国会预算办公室等，都对计划研发成本达成基本共识，都估计EMD阶段的成本为187亿美元、研究/开发/测试/评估（RDT&E）阶段的总成本约为224亿美元。然而几年后出现的未曾料到的技术问题，致使这四项独立的成本估算都落空。到2007年时，RDT&E总成本膨胀到约304亿美元，超出1998财年国会限额约36%，超出EMD阶段初期估算的56%。
如果说各方对研发费用的预测尚不离谱，1997年估算的生产费用则差距巨大。空军对预期生产成本的估算最低，但仍比国会设定的434亿美元限额多数十亿。其他如国会预算办公室、国防部部长办公室联合估算组，以及联合估算组等，对生产成本的估算都更高；然而，所有部门的估算数无论多高，都被后来发生的实际成本所突破。笔者无法解释国会为什么把生产费用限定为434亿，这个限额即使在最佳情况下也不足支付339架F-22的生产。在2009财年，国会又把原来的434亿下调到376亿，因为实际通货膨胀率低于1998财年设立此限时的预测。到飞机生产将近结束时，整个估算表明，批量生产179架飞机（EMD阶段的钱支付了8架符合生产标准的“试制”飞机）的总成本为341亿美元，约占1998财年国会所定的339架F-22拨款总额的90%。最终，F-22的平均生产单价为1.916亿美元，比EMD阶段最初计划的1.228亿美元高出56%。
本文通过图3将F-22的成本变化过程与其它战斗机研发计划相比较，展现在整个EMD阶段的项目成本增长情况（F-35的这个过程尚需数年，因此还在继续增长之中）。该图也显示：尽管F-22的成本上涨可谓史无前例，但与其它尖端技术国防采购计划的上涨情况大致同步。例如，F-14计划成本在其EMD阶段增长了45%。而F-35计划从EMD阶段开始以来，整个RDT&E成本已经上涨了58%，估算的生产单价也增长了81%，已经超过F-22的成本增长总百分比。由于F-35的EMD过程还将持续多年，我们几乎可以肯定还会发生更多的研发问题（和成本上涨）。尽管如此，F-35的计划生产迄今只稍微受到影响，因为空军、海军、海军陆战队（还有其他多个伙伴国家的军队）都迫切需要F-35来汰换和充实数千架老化的战斗机。因此，F-22的成本超限（尽管数额巨大），也不是缩减生产的主要因素。
为什么定在187架
当初，先进战术战斗机是针对一项具体的使命而设计的，这就是对抗苏联的先进战斗机。随着苏联的解体，这个威胁消失于无形，同时也削弱了空军基于威胁的辩说。然而空军继续强烈争辩，认为即使苏联解体之后俄罗斯的先进战斗机研制难以为继，但美国仍需依靠F-22来对抗各国数量众多的先进战斗机。只是，诸如伊拉克、朝鲜或伊朗等潜在对手再难以购置到大量的先进空对空战斗机，事实如此，空军坚持上马F-22的依据再遭质疑。