国防部采购副部长约翰·杜奇起初对F-22计划举棋不定。他主张这款飞机从第一批开始就增加空对地打击能力，最终可替换F-117。空军对此作出响应，同意扩大F-22的能力，正式要求纳入有限的空对地打击功能，此前空军对这项功能已经有所考虑。修改后的F-22设计在内置武器舱中安装了两套由全球定位系统导引的1,000磅联合直接攻击武器。洛马公司添加了这个“附加”能力，也将造价适度提高了650万美元。空军有史以来第一次为了增加空对空以外的其它能力而修改了F-22的设计。

增加JDAM能力让F-22造价提高了650万美元

　　“摸底审查”报告在1993年发布，把空军的战斗机力量进一步缩减到相当于20个战斗机联队的规模。原计划的F-22生产数量也减少到了442架，削减幅度与瘦身后的新兵力结构基本成比例。空军虽然有些失望，但也如释重负，毕竟F-22计划的IOC日期不会再进一步拖到2003年以后（自1991年起，已经延后两年）。

我们面临什么威胁？

　　自F-22计划开始以来，针对它的主要批评，是冷战后的威胁环境无法证明F-22计划费用的合理性。1993年的“摸底审查”报告明确了冷战后国防部的责任：慑阻区域性重大冲突、维持海外存在、进行小规模干涉行动、防止大规模杀伤性武器的使用。而空军高层领导人则继续将关注重心落在应对未来的高端空中威胁，认为尽管俄罗斯不太可能对美国造成直接威胁，但它的先进飞机（连同甚至是法国“阵风”战斗机等西方国家的研发计划）仍然使我们有正当理由来继续推进F-22计划。此外，麦克皮克将军立下了对空军后来二十年采购政策影响深远的隐形战机制造决心：“我们在建设未来的空军作战部队时，隐身性和打击精确性必须是头等要求。”他向国会提供的证词为F-22做了貌似最正当的辩护，他指出F-15C的替换机必须保持在敌方领空作战的能力：“如果我们想保卫美国空域，F-15已能胜任。但是我无法知道2010年我们将不得不飞往何处作战。我可以确定的是：我想在敌人的头顶——而不是在自己同胞的上空——作战，这就是空中优势对于我们的意义，这也是为什么我们真正需要F-22。”（粗体强调来自原文）麦克皮克将军还争辩说，我们同样需要F-22来对付较低威胁的环境，他指出：波斯尼亚空中行动也证明了需要这款战机的合理性，尽管飞行员在那里没有遭遇高端威胁。空军对F-22的支持始终不渝且齐心协力，但是仍然不能令人信服。

　　1993年12月，国家审计总局向国会呈交了一份有关F-22计划的机密报告。随后在1994年初公布了一个非保密版本，其中并附有公众证词。该报告评定，和可能的对手战机相比，F-15在五类性能——飞行性能、雷达、远程导弹、近程导弹、航程——的四类中占据优势。报告还分析了可能挑战美军空中优势而构成空中威胁的七个国家的情况，判定这些国家（中国除外）的空军各自拥有188到460架战斗机，其数量远远少于美国当时服役的F-15制空飞机；进一步看，他们的这些飞机中真正能在性能上与F-15抗衡的先进战斗机屈指可数。报告最后预测：先进战斗机的高成本很可能阻碍这些国家这些飞机的数量激增。简言之，国家审计总局的报告承认F-22能显著提高美国的空中优势能力，但认为F-15能充分满足至少到2014年之前的制空需要。基于这个评估，它建议空军把F-22的IOC日期推迟七年。

　　空军激烈反驳国家审计总局的报告，抗辩说该报告低估了对手威胁，而高估了F-15的能力。空军自己的分析表明：应对未来威胁时，F-15在“航程”和“近程导弹”方面处于劣势，在“雷达”和“远程导弹”方面旗鼓相当，仅在“飞行性能”方面保持优势。具有讽刺意味的是，目前的F-22并没有在空军认定的F-15的两个弱项上取得改进。尽管如此，空军加强了对F-22的论证，通过数千次模拟来演示F-15对抗多用途前线战斗机（一个前苏联从来没有投入生产的发展项目）的情景。依照“摸底审查”报告提出的同时参与两场区域性重大冲突的要求，空军的模型设计是用两架F-15对抗8架多用途前线战斗机，推演结果是，F-22将在七天内建立空中优势，而F-15则需要22-25天——并且是在遭遇了比F-22高4.8倍的损失之后。实际上，空军是根据自己对未来威胁的设想来为F-22辩护，而没有回答国家审计总局的基本观点，即空军的对未来威胁的假设不可信。

由于F-22的数量不足，F-15仍需要服役很长时间

1997年《四年防务评估》

　　仅在“摸底审查”报告一年后，F-22计划再次受到压力。国防部副部长杜奇于1994年8月18日向各军种发送备忘录，要求对数项重大采购计划进行审核。杜奇自己注意到：威胁的降低使F-22计划更难成立。他让空军考虑将F-22生产推迟四年的可能性。不久之后，洛马公司成立了一个“衍生机型团队”来探索如何进一步拓宽F-22的任务能力。该团队构思了一款能压制敌防空火力的衍生机（F-16Block50/52“野鼬鼠”后续机）和一款能深入敌方领空收集电子发射信号的电子监视衍生机。然而，这两个衍生版本一直停留在制图板上，设计团队也在1997年解散，重新回到原设计版本。

　　尽管如此，空军还是感到了更大压力，它必须证明F-22能满足更多的要求。一位匿名国会人士说：“我希望空军已准备好展示更完善的新战机版本。”空军意识到，重大的设计修改将使飞机造价突破可接受的水平，因此着手调整基础版本的F-22来增加其他任务能力。比如，《航空周刊与空间技术》报道说：F-22将“收集和截听电子信号，由此为海军“战斧”巡航导弹或陆军火箭炮弹精确打击指示敌方指挥所的位置。”而且，空军官员暗示了一种类似RC-135“铆接”侦察机的战略电子情报收集能力。然而，这些能力不是F-22设计标准的一部分，目前部署的F-22不能有效地执行这些任务。