SR—71A还有一种重新服役型。1990年1月25日，SR—71A全部退役以后，除了少数被封存外，大多数都是直飞其永久的归宿地—各大型博物馆或公园，作为一代名机的代表作供游人观赏。然而，在1994年，美国国会批准SR—71重新服役。1995年6月28日，两架经重新修整后的SR—71A重新服役使用，这就是所谓的重新服役型。这两架飞机修整的内容主要是，对机体结构进行了加强，其次是装备了先进的机载设备，如第一代新型合成孔径雷达ASARS—l、技术研究目标照相机TEOC、高清晰度光学纤维照相机、电子信息系统和数据传输装置等。重新服役的1号机是NASA使用的NASA832，1995年6月28日，它率先恢复现役。1995年8月28日，拟重新服役的2号机开始试飞。1997年1月1日，空军提交了使两机处于任务状态的请求报告。
正当美国空军准备将重新服役的SR—7lA用于训练和执行任务时，在美国1998年财政年度的国防预算中，美国政府却没有批准SR—71A的使用经费。于是，现由美国空军第9战略侦察联队第2分遣队使用的两架SR—71A重新服役型，尚未使用一次又将重新退役。
SB—71极其高昂的使用费用，是其将退役的主要原因之一，尽管就连国会议员也有人认为它仍然是一架尚无其它飞机可以代替的战略侦察机。在美国空军提交的任务准备状态的请求报告中，曾提出两架重新服役的SR—71A按每月30天计算，每月所需费用为3900万美元的预算。而且，美国空军还计划对其进行现代化改装，如改进它的侦察设备和雷达系统，装备卫星全球定位系统等，这些都需要极大的投资，所以美国国会未批准这些投资计划。由此看来，6O年代问世的“黑鸟”即将走到其生命的尽头。不过，即使SR—71全部退役，但现在已经变成NASA飞行试验机的“黑鸟”，仍将在科研战线上超期服役。