C-4 型的变化也不大，主要是取消了翼根附近的弹壳收集器，后座机枪座也有所改进。C-4 型共生产了 153 架（福克－沃尔夫－53 架；哥达－46 架；MIAG－54 架）。
Bf 110C-4，安装了 DB601A 发动机
从 1940 年 6 月至 1941 年 1 月，哥达公司制造了 100 架 Bf 110C-5 侦察机，其中 20 架在完工后直接交付空军一线部队。C-5 将装在机头的 20 毫米机炮换为 RB50/30 相机。
4.(F)/14 的 Bf 110C-5 侦察机
C 型的下一个发展型是 C-6，它将两门 20 毫米机炮被换为 MK108 型 30毫米机炮。哥达公司在 1940 年 5－7 月生产了 12 架 C-6。
Bf 110C 的终极机型是 C-7 战斗轰炸机，其机身下方装有 ETC500 挂架。Bf 110C-7 仅在哥达和 MIAG 各生产了 4 架和 35 架。后来又有部分 C 型机被改为战斗轰炸机，这些飞机的编号为 Bf 110C-4/B。
Bf 110D
Bf 110D 是 Bf 110 家族中远程战斗型，它是根据德国空军在挪威的战斗经验开发而成的。由福克－沃尔夫制造的首架预生产型 Bf 110D-0 于 1940 年 7 月 28 日交付空军，最后 33 架 D-0 在同年 8 月 31 日被空军接收。D 型的下一个改型是 Bf 110D-0/B，它机身下方的保形油箱被换为两个 ETC500 挂架。梅塞施米特公司在 1940 年 4 月制造了首架 D-0/B，一个月后交付第二架。此后的数月内，共有 13 架 Bf 110D-0 被改装为 D-0/B 型。
Bf 110D-0（DE+CN），注意机腹下的保形油箱
Bf 110D 的 Revi7 和望远镜瞄准具
Bf 110D-1 原为侦察机型，但空军后来重新将 D-4 的编号分配给侦察型，D-1 则仍为远程战斗机型，但该编号仅被航空部用来称呼福克－沃尔夫生产的没有安装保形油箱的 Bf 110D-0。
Bf 110D-1/R1 生产线
安装保形油箱的 Bf 110D-1/R1侧视图
Bf 110D-2 为战斗轰炸机型，它的机身下装有 ETC500 挂架，共由梅塞施米特公司生产了 73 架。D-2 保留了机身内的输油管线，必要时，可以很方便的换上保形油箱。由于 900 升的翼下副油箱缺货，部分 D-2 换上了保形油箱。
Bf 110D-3 仍为战斗轰炸机型，它也装有 ETC500 挂架，其产量为 274 架，是 D 型中生产数量最多的机型。理论上讲，D-3 可同时挂载两枚 SC1000 型 1,000 公斤炸弹，但在雷希林进行的试验表明，Bf 110D 在挂载 2 枚 1,000 公斤炸弹进行 7 次起降后，主机轮便会爆裂。因此 Bf 110D 通常只携带两枚 500 公斤炸弹或 1 枚 1,000 公斤炸弹。
ZG 26 的 Bf 110D-3
侦察型 D-4 仅由梅塞施米特公司用 C-3 改装了少量，它们的生产序号为：3149（NO+DN）、3150（NO+DO）、3151（NO+DQ）、3163（KE+UG）、3164（KE+UH）和 3165（KE+UF）。这些飞机没有参加过实战。
Bf 110E
梅塞施米特从 1940 年 8 月开始生产 Bf 110E-1，该机是从 Bf 110D-2 发展而来，主要用于执行远程战术轰炸任务。为了提高轰炸精度，E-1 安装了 Revi C/120D 型轰炸瞄准具。后座机枪支架也进行了改进，可在不打开座舱罩的情况下射击，但此时的射界很小。E 型机的尾轮改用三角形支柱，改善了飞机起飞时的机尾摇摆现象。
由于越来越多的 Bf 110 出现在夜空战场，加强它的高空战斗能力成了顺利成章的事情。具体措施有：氧气瓶的数量从 8 个增加到 12 个；座舱内加装加热装置；改用新型西门子 K4U 自动驾驶仪。
在 E-1 型机中，最先出厂的 40% 保留了挂载机腹保形油箱的能力，剩余的飞机只能在翼下挂载副油箱。为了应对再度攀升的体重，E 型机再次加强了起落架强度，并改用尺寸更大的机轮。
Bf 110E-1（BC+FG）
从 1940 年 8 至 1941 年 8 月，Bf 110E-1 共生产了 334 架，全部由梅塞施米特公司制造。
6./ZG1 的 Bf 110E-1/U1，1942 年
Bf 110E-2 战斗轰炸机于 1940 年 10 月投产，它与 E-1 的差别很小，仅仅取消了机腹保形油箱的管线。E-2 共生产了 332 架（梅塞施米特－30 架、福克－沃尔夫－21 架、哥达－61 架、MIAG－210 架）。
