崭新的架构
AN/APG-73雷达
目前 E/F 型航电系统是构建在最近 C/D 型的第 19 批量产标准上，其中包括颇多的性能提升件，诸如 APG-73 雷达等。而未来性能再提升计划预备从 2005 年开始实施，以使 E/F 型在外销市场更具竞争力。航电性能提升的 E/F 型也将成为指挥与管制战机型的基底，藉以取代现有海军 EA-6B。正在开发中的先进航电系统皆可适用于 C/D 型与 E/F 型，包括先进前视红外线感测器、联合头盔光网显示系统与多功能资讯分配系统，另外专属于 E/F 型的有整体防卫电子反制系统和主动电子扫描阵列的雷达。新的航电系统架构植基于 2 部改良商用型任务电脑，新的任务电脑有较快的处理速度和较大的能量，而且在新世代商用型处理器问世时也能再度升级。新的电脑将会取代现有 AYK-14 型电脑，并以中央处理资讯方式取代现有分散处理资讯方式，再显示在座舱内的显示面板上。先进航电系统可以分述如下：
ATFLIR
ATFLlR--这是第三代的中波红外线感测器，具有较目前红外线感测器高两倍的聚焦能力，意即侦测距离与解析度能力四倍于现有的 AAS-38 夜鹰式目标指示吊舱，而且也能搭配长距离的 GBU-24 雷射导引炸弹，与联合直接攻击炸弹 JDAM 等武器。 ATFLIR 配上 APG-73 雷达新扫描模式，将能赋予 E/F 型拥有高分辨合成孔径雷达（SAR）地面影像之能力。
JHMCS-- E/F 型前后座飞行组员都可戴上 JHMCS 用以瞄准武器和感测器。目标资讯的显示符号可以投射在头盔面罩上的单眼 20 度视野内，JHMCS 已在 F/A-18 上进行测试，而搭配的 AlM-9X 空对空飞弹预定在 E/F 型于 2001 年开始服役时可以派上用场。
ASEA--连结 ASEA 的雷达与能独立作业的后座舱，方能使 F 型能力完全发挥。F 型预计在 2004 年开始装用此种座舱配备，详细的规格仍在更改中，但是重心在一只大型 200x250 彩色液晶显示面板、前后座座舱内独立的数位地图、多功能显示面板、感测器和无线电作业，新增添的手动控制杆允许后座飞行组员首次拥有释放武器的能力。不过这套改良套件相当昂贵，海军至今仍未确定开发经费，APG-73 雷达若能具有 ASEA，则不仅空对空搜索距离可以延长二至三倍，而且主动阵列的天线部分也可用于压制敌方干扰，预计 2001 年起才会替先出厂的 E/F 型 APG-73 雷达装上 ASEA，使这批飞机可以在 2004 至 2005 年间开始服役。
MlDS-- E/F 组员可藉由此系统，取得外界友军单位透过保密抗干扰资料链所传来的侦测结果，而接收资料的低容量资料链终端机目前仍在开发中。
提升与模拟训练
性能提升的 E/F 型将成为另一款 E/F 衍生型的发展基础，预计将由 C2W 开始进入另一开发周期循环，海军尚未编列预算订购衍生型战机。可是波音早已与诺格公司共同开发下型的电战机衍生型，原来两家公司想要开发全新的超音速匿踪电战机，惟因经费与风险过高而作罢，而目前开发改良的 F 型电战机所需费用只有该案经费的三分之一；C2W 型 F/A-18 将具有电战攻击吊舱、电战支援吊舱和卫星通讯系统，现有 EA-6B 所使用的干扰吊舱也将继续沿用。
藉由「透过主承包商采购」哲学，波音目前正与 F/A-18 训练装备备制造商合作，积极采购 E/F 型的机组员与维修训练系统。雷神公司正在开发武器战术训练器（WTT）、12 公尺直径圆顶式模拟器和战术作战飞行训练器（TOFT）；瑞辉克通公司将提供座舱部份任务训练器（PTT）；而 ECC 公司也将提供维修训练器。正式的 E/ F型训练系统将包含现有的 C/D 型升级训练装备、一套 WTT、一套 PTT、圆顶式模拟器以及全新的 TOFT 系统。PTT 座舱部份任务训练器主要用于座舱程序训练：WTT 武器战术训练器则专用于战术训练；TOFT 战术作战飞行训练器可以用于战术训练、练习降落航空母舰上和训练紧急程序处理等。此套装备不像以往采用圆顶模拟室方式，而是一套拟真影像显示系统，由五块五角形黑暗投射银幕所组成，提供 300x55 度的视野，F-22 的模拟器也使用相同的系统。TOFT 可以模拟 E/F 型的雷达、前视红外线目标吊舱、电子反制系统与武器所显示的情况，也能模拟敌人防空雷达、飞弹与其他飞机所构成的威胁环境，TOFT 并可与 WTT 以网路相连一起训练。
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