目前的飞行测试工作，除了追踪机翼上多孔盖的改善结果外，也继续清除多余的超音速阻力和微调操控品质，另外 E/F 全尺寸地面静力测试机体已完成全寿命周期测试，相当于 6,000 飞行小时或 20 年的服役寿命。最近，具有线传控制的 E/F 型也完成在飞行中重新调整飞行控制系统的测试，此一测试的目的是存提升 E/F 型的存活率，波音认为 E/F 型将会是世界上最好的超音速打击战斗机，同时也由于与 C/D 型截然不同，海军将依其性能发展适合的新战术。在 E/ F计划中飞机的成本一直都是考量的因素，例如国会规定 E/F 型的价格必须低于 C/D 型调整后价格的 125％，而依据最新的海军的计算只达 113％，波音希望能做得更好，以赢得海军在公元 2000 年后完全量产时的「多年采购价格精省」合约。未来外销市场的 F-18E 售价必须低于四千万美元左右才会有竞争力，E/F 型订于 2005 年开始进入国际市场，但对于波音而言，目前首要工作是让 E/F 型进入海军服役，预计可以在 2001 年达到服役标准，2002 年随舰巡弋服务，海军希望在 2005 年开始性能提升。
均衡的升级
F/A-18E改进示意
F/A-18E/F 不只是增大 C/D 型而已，它在每一方面都改良很多，从外型来看 E/F 型基本上是 C/D 型尺寸放大 25％，但在航程、有效负载、返航携弹重量、生存性和成长性上，E/F 型都有相当均衡的设计。E/F 型机身较 C/D型 长 86 公分（34 英寸）、主翼面积多 25％、水平尾翼大 36％、垂直尾翼大 15％，机翼前缘延伸板（LEX）放大多 34％，最大起飞重量增加 27~30％，30,000 公斤（66,000磅），最大推力也增加 25％至 196 仟牛顿推力。
中机身增加一段更大的主翼油箱，使得内部燃油增加 33％ 至 6,560 公斤。与 C/D 型可携带的标准副油箱容量 1,200 公升相比， E/F 型副油箱容量增至 1,800 公升，使得燃油容量总重在二个副油箱下可增至 11,000 公斤，五个副油箱可增至14,000公斤，如此一来 F/A-18E/F 可以再增加另一项功能，即为舰载的伙伴加油机。
E/F 型主翼可以使返航降落在航空母舰上的速度减低，比 C/D 型再减少 10 节左右，而更大的翼展也允许每边主翼下方多加另一个挂架，使 E/F 型共有 11 个挂载点，涵盖两个翼尖飞弹架、六个主翼挂架、两个进气口旁挂点与一个中机身挂架，总计外挂载重增至 8,050 公斤，相当于增加 20％，
主翼的设计重新引入主翼前缘锯齿状设计，早期 A/B 型在开发时具有此项设计，但在量产时因为震颤问题而取消。E/F 型因为主翼更厚与更坚固，可以容忍此一设计，锯齿前缘由于可产生卷动的涡流，使得留滞于副翼的气流更有力而不溃散，进而增强飞机滚转飞行的控制力道。扩大的 LEX 表面增加两套控制面—— LEX 扰流板和 LEX 排气门，排气门是在 LEX 与翼前缘襟翼交界处，当飞行至高攻角时，排气门自动打开让具有高动能的气流由此流至机翼机身混合处，可是经过飞行测试后，排气门并未如预期之功效，因此在量产时将会被删除。
为能减轻重量，E/F 型并未具有 C/D 型后机身上的减速板，改在 LEX 两边装置扰流板。此外，飞行控制系统可以将扰流板推上，副翼举上，后缘襟翼放下和尾舵均向外打，来达到减速的功能。扰流板主要是用于控制在高攻角时由 LEX 产生的涡流，它也能用来增加在高攻角时机首向下之俯仰力距的控制力。E/F 型采用由洛马公司所发展的四重数位电子线传飞行控制系统，而为减轻重量，E/F 型取消了原来在 C/D 型上的机械备份控制系统，飞机上唯一留下的控制缆线是连至捕捉钩的钢索，也由于取消了机械控制系统，飞机的纵向静稳定也因而减少，大大改善了飞机的运动性；其另一影响是电力启动系统数目大大增加，由 3 套增至 9 套以保障飞行安全。
存活性面面观
波音与海军论及 E/F 型时，宁愿强调其存活性，而非具有匿踪性，理由是改良现有的机身设计搭配电子反制，比较容易达到降低雷达反射目的。因此 E/F 型雷达反射截面的减少，是由减低易受损害的面积与改良电子反制能力来达成。E/F 型较其他 F/A-18 外观上最大不同之处是其发动机进气口，进气口加大的目的是为了更大推力发动机所需的进气量，进气口倾斜向与机翼前缘成一直线，如此可以减少雷达反射。另外依据匿踪原理机身上各种检查门都有锯齿状边缘；在进气道内、发动机之前也有阻挡涡轮扇叶反射雷达波的装置；而原 C/D 型机翼前缘延伸板上的小导流片，与进气口前的拆流板也都被除去，以减低雷达讯号的反射。为减低雷达反射的另一招是使用吸收雷达波材料，应用在容易造成雷达反射的前方投影面积上，包括进气口、机首雷达罩和座舱罩，如此的结果，使得 E/F 的雷达反射讯号足足比最新的夜间攻击 C/D 型减少 1/10 以上。即使 E/F 型在携带外部负载时，也较其他 F/A-18 机型具有 6 倍至 10 倍的存活力。
ALE-50拖曳诱饵
E/F 型的易损面积大约比 C/D 型少 13％ 至 25％，这主要是由于干舱式灭火系统的设计，在必要时可以释出惰性气体来防止燃油爆炸。而零组件的重新设计与重新布局也减少了易损性。机上错误管理程式可以在控制面万一受损情况下，自动重新调整飞行控制系统。改良的威胁反制系统更增加“存活性”，E/F 型预计将安装整体自卫电子反制系统（IDECM），此一系统涵盖 ALR-67V3 雷达警告接收器、ALQ-214 无线电频率反制器和 ALE-55 光纤拖曳诱饵。目前 ALQ-214 和 ALE-55 都仍在发展中，因此 E/F 型将先安装雷神公司的 ALE-50 拖曳诱饵。在两具发动机之间的机腹中，也将挂载一具内装三只拖曳诱饵的抛射器。
F/A-18E 剖视图
内部的差异
虽然在外型是 C/D 型的放大，但是 E/F 型内部则完全不同。结构的共通性只有 10％，为了减少重量与开销，以及预拟未来的成长空间，机体结构已完全重新设计，机体结构使用复合材料的比例已经增加至结构重量比的 22％，增加使用复合材料的部份包括中与后机身、主翼前缘、后缘襟翼与进气道。设计上使用更大强度/韧度的 IM7 石墨纤维，搭配较强的树脂，应用在机翼与尾翼蒙皮上。传统的铝合金则由 C/D 型的 50％ 比例降至 29％，但是增大的翼前缘延伸板则仍是铝含金。自 C/D 型的实战教训，跨越主翼隔舱改采钛合金而非原有的铝台金。起落架为能处理更大的载重，也由原来的 300M 合金钢改用 Aerme t公司 100M 合金钢，100M 合金钢虽然强度与 300M 合金钢相同，但是受损的容忍性却较高。