虽然 E/F 型的结构概念是基于 C/D 型；但是零件生产流程却改变很多。减少零件数目是为了简化组装和节省金钱，减少的原则是零件可结合在一起，除非它们无法动，或是由不相同的材料组成，或是不需被移动。减少的结果使 E/F 型较 C/D 型减少了 42％ 的零件数目，从而使制作、模具和组装等方面的费用得以减低。结构上 E/F 型只有 8,100 个零件，而 C/D 型则高达 14,100 个。零件减少最多的是机翼与尾翼，从 4,100 个减至 1,800 个，波音称此过程是「为组装而设计］。使得 E/F 型的重量在整个发展过程中，一直在所设计的净重 13,860 公斤目标之下，即使在完成首次飞行（1995 年 11 月）之后，还是轻了 450 公斤之多。当试飞快告一段落时，波音依然有信心保持在重量目标之下。
系出名门
推进 E/F 型的奇异公司 F414 型涡扇喷射发动机，是由原来 F404 发动机再放大推力而来，当然此型发动机已加入该公司较先进的科技，诸如源于 YF120 发动机的技术。具后燃器的 F414-400 型的安装前最大推力是在 196 仟牛顿级，比起最近的 C/D 型所使用的 F404-402 型多了 25％ 的推力。使得全部的压力比达 30:1，而推力对发动机重量比也达 9:1。除此之外，F414 型的长度与后段直径皆与 F404 型完全相同。GE 公司认为这是因为使用整体叶片盘技术之故，从而改良了发动机的性能。F414 型的涡扇叶片也加入了当年为了瑞典绅宝公司的 JAS-39 战机而开发的 F404/RM12 型发动机所具有的抗鸟击特性。前面三级涡扇叶片中，第二与第三级涡扇叶片形成整体前后并列的叶片盘，大大减轻了重量，改良了性能与耐久性。
F414 型由具有 7 级高压压缩扇叶、多孔的燃烧筒，和具有单晶叶片与导片的高压涡轮及低压涡轮所组成。F414 型的后燃器设计是采用 YF120 技术，具有气冷轴流的火焰稳定器，排气喷嘴应用陶瓷铸型复合材料的喷嘴门片和密封以增加使用寿命。发动机的旁流道也使用复合材料来达到减轻重量与延伸寿命之目的。在 F/A-18 系列中，F414 型是头一次采用双频道全数位电子控制（FADEC）系统的发动机，藉由控制涡扇叶片与压缩叶片之可变形状部份，使得发动机有最大的推力表现。
沿用与改进
为了节省经费起见，在 E/F 发展初期就选择沿用 C/D 型的航电系统，而原来规画的系统则在 2005 年左右做为性能提升套件。整体而言，E/F 型航电系统与最近的 C/D 型拥有 90％ 的共同性，感测器软体的共同性更高达 99％，飞行控制软体最低也有 67％ 的共同性。虽然原计划的先进驾驶舱设计被束之高阁，但是驾驶舱内控制与显示系统改良很多。
F/A-18A 与 F/A-18E（下）座舱对比
原有 C/D 型在抬头显示器 HUD 下方的机械式上前方控制仪表板，改用 750x130 公厘的单色液晶显示面板，此一新型触摸式面板可用于通信/导航/目标辨识系统的资料输入，或作为雷达监视的显示，或前视红外线感测器与电子战系统的显示。在其左右两侧 130x130 的多功能显示面板仍与 C/D 型相同，但是中央下方多用途显示面板则改用 160x160 彩色面板，以增加可靠性与在阳光下的可读性。这块面板主要目的是显示数位化电子地图，以及重叠在上的资讯，包括资料链传来资讯、飞行路径、IDECM 电子反制资讯。发动机/燃油显示仪表板也改为可程式化单色液晶显示面板，藉由图形显示喷嘴位置和燃油箱状况。虽然其他航电系统仍沿用自 C/D 型，但是最重要的改变是 C/D 型在 1994 年引进雷神公司的 APG-73 雷达，以取代先前机型使用的 APG-65 多模组雷达。APG-73 雷达具有较优秀的处理速度与记忆和更佳的可靠性。
成长的效能
E/F 型在设计时已先预留未来性能提升的空间，约增加 40％ 电力、空调和装备容积的成长能量，C/D 型仅有 0.2 立方英尺的预留空间，但是 E/F 型却有 17.5 立方英尺。F/A-18 自服役以来最令人诟病的一点是航程，但是 E 型藉著改良的内部与外部携带燃油能力，比起 C 型多出 40％ 的战斗半径，然而真正的航程增加多寡仍取决于任务规划与飞行测试的最终结果。比起最近的 C/D 型，海军认为 E 型在执行战斗护航任务上，其战斗半径可以增加为 26％ 至 780 公里。执行打击任务以高-低-高高度飞行的任务规划，带著三只副油箱与 4 枚 450 公斤炸弹，其航程可以增加 38％ 至 940 公里。以高-高-高高度飞行的任务规划，则航程可以增加 35％ 至将近 1,180 公里。如果再结合新世代射距外武器，如增程射距外陆攻飞弹（SLAMER）以及友机的空中加油，则航程可以超越 1,900 公里。
SLAMER导弹
由于 E/F 型较 C/D 型增加额外的挂架，因此负载的弹性也成为它的优势。海军认为 E/F 型可以成为舰载空中加油机，一如过去的 A-6 之于海军。虽然多出来的外部主翼挂架，只限于挂载 520 公斤重，但可以让 E/F 型除了负责全部的打击任务如挂载 4 枚联合射距外武器（JSOW）之外，再增挂自我防卫的武器，例如高速反辐射飞弹（HARM）。C/D 型仅能在挂载 JSOW 或 HARM 之间作一选择。挂载的弹性增加也带给 E/F 型于返航时，将任务期间未使用的高价值飞弹或雷射导引炸弹带回航空母舰的能力。F/A-18 可以携回母舰的燃油与挂载的重量，随著飞机寿命的增加而减少。在正常操作下，现有的 C/D 型可以携回母舰的负载重量只剩差不多 2,500 公斤，包括 1,000 公斤的燃油和 700 公斤的武器，新出厂的 E/F 型可以增加至 4,100 公斤，其中也包括 2,200 公斤的武器，这即可包含挂载 900 公斤的 JSOW。E/F 型的性能提升预计将在增加航程、负载、可携回母舰能力与存活性的需求，以及在迎合可负担性的需求下寻得平衡。