F-15E 的前后座舱都进行了升级，重新设计了飞行员座舱的操纵系统，换装了宽视场 HUD，安装了 3 个多功能阴极射线显示器，用于导航、武器投放和系统操作。后座 WSO 有 4 个阴极射线显示器，用于显示雷达信息、武器选择和监视敌方防空系统。
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WSO 还可以操作改进型 ALQ-135B 电子战系统，该系统具备一部新型宽波段干扰机。前机身经过了重新布置，容纳了内置式 ALQ-135B 电子战系统，而 F-15B/D 未安装该系统。该系统有两个尾撑末端天线，而不是其他 F-15 上的一个天线，其他天线安装在左垂尾顶部和两翼前缘根部，取消了其他 F-15 机鼻下的刀形天线。
F-15E 保留了 F-15C/D 的保形油箱，在油箱两侧增加了 6 个武器挂架，最大可挂载 10,659 千克武器。F-15E保留了 20 毫米 M61A1 火炮，但是备弹数下降到 512 发。F-15E 保留了 F-15C/D 的全部空空作战能力，可在保形油箱下方挂架挂载 4 枚 AIM-7M“麻雀”或 AIM-120 导弹，在翼下挂载 4 枚 AIM-9M“响尾蛇”或 AIM-120 空空导弹。
