1986年，欧洲战斗机公司在范保罗航展上展出的欧洲战斗机全尺寸模型
但是现实是残酷的，随着冷战的结束，德国在1990年重新统一，欧洲战斗机面对的威胁也烟消云散。两德统一的代价十分昂贵，再加上1992年是德国的大选年，很多选民是和平主义者，强烈厌恶武器研制计划。欧洲战斗机陷入政治争论中，德国政府摇摆不定，徘徊在退出项目的边缘。为了安抚德国人，欧洲战斗机公司提出修改设计以降低成本。好在尽管德国政客们发出反对欧洲战斗机的声音，德国空军仍坚持最初的要求，这才是他们所需要的战斗机。
其实德国空军也进行了自己的现成替代机型研究，从萨博“鹰狮”、米格-29到F-15，结论是这些飞机与欧洲战斗机相比并不存在成本优势。这并不奇怪，因为欧洲战斗机最初就是按照各成员国空军要求而设计的。廉价版欧洲战斗机的研究也进入了死胡同，因为飞机便宜了以后，作战效能也就随之降低了。
英国和西班牙对多用途能力的坚持最终成为欧洲战斗机生存下来的关键因素。苏联的解体极大改变了欧洲国家面对的挑战，前华约国家的内乱大大增加了不可预知冲突爆发的几率，在这种情况下，多用途战斗机能更好地适应新挑战。
最终，德国在权衡之后还是留在了项目中。不过欧洲战斗机也经过重新定义以降低成本，一些昂贵的装备被列为选装件。但是现在看来，这次风波导致飞机更加昂贵，所谓的降低成本只是出于宣传需要。重新定义后的飞机被命名为“欧洲战斗机EF2000”，这是为了掩饰该机原计划在1992年就该投产的事实。欧洲战斗机的推迟对意大利影响最大，他们老旧的F-104已然等不到新机服役，作为临时解决方案，意大利从帕纳维亚公司租用了24架“狂风”F.3截击机。
欧洲战斗机的发展脉络至此终于清晰了起来
尘埃终于落定，欧洲战斗机公司可以集中精力制造原型机了。1994年3月27日，第一架欧洲战斗机原型机DA1首飞，该机由DASA制造，涂有德国空军十字，由德国空军飞行员彼得•韦格驾驶从曼兴机场起飞。此举也是为了安抚德国人，但德国政府并没有大张旗鼓宣传首飞。
第一架欧洲战斗机原型机DA1首飞，注意安装的是RB.199发动机