连通前后增压舱的增压管道
B-36的油箱（斜线）与滑油箱（黑色），单位是加仑
1942年7月20日B-36模型通过了审核，模型委员会认为就16100千米的航程要求而言，该机因设置了太多的自卫武器和乘员而导致超重，建议大幅减少自卫火力。但委员会中的另一些人认为修改设计会削弱B-36的自卫能力，影响其战术用途，使飞行变成了道格拉斯公司XB-19这样的“飞行实验室”。陆航甚至扬言如果真要这么做才能满足性能要求，他们就会取消整个B-36项目，把资金分给其他更有成效的轰炸机项目。模型委员最终决定只删除飞机上一些“不太必要”的设备，此举减轻了重量，把B-36项目从取消边缘拯救了回来。
联合公司送交陆航莱特机场审核的Model 36模型
联合公司在1942年2月发布的B-36轰炸机想象图
难产的原型机
1942年8月，因圣迭戈工厂的PBY和B-24生产任务繁重，联合公司建议把XB-36项目转移到德州沃斯堡的政府工厂进行。虽然陆航批准了这个建议，但也对XB-36项目造成了数月的延误，因为所有的图纸、模型、工程师、工装都要从加州转移到德州。在沃斯堡，R·C·赛博尔德成为总工程师，赫伯特·W·欣克利成为XB-36项目工程师。不过由于B-24“解放者”和B-32“统治者”的项目优先级更高，所以B-36项目在沃斯堡也进展缓慢。
1942年7月，圣迭戈工厂的XB-36全尺寸木制模型。一个月后，该模型随整个项目被迁到沃斯堡工厂
全尺寸模型上夸张的单轮主起落架
为了加快进度，联合公司建议陆航直接下订单购买生产型B-36，他们说如果立即开始生产型的初步研究工作而不是在原型机试飞结束后再开始可以节约两年的时间。但是此时太平洋战局恶化，陆航认为把资源集中在那些能立即投入作战的飞机上是更加明智的做法，所以否决了联合公司的建议。
1942年夏，陆航授权联合公司开始研制XB-36的运输型——XC-99，并要求至少首架XB-36原型机比运输型至少提前3个月完工。
应用B-36研究成果的XC-99运输机，仅制造了一架原型机。该机的运输能力为45吨货物或400名全副武装的士兵
1943年3月17日联合飞机公司和伏尔梯飞机公司合并，组成新的联合伏尔梯飞机公司（Consolidated Vultee Aircraft Corporation），经常被非正式地简写为“康维尔”（Convair），不过直到1954年4月29日该公司被通用动力公司吞并成为康维尔分部时，“康维尔”才成为正式名称。
1943年春，中国战场局势恶化，美国陆航面临失去中国基地的危险，那样就无法从中国发动B-29的对日轰炸了。在失去这些基地后，远程的B-36就是轰炸日本本土的唯一解决方案了。康维尔总裁向陆航抱怨说仅订购两架原型机使他们很难找到分包商，如果陆航能承诺批量订购的话，那么公司就能在该项目上使出更大的干劲来。在双重压力下，阿诺德将军在1943年6月19日批准购买100架B-36生产型，7月23日与康维尔公司签订了采购意向书。根据新的时间表，XB-36原型机预计在1944年9月首飞，首架生产型B-36将在1945年8月下线，100架飞机将于1946年10月前交付完毕。
1943年末Model 36的双垂尾被14米高的巨大单垂尾取代。
根据NACA的风洞测试结果，Model 36的双垂尾、戴维斯机翼被改成了单垂尾和NACA翼型
XB-36改为单垂尾后的三面图
但XB-36仍然进展缓慢，普惠的第一台R-4360-5P“巨型黄蜂”测试发动机原定在1943年5月就要运抵沃斯堡，但是因改动设计被推迟到10月。由于项目的优先级不高，XB-36的风洞测试也不得不被推迟到1944年春。由于普惠的“巨型黄蜂”发动机的重量高于预期，于是康维尔公司又考虑更换莱康明BX液冷发动机，不过他们很快就停止更换莱康明BX发动机的努力，因为把换发所占用的人力物力用于其他方面显然对项目更有好处。
就这样，XB-36项目拖拖拉拉地进入了1944年中期，此时太平洋战场的局势有了重大改善，马里亚纳战役接近尾声，陆航准备在马里亚纳群岛部署B-29，直接轰炸日本本土。B-29航程不足的窘境正在被逐步解决，陆航对洲际轰炸机的需求也不十分迫切了，指示康维尔公司把主要精力放在B-29的后备项目——B-32上。
尽管B-36项目仍在继续，100架B-36订单仍然有效，但其优先级进一步降低。
正在XB-36巨大起落架舱里工作的工人，由此可见该机的巨大尺寸
事情很快有了转机。1945年5月8日德国投降，欧战结束了，B-36订单在美国陆航的飞机削减狂潮中未受波及。这是因为美军在太平洋夺岛战中遭受重大损失，使陆航明确了装备超远程轰炸机的需求，此外即将问世的原子弹也需要用远程载具来实施战略核轰炸。1945年8月6日，阿诺德将军采纳了陆航参谋部的建议，保留B-36的100架订单，并把B-32项目1取消后的结余资金拨给了B-36。8月9日参谋部会议建议陆航在战后组建4支B-36大队。
日本投降时XB-36仍在制造中，此时的康维尔公司仍倍受普惠R-4360-25发动机超重的困扰，由于增加机鼻机枪也不得不对前乘员舱进行重大修改。1944年末新的机头模型通过了审核，但因为出现太晚，第一架原型机已无法采用新机鼻，只能安装在第二架XB-36上。新机鼻的无线电和雷达设备又进一步增加了飞机的重量。B-36生产型预定安装斯佩里K-1轰炸系统，该系统包括AN/APQ-23雷达和A-1机电式轰炸计算机。机头的AN/APQ-23雷达就是结合了CP-16计算机的APQ-13搜索雷达，可提供目标的距离、方位、射程、偏移等信息。AN/APQ-23雷达最后被AN/APQ-24取代。