这种情况的出现有很多原因，最主要的原因是反恐战争的大局需要，但也有一些内在的因素，例如联合特种作战司令部在美军里是一个规模较小的单位，他们的预算与资源有限，还经常被公众舆论、国会政治斗争所掣肘，无法仅靠自身在世界各地大打出手。即便是在集中精力对付伊拉克、阿富汗和巴基斯坦三个热点国家里的作战任务的前提下，他们也还是需要一些伙伴进行合作，例如中情局。而中情局卷起袖子大打出手也只是短短几年里的事，有了联合特种作战司令部这个掌握着“海豹”、“三角洲”等经验最为丰富的实战部队的伙伴，很多作战行动会变得容易一些。此外两者之间能够获得的授权和活动范围互不相同、互为补充，当需要绕过繁复的授权过程时，合作就成为了最佳的选择。再就是为了对付美国国内日益高涨的反对无人机战争的舆论浪潮，双方可以交替执行任务，利用各自所在的决策、保密体制中获得的保护，分担相关压力。
双方愈发紧密的合作还有一个值得一提的原因。在伊拉克战争及其后几年的美军占领时期，美军缓慢的情报收集和决策过程在与伊拉克反美武装力量交战的进程中暴露无疑，特别是闹出了不少酷刑逼供的丑闻，对政府和武装力量造成了非常负面的影响。在这种情况下，美武装力量各个方面都不得不对传统的情报收集的方式进行反思和改革，而无人机战争显然提供了全新的技术手段与潜在机遇，这必然拉近联合特种作战司令部和中情局在无人机研发、使用事项上的距离。技术上的互补也促进了双方的合作。在击毙本拉登之前，联合特种作战司令部所拥有的定位与分析中心通过刑事法医常用的一些技术，分析了本拉登住处附近获得的一些物品，从生化分析的角度提供了可信的依据，通过分享结果，直接帮助了中情局最终做出了关键的判断。
中情局的无人机部队有不少职员和外包承包商人员有着特种作战部队的背景，曾任职于联合特种作战司令部的人数量不小。这些人事上的特殊关系，使得双方的合作又有了一种独特的默契。中情局长期以来一直从特种部队以及其他军种，特别是退役人员里招募情报及作战人员。在反恐战争的背景下，在巴基斯坦、阿拉伯及非洲国家，联合特种作战司令部不便大打出手，挑起这一重担的中情局需要具备特种作战经验的人来在这些国家执行任务，而进驻这些地区的无人机部队当然也配备了很多这一类型的人员。假如一个退役人员在联合特种作战司令部部队中参与过空地特种作战任务，例如参与特殊改装的 C-130 间谍情报飞机、或者无人机任务，那么他在中情局找到一个工作职位的机会相当的大。
JSOC 的特种作战部队
目前，联合特种作战司令部和中情局之间可谓合作融洽，中情局甚至将一些重要的作战行动直接“外包”给联合特种作战司令部。最好的战例就是击毙本拉登的行动，双方都在行动里发挥了自身的最大作用，成功的完成了这一关键任务。这一战例已有很多详尽的报道，就不多做描述了。
中情局无人机战争的现行策略
2011 年 11 月，24 名巴基斯坦边防军人在本国边境哨所内被北约发起的空袭炸死。这一事件究竟是北约的无心之失，还是有意为之，目前不得而知。事发后巴基斯坦国内反美反北约情绪高涨，以至于各方面纷纷向北约及美国当局提出警告，如果事态继续恶化，巴基斯坦很可能完全放弃对“反恐战争”的支持。作为实施大量相关无人机作战行动的主导方，中情局不得不相应的对其无人机战争策略进行了最新一轮的修改。根据中情局内部透露出来的信息，相关的无人机空袭次数将被大幅度缩减，以确保造成的伤亡人数降低到巴基斯坦方面较为容易接受的水平。
在这一期间，中情局也做了一些必要的公关工作，试图避免国际及美国公众对其无人机战争的反感情绪进一步升级。中情局的一些官员以匿名身份接受了华盛顿邮报等重要媒体的采访。在采访中，官员们表示长期的无人机空袭行动，特别是在巴基斯坦实施的空袭有效的打击了基地组织，宣称目前基地组织只剩下少数几名高级领导人，因此现在不是停止无人机空袭的时候，必须对基地组织发起“最后一击”。
另一个关键事件是基地组织知名人物、美国公民安瓦尔·奥拉基被美无人机炸死。奥巴马总统说这是打败基地组织的“重要里程碑”，但这一行动因为奥拉基的美国公民身份掀起了悍然大波。这一美国政府未经法庭审判而动手杀死本国公民的事件开创了美国“法外处死（extrajudicial killing）”本国公民的先例。一方面这件事充分印证了中情局已经成为了关键的“法外处死”执行者，并获得了在一定程度上不受国家法规约束的行动能力，另一方面掀起了美国国内及国际上的强烈抗议，这些反对意见很可能又会给中情局相关的行动套上新的枷锁。无论如何，中情局的无人机战争在这次事件令人有了一种出笼猛兽的感觉，似乎有脱离了体制与法规管束的趋向。
安瓦尔·奥拉基
在各种因素的综合作用下，在 2011 年底到 2012 年初，美国政府和军方内部对中情局无人机战争的不满意见开始转化为实质的政策改变。对中情局持批评意见的相关军政人员认为，中情局在无人机战争问题上越来越明显的将自身的短期目标凌驾于国家整体战略利益之上，过多的对巴空袭行动对美国在当地实施反恐战略造成了很大的负面影响。跟随着这些半公开的表态，美国政府最高层为中情局无人机战争套上新的“枷锁”：不再允许中情局使用无人机对人数较多的低级别“反美战士”进行空袭。这类空袭行动虽然能够杀死一些敌方人员，但造成重大平民伤亡的风险很高。而且这类任务几乎没有大的实际作用，基地等反美组织很快就可以填补上这些低级别人员的空缺。因此，中情局的无人机行动被限制为只能够针对具有较高价值的目标，例如基地组织的高级指挥官。
美国方面还对巴基斯坦方面做出了一些妥协，双方达成了新的反恐合作协议。从美国政府内部透露出来的消息称，巴基斯坦获得了更多的中情局在其境内实施的无人机行动的详细信息。同时，美国承诺将无人机行动次数降低到 2010 年之前的水平，并缩小作战地域。在巴基斯坦境内负责实施相关行动的美国军人、中情局特工的人数也将被缩减。