类似的弊端，样的问题在中情局内部更为严重，因为他们原本并不是一个直接进行作战的单位，内部改革所带来的阵痛更为剧烈。其中经历的重大变革的详情不为外人所知，但通过种种信息可以判断中情局在这一领域做出了很大的努力。
中情局无人机作战的主要方式
中情局目前使用作战无人机的主要作战方式是“搜索－猎杀”模式，使用无人机负责监视搜索目标区域内的敌情，发现高价值目标后，由携带空地武器的无人机发起攻击。与以往的特种作战方式相比，作战无人机的出现令美国能够更为便利的在未能取得全面控制的地区实施攻势作战。特别是在美军尚未进入、或者因为国际政治等原因不便公开干涉的地区，无人机已经被看成是在这些地区以极低成本进行反恐作战的关键工具。
在相关的作战方式里，无人机几乎不需要来自于目标地区地面友军人员的支持——或者说可以大幅度减小对地面作战、支持人员的需求。这一特性使得无人机作战成为了美军和中情局极为钟情的手段，毕竟在阿富汗和巴基斯坦进行的战斗已经遭到了国内外、各个角度的大量指责，在这种情况下派出地面作战人员、甚至少量地面情报人员都有可能惹来很大的麻烦。无人机作战的优点甚至反过来对美国“反恐战争”决策过程造成了很大的影响，不少对这些决策有关键影响力的人士都认为美国应该更加依仗无人机、巡航导弹、传统作战飞机空袭等打击手段来实施反恐作战行动，而不必在阿富汗、巴基斯坦乃至中东、非洲等敏感地区实施传统的大规模地面战争，甚至可以大幅度减少小股特种部队在这些地区实施的传统模式的特种作战（这是无人机战争兴起之前阿富汗地区美军最为频繁采用的作战方式）。奥巴马总统、拜登副总统和政府智囊人员都做出了相关的表述，而在近期美军、中情局的中东、非洲行动之中，干脆就完全把无人机战争当作了核心的作战方式。
无人机为中情局反恐行动带来的变革
中央情报局从未正式承认自己在进行一场无人机战争，因此我们只能侧面的对无人机为中情局反恐行动带来的变革进行了解。美国空军首席科学家梅伯里表示，无人机是911事件之后军事装备方面最为重要的发展，对延长美军在战场执行作战任务的持久能力非常有帮助。显而易见，与有人作战飞机相比，无人机能够在更长的时间里对更广阔的地域进行监视，从而能够更有效的对更多的目标实施探测和攻击。无人机使得美军控制人员能够长时间的对计划中要针对的目标进行观察，同时又能更加有效的发现突发的事件和目标。更为重要的是，上述特点能够让无人机获得美军更多用于有效识别目标的宝贵时间，而这在过去常常是十分欠缺的。携带先进观测设备、通信设备和空地武器的作战无人机的出现，将搜索、监视、识别和攻击等原本分离的环节融合在了一起，大大增加了应对时间敏感性目标的能力。
因此，在基地组织、塔利班转向广阔的偏远地区分散行动，与平民混杂，以至于藏身在美军不便发起正规作战行动的巴基斯坦境内的背景之下，无人机对美军以及中情局有效的进行探测、识别和攻击目标起到了非常重要的作用。最终无人机在 2010 年代后半期成为了美国最高当局、包括了中情局最高负责人直接参与和控制的一个重要工具，收集的信息常常直达总统率领的领导班子，而总统做出的作战决定也多次由无人机直接实施。例如，虽然本拉登是被美军特种兵击毙的，但整个过程中无人机参与了监控及指令传递，而直接由无人机独立完成的空袭任务则更是多不胜数。
这些作战能力和实战战果，并不是一夜之间就获得的，而是美军与中情局经过深刻而痛苦的改革才获得的。在 911 事件之前，美军早已开始了使用无人机进行直接作战的探索和尝试，但这些尝试处于非常初期的阶段，实际作战中无人机很大程度上局限于执行监视任务，而不是空袭任务。直到 911 事件发生前的几个月，RQ-1“捕食者”无人机才首次完成了发射“地狱火”空地导弹的试验。到了 911 时，美军无人机没有成规模的实际空袭作战能力。在此后的几年里，无人机的空袭作战能力才逐步发展起来。曾任美国空军参谋长（空军最高指挥官）的张普尔将军在 2005 年曾向国会表示，因为作战需求非常紧迫，如果可能的话，他想买下每一架通用原子航空系统公司制造出来的“捕食者”无人机，而且在几年之内空军都想这么干。这当然不是现实状况，因为中情局的无人机部队要走了相当一部分的“捕食者”及其改进型号。
就在同一个场合里，张普尔道出了无人机战争给包括中情局在内的美国武装力量带来的显著变化，特别是情报收集与实际作战相互关系的变革。他说：“这（指无人机战争）造成了情报部门和作战部门之间的‘一点’‘文化冲突’，但我们已经获得了正确的结果。现在当我们找到高价值的、能够逃跑并消失的目标时，我们有能力使用携带实弹的作战平台（指无人机）做出相应的行动。”这句话道出了两个重点，一，到了2 005 年，经过几年的努力，美武装力量终于获得了较为完善的无人机作战能力；二，在这几年里，美军和中情局理顺了情报收集与实际作战之间的关系，改变了这两个领域相对独立的状况，将情报获取与实施攻击之间的时间差大幅压缩。这也反过来印证了中情局大幅度改变内部架构，以更好的实施其无人机战争的决策与努力。张普尔还谈及了在这一变革之中遇到的阻力。他表示部队和其他部门里有不少人认为无人机是飞行员的敌人，但真正懂得作战的人都被无人机的能力迅速的折服了。
中情局与美特种作战司令部的紧密合作
美国武装力量发动的无人机战争中的一个亮点是联合特种作战司令部（JSOC）与中央情报局的紧密合作。跨部门的合作是不容易的事，而联合特种作战司令部与中央情报局实现了非常紧密的合作。原本联合特种作战司令部司令部是实施特种作战的部门，但近年来其人员深入的参与了各种类型的情报收集行动，包括了臭名昭著的对嫌疑人的酷刑逼供，这就好比把一只脚踏进中情局的地盘上。而中情局方面，如前所述建立了直接实施行动的作战单位，其作战内容很多是以往联合特种作战司令部负责的范畴。在 911 事件之前，双方不时为这些“交集”发生争论乃至摩擦。但是，911 之后双方出于反恐战争大环境下的共同利益，乐于进行深入合作，从中共同获益，不仅越来越切实的进行着情报共享和联合实施作战行动，在职能上也主动的进行了融汇乃至互为替补。