随后，美国进行了总统大选，奥巴马政府上台。奥巴马政府执政初期，其内部多名关键人物对于美国能否彻底战胜基地组织，存在着不小的怀疑。当时的新任中情局领导人帕内塔四处游说，“不屈不挠”的为中情局的无人机战争寻求支持。帕内塔在他上任后的第一个记者招待会上，反复强调无人机空袭“很成功的动摇了基地组织的基础，破坏了基地组织的领导组织”。他不断的向美国公众推销一个观点：无人机战争是击败基地组织的重要手段。而实际上，当时无人机作战任务仍然主要限于攻击阿富汗境内的塔利班组织，根本没有对基地组织造成多大威胁。但是帕内塔的努力最终获得了相应的成果，在他的游说下政府决策层逐步放开了限制。到了 2009 年，中情局无人机空袭次数已经高达 53 次，2010 年更是创造了 118 次的记录。在这个阶段，中情局终于把自己所直接策划、实施的无人机战争发展到了原本设想的规模。
2011 年，中情局无人机空袭次数上升到了约 250 次的水平。中情局的无人机部队，成为了奥巴马政府颇为倚重的一支作战力量。其中主要的原因是美军无法对巴基斯坦境内的目标实施大规模作战，因此来去无踪的无人机显然成为了最为管用的手段。在这大约 250 次空袭中，共有 1,800 余名武装分子和平民被炸死。
2011 年 10 月 27 日，巴基斯坦官员展示美国无人机炸弹残片
帕内塔曾不无得意的在非官方的访谈中谈及自己对此的感想：“我想我们可以说这些行动是非常有效的，因为它们一直非常精准”——他说的当然不是指杀死平民，但平民死亡却是这些“精准”打击行动的直接结果。奥巴马政府的反恐事务高级顾问约翰·布伦南在 2011 年下半年仍然坚称，在巴基斯坦境内实施的无人机空袭“并未将无辜的男人、女人和孩子置于危险之中”。这显然与平民伤亡数字反映出来的实情相左。而中情局现在仍信誓旦旦的宣称 2010 年 5 月之后，其无人机空袭任务再也没有炸死炸伤任何平民。
美国政府另一个为无人机肆虐巴基斯坦做辩解的理由是，该国境内的各类恐怖组织已经打死了超过 4,000 名巴基斯坦平民，因此美国针对巴基斯坦境内恐怖组织的举措对平民也是有利的。先撇开这些平民死亡数字是多了还是少了不说，有一个不争的事实是，被无人机炸死的巴基斯坦平民的惨状，促使更多当地人同情乃至支持反美组织的活动。
2011 年 9 月，在 911 事件 10 周年之际，中情局无人机战争又得到了美国司法部门的进一步支持：中情局被判定无需向美国公众公布使用无人机杀死恐怖份子嫌疑人的行动详情。在此之前，美国人权组织试图通过法律手段，强迫中情局公布相关信息，这一判决使得中情局在这一回合的法律斗争中获得了胜利。在这个诉讼中，有不少有趣的法律层面的细节，最有趣的地方是：尽管中情局发动的无人机战争已经被很多媒体详细报道过，可以说只要有留意这个话题的人都知道中情局在干这事，但中情局却从未正式承认过自己在阿富汗和巴基斯坦使用无人机攻击地面目标。美国政府各级官员也一律拒绝披露任何相关信息，国务卿希拉里就曾经在一群巴基斯坦记者面前斩钉截铁的说：“我不会对（中情局无人机行动）做出任何评论”。
人权组织在控诉中情局的过程里，指出此前帕内塔已经在公开媒体上宣称过无人机作战行动很“精准”，等于已经公布了这些行动的存在，所以不存在中情局无人机战争仍是国家机密、不能公开的问题。但最终法院还是判定帕内塔说的话不等于正式承认了这些行动，所以仍然要以国家机密对待相关信息，从而使得中情局无需向外界做出公布。既然中情局不需要向公众交代，那么公众监督的效果就被大幅度削弱了。由此可见，当牵涉到“国家安全”和“反恐战争”这些关键领域时，美国掌握话事权的各个层面为相关的行动提供了各种各样的保护和支持，甚至不惜得罪公众，也要确保行动能够顺利实施。
中央情报局对进行无人机战争的内部需求
中央情报局对于其直接操控的无人机战争，有着深刻的内部需求。简单的说，在911恐怖袭击之前，中情局的职能比较偏重于情报收集与分析，而根据这些情报实施具体作战任务，并不是中情局的拿手活。但在911之后，中情局迅速的将“具体作战”纳入了自己的职能范畴，而其下属的无人机作战部队成为了骨干作战力量。注意，这是一支由中情局独立而直接控制的无人机作战部队，虽然少量飞机是从美国空军“借”来的，但这仍是中情局首次正式拥有的较大建制的作战部队。尽管中情局与美军各军种建立了紧密的联系合作关系，特别是与特种作战司令部形成了深层次的合作默契，也取得了很多战果（例如击毙本拉登的行动），但中情局一直坚持着让自己的无人机部队进行独立于美军之外的作战任务。
本拉登的神秘直升机至今未被解密
要清楚的认识美国中央情报局对无人机战争的内部需求，必须先研究一下中情局人力与资源分配的变化。中情局的反恐怖主义中心是策划实施反恐行动的关键单位，中情局无人机作战行动的各种细节，例如选择目标，都是由这个中心的无人机作战部门进行的。在 911 事件发生时，反恐怖主义中心仅有大约 300 名雇员，到了 2011 年时，这个中心扩充到了 2,000 多人，占去了整个中情局雇员人数的十分之一。而中情局的情报分析部门，原本的主要任务是为美国国家政策决策人提供情报分析服务，这在反恐战争的背景下也发生了根本的变化。到了今天，情报分析部门里有三分之一的雇员直接或间接的为中情局反恐作战行动提供从情报收集到具体实施的各类支援。而这部分直接、间接支援作战行动的雇员之中，又有接近三分之二的人在为反恐怖主义中心的无人机作战部门提供情报工作，其中最主要的情报就是适合由无人机实施攻击的目标的相关信息。
这些重大变化，直接决定了无人机作战行动与中情局能够获得的自身利益更为紧密的联系在了一起，这些行动对中情局的影响力不断增强，反过来使得中情局越来越着力于推进这类行动。上述人力与资源上的重新分配，是伴随着近一两个年代以来美国反恐战争的扩大与深入而发生的，而 2008 年左右在巴基斯坦地区的无人机作战规模升级，使这种重新分配更为深化，更多的中情局人员参与到了无人机战争之中。