中情局所控制的无人机，大多数部署在阿富汗贾拉拉巴德空军基地和巴基斯坦萨姆西空军基地，从那里起飞出发奔赴往目标地区上空执行任务。而具体的飞行控制和作战操作，则由分别位于美国本土中情局总部所在的兰利地区附近的指挥中心，以及分布在阿富汗、巴基斯坦的基地内的中情局人员负责。所以中情局与美国空军一样，具备从美国本土遥控半个地球之外的无人机实施作战的能力。出于各种原因，中情局雇佣了一些民间承包商协助在阿富汗和巴基斯坦的行动，例如臭名昭著的“黑水”保安公司为中情局在巴国境内基地提供安全保卫服务，并协助装配导弹、炸弹等具体操作。中情局在巴基斯坦境内最重要的无人机作战基地，设在该国西部的萨姆西空军基地之内。中情局的无人机单位在这一基地运转了很长时间，直到 2011 年底北约飞机“误炸”巴基斯坦边防哨所事件之后才停止了运作。中情局一度在该基地安置了人数达到一百人左右的无人机作战单位，外加海军陆战队人员和私人保安公司职员。
如前所述，在相当长的一段时间里，中情局是最频繁的在巴基斯坦境内发动无人机空袭的机构，而美国空军是在中情局开始这些任务一段时间之后，才更为积极的加入到对巴无人机战争之中。中情局对无人机战争不断加强的投入，最为直观的结果就是无人机空袭导致的地面人员伤亡数字直线上升。2010 年，仅仅在巴基斯坦境内、由中情局自身发起的无人机空袭，就杀死了约 1,000 人。如果我们对比一下阿富汗境内美军特种部队进行的“夜间特种作战”导致的死亡人数——约 2,000 人，就不难看出中情局无人机战争已经发展到了何等的规模。
在华盛顿邮报进行的一次采访中，一名中情局官员很坦白的说，中情局变成了一个“可怕的杀人机器”，不再是躲躲藏藏搞情报的特务机关。这个官员随后意识到这么说不太有利于中情局的形象，赶紧改口说中情局是一个“可怕的作战工具”，但意思是很明白的——现在的中央情报局不再仅仅是情报机构，而是直接参与战斗的作战单位。而最主要的作战方式就是无人机空袭行动。
MQ-1 的远程控制站
中情局的这一转变进行得并不一帆风顺，特别是无人机作战行动的起步阶段尤为艰难。在巴基斯坦地区，中情局在 2004 年至 2007 年，仅仅进行了 12 次无人机空袭作战行动。这些行动都是针对基地组织及与其相关的人员。当时布什政府对使用无人机攻击巴基斯坦领土上的基地组织目标有较大的顾虑，最主要的原因是当时的巴基斯坦政府由被视为美国政治盟友的穆沙拉夫总统所控制。显然穆沙拉夫政权无法向巴基斯坦国民解释为什么美国可以侵犯巴基斯坦领空、甚至直接杀死本国境内的人员，更无法控制群众对平民被美军“误伤”的愤怒情绪。基地组织和其它反美派系也会借此煽动民间的反美和反穆沙拉夫情绪。
2009 年 3 月被美国无人机摧毁的巴基斯坦村庄的房屋
于是在这几年里，中情局的这些无人机作战行动被美国政府决策层套上了枷锁：只能在确认巴基斯坦境内的目标是“高价值”的基地组织领导人，或协助基地组织的关键人物时，才可以使用无人机对其进行打击。而且，中情局必须在攻击前向政府决策层证明通过各种手段，空袭对平民造成伤害的可能性已经被最大程度的降低了。在这些严格的限制下，中情局仅仅进行了这么 12 次空袭，结果相当的不理想，战果仅仅是确认炸死了三名基地组织或巴基斯坦塔利班重要人员，而炸死的平民——虽然中情局已经被要求最大程度的控制附带损伤——高达121人。这一平民伤亡数字来自于西方媒体对众多来自空袭地区现场媒体报道的统计，是一个至少有据可查的数字。其中在 2006 年 10 月，中情局派出的无人机错误的把 80 名巴基斯坦学生炸死，掀起了巴基斯坦国内强烈的反美抗议浪潮。
由此可见中情局无人机战争的起步实在是非常糟糕。尽管如此，中情局各方面清楚的认识到，从自身利益出发，无人机作战行动是绝佳的“增长点”，因此尽管受到了政府的各种限制、遭遇了广泛的舆论指责，中情局仍坚定的继续推进自身无人机作战体系的发展。在中情局内部，自 2005 年起，参与到无人机作战行动中的雇员获得了相对更多的职业发展空间——这也是显而易见的事情，毕竟阿富汗、巴基斯坦地区的反恐战争是中情局最为急迫需要参与的任务，相关雇员自然也得到了更多的重视。中情局也不可能满足于平均一年只进行三次无人机空袭任务的状况，在 2007 年开始大力游说白宫放松相关的各种限制。当时的中情局领导人海登劝说布什总统完全取消对可以攻击的目标的限制条件，这件事被纽约时报记者获知，并进行了详细报道。海登当时对总统提出为中情局无人机作战任务放宽限制，把无人机发起空袭的先决条件改为，只要目标（无论是人员，是一栋房子，还是一辆汽车）的各种动向，与中情局认定的基地组织重要人物的“生活方式”相符合，即可发起攻击。到了 2008 年 1 月，布什政府终于做出了放宽限制的初步决定，但仅仅取消了少数限制。因此在 2008 年上半年，中情局只进行了四次无人机空袭。
最具决定意义的转折点发生在 2008 年。5 月，美国国家情报总监麦克·麦克奈尔出访巴基斯坦。他这趟行程可谓来者不善，主要目的是为了求证巴基斯坦军方是否正在秘密的支持塔利班武装力量，特别是其中一支名为“哈卡尼网络”的分支。“哈卡尼网络”当时正处于力量上升期，在阿富汗进行了不少反美活动。麦克奈尔及其下属得出的结论是，巴基斯坦军方确实在支持塔利班。这使得布什政府开始考虑给巴基斯坦政府和军方一些颜色看看，从而抑制基地组织和塔利班在巴基斯坦境内的活动规模。其中一个措施，就是取消了在无人机空袭前必须确认情报信息高度可靠的要求，对可能造成的平民伤亡也不再做过多的先期考虑。但是布什政府仍然将无人机作战行动的主要目标范围限制在阿富汗境内。不管怎么说，上述决定生效之后，中情局无人机作战力量像一台获得了绿灯信号的火车头，迅速的提升了无人机空袭的规模。在 2008 年下半年的短短半年内，中情局平均每个月实施 4 至 5 次无人机空袭任务。