波音威奇塔工厂在 1945 年 10 月交付了最后一架 B-29；贝尔马丽埃塔工厂在 1945 年1月就停止生产 B-29，转产 B-29B；马丁奥马哈工厂在 1945 年 9 月交付了最后一架 B-29。
B-29 性能规格表发动机：4 具赖特 R-3350-23 双旋风十八缸气冷星型，每个发动机配备两具通用电气涡轮增压器，起飞功率 2,200 马力，最大军用紧急功率 2,300 马力（7,620 米）。性能：最大时速 574 公里（9,144 米）/492 公里（海平面）。最大持续巡航时速 550 公里（9,144 米）。经济巡航时速 354 公里（7,620 米）。战斗重量时起始爬升率 274 米/分，到达 6,096 米高度时耗时 38 分。实用升限 10,241 米。最大航程 5,663 公里（7,620 米，2,260 千克炸弹）。实用作战半径 2,574-2,896 公里。最大转场航程 9,010 公里，携带额外燃料时达到 9,654 公里。重量：空重 33,793 千克，正常起飞重量 54,432 千克，最大起飞重量 61,236 千克。尺寸：翼展 43.05 米，全长 30.18 米，全高 8.46 米，翼面积 161.27 平方米。军械：四个遥控炮塔和尾炮塔中的 12 挺 12.7 毫米机枪，每挺携弹 1,000 发。早期型号的尾炮塔中还有一门 20 毫米 M2 炮 B 型，带弹 100 发。最大短程低空任务载弹量 9,072 千克。载弹 2,268 千克时高空作战半径 2,574 公里，降低高度至中空进行同样距离的飞行时，载弹量可以增加到 5,443 千克。
B-29A 是波音兰顿工厂的产品。除了机翼的结构，B-29A 与 B-29 基本相同。前面提到了 B-29 的翼梁是整体成型的，所以在组装时，机翼必须作为一个整体进行吊装。而 B-29A 的机翼结构就比较传统，在机身里埋设机翼中段结构，两端伸出机身，并与两侧机翼构件进行刚性连接，降低了生产和装配难度。在非承力的外部翼段上，B-29A 与 B-29 基本一样，但 B-29A 的翼展增加了 30 厘米。
从生产线上可以看出 B-29A 机翼结构的不同
B-29A 装备 4 具 R-3350-57 发动机，共制造了 1,119 架，批次号达到 75。从第 20 批次开始去掉了尾部 20 毫米炮，并且在机背前炮塔增加一对 12.7 毫米机枪。
现存唯一能飞的 B-29“FiFi”号，型号是 B-29A-60-BN
在一些后期型 B-29A 上测试过改进型发动机舱，中间冷却器后移，形成了“无下巴”的形状，于是新发动机舱有了“安迪.干普”的绰号，安迪那时的一个著名卡通人物，他的下巴很短。
“安迪.干普”发动机舱应用到了 B-29 的后继机 B-50 上
一些 B-29A 配备有气动弹舱门，可以在一秒内迅速关闭，而普通的液压舱门则要七秒。到 1945 年初，所有生产中的 B-29 都将此作为标准配备。
B-29A 性能规格表
发动机：4 具赖特 R-3350-57 双旋风十八缸气冷星型，每个发动机配备两具通用电气涡轮增压器，起飞功率 2,200 马力，最大军用紧急功率 2,300 马力（7,620 米）。性能：最大时速 574 公里（9,144 米）/492 公里（海平面）。经济巡航时速 354 公里（7,620 米）。战斗重量时起始爬升率 274 米/分，到达 6,096 米高度时耗时 38 分。实用升限 10,241 米。最大航程 6,436 公里（7,620 米，2,268 千克炸弹）。实用作战半径 2,896 公里。最大转场航程 9,654 公里。重量：空重 32,369 千克，正常起飞重量 54,432 千克，最大起飞重量 61,236 千克（载弹 5,443 千克）。加装半永久性弹舱油箱后燃料装载量 31,370 升。尺寸：翼展 43.36 米，全长 30.18 米，全高 8.46 米，翼面积 161.46 平方米。军械：四个遥控炮塔和尾炮塔中的 12 挺 12.7 毫米机枪，每挺携弹 1,000 发。早期型号的尾炮塔中还有一门 20 毫米 M2 炮 B 型，带弹 100 发。从第 20 批次开始，去掉了尾部 20 毫米炮并且在机背前炮塔增加了两挺 12.7 毫米机枪。最大短程低空任务载弹量 9,072 千克。载弹 2,268 千克时高空作战半径 2,574 公里，降低高度至中空进行同样距离的飞行时，载弹量可以增加到 5,443 千克。
B-29B 是贝尔马丽埃塔工厂专门生产的减重型号。根据在日本上空的作战经验，通常日本战斗机喜欢从轰炸机群的尾部发起进攻，与 B-17 在德国的情形大不相同。所以部队要求生产一种只保留尾部自卫火力的 B-29，可以大大减轻自重，增加载弹量。
陈列在乔治亚州罗宾斯空军基地的 B-29B，去除了所有炮塔
B-29B 的尾部安装了新型 AN/APG-15B 雷达，可以侦测到逼近的敌机并控制尾部机枪射击。去除了所有的炮塔和通用电气的火控系统后，B-29B 的最大时速在 7,620 米时增加到 586 公里，适合执行炸了就跑的无护航轰炸和照相侦察任务。部份节省下来的重量也可用于增加载弹量上。B-29B 典型的机组编制是七到八人，这是因为去掉了左右炮手，并且由雷达操作员兼任投弹手，但保留了中央火控炮手，他现在的任务是观测员。
B-29B 并没有获得单独的大批订单，通常是从贝尔的 B-29 生产线上进行小批量甚至单架的临时生产。B-29B 在外观与李梅将军 1945 年火攻日本时改装拆掉炮的 B-29 几乎一模一样，只能通过尾部雷达天线和序列号辨别。
1945 年 1 月到 9 月，贝尔共制造了 311 架 B-29B，其中大部份都在当年进入马里亚纳的第 315 轰炸机联队服役。
战后，B-29B“帕苏珊爱人”号（44-84061）进行了远程飞行改装。配备了 B-29A 后期型的“安迪.干普”发动机舱，R-3350-CA-2 燃料喷射发动机和特别设计的三叶宽弦螺旋桨。“帕苏珊爱人”号创下数个远距离飞行记录，包括 1945 年 11 月进行的从关岛到华盛顿 12,737 公里的不间断飞行。