B-29 机鼻的瞄准具，注意左侧棘轮上张开的金属片
炮手正在瞄准目标
机身背部前炮塔通常由投弹手操纵，后炮塔中炮手操纵，腹部前后炮塔由两侧炮手操纵。但这不是一成不变的，除了尾炮手外，所有炮手都可以同时操纵两个炮塔指向一个目标。由于中炮手的位置较高，通过顶部气泡观察窗观察，对作战势态有很好的全局视野，理所当然地成了级别最高的炮手——中央火控炮手。他可以通过主火控面板来分配炮塔，例如在需要时可以将四个机身炮塔都分配到一侧，集中火力打击敌人。
B-29 所使用的通用电气动力炮塔
在采用了通用电气的炮塔系统后，减少了一个炮手，这样机组减到十一人。新的炮塔系统首先在第三架 XB-29 上进行测试，但由于这套系统需要更多的电力，所以附加了几个特别设计的发电机，但这进一步延误了 B-29 的生产，并且使飞机重量增加到 47,628 千克。
这架 YB-29 正在作飞行前准备，注意已经换装 4 叶螺旋桨
在服役测试阶段，XB-29 和 YB-29 使用的三叶螺旋桨更换成汉密尔顿-标准的 4 叶螺旋桨。第一架 YB-29（41-36954）被送往通用汽车安装液冷的艾利森 V-3420 发动机并进行试飞，后来重定型号为 XB-39。V-3420 实际上是两具并列安装的艾利森 V-1710 直列 12 缸液冷发动机，通过减速机由一个轴输出动力。每具 V-3420 在 7,620 米能产生 2,100 马力，在 10,668 米高空时，时速增加到 651 公里，但是增加的性能并不值得投产。
XB-39 “林肯精神”号，注意发动机舱的外观
同一架 YB-29，地勤人员正在检查巨大的 R-3350 发动机有无出现“液力阻塞”现象
超级空中堡垒的主要生产型号是 B-29，一共生产了 2,513 架。其中波音的威奇塔工厂生产了 1,620 架，马丁的奥马哈工厂生产了 536 架，贝尔的马丽埃塔工厂生产了 357 架。
波音的威奇塔工厂的组装线
B-29 装备了直径 5.05 米的 4 叶变距螺旋桨，发动机是赖特 R-3350-23，军用紧急动力 2,300 马力。只有威奇塔很早期的 B-29 在交付时涂上了传统的橄榄绿和灰色涂装，除此之外统统未涂装，露出铝制蒙皮。
1943 年 9 月，波音威奇塔工厂生产出了第一架 B-29，随后是 1944 年 2 月的贝尔马丽埃塔工厂，在 1944 年中期，马丁奥马哈工厂也交付了第一架 B-29。波音兰顿的新工厂只生产 B-29A 型。经过许多的延误，B-29 终于开始了批量生产。
威奇塔生产的第 1,000 架 B-29
B-29 的典型的机组编制 11 名，在战争后期有时由于增加两名操作雷达和电子对抗装置的雷达/无线电报员，机组增加到 13 名。
机翼外段设置了 14 个油箱，内段 8 个，另外在弹舱内可以加装 4 个油罐，总容积 3 万升。在 B-29 生产初期，又在机翼中段增加了四个油箱，总燃料容量增加到 3.5 万升。
正在最后总装的 B-29，注意机翼是一体化安装的
B-29 安装了十分尖端电子设备，其中有菲歌（Philco）公司的 AN/APN-4 罗兰远程导航系统，二战后期更换成 RCA 公司 AN/APN-9。还有 AN/APQ-13 X 波段轰炸雷达，该雷达由贝尔电话实验室和麻省理工学院辐射实验室共同研制，并由贝尔电话的代工工厂西部电气制造。在 B-29 的两个炸弹舱之间机腹部位安装了 AN/APQ-13 的可收放天线罩，呈半球形，直径 76.2 厘米，在天线放下时突出机身 60 厘米。战争后期该系统被同为贝尔和麻省理工学院研制的 AN/APQ-7“鹰”X 波段搜索轰炸雷达所取代。“鹰”雷达的天线安装在机身前下方的一个流线型雷达罩中。
注意机腹下的 AN/APQ-13 可收放天线罩
B-29 由 3 个总装工厂生产，为了区别，在 B-29 型号后会注明产地缩写，例如 BW 是指波音威奇塔工厂，BA 指贝尔马丽埃塔工厂（虽然贝尔的工厂位于马丽埃塔市，但由于距离佐治亚州首府亚特兰大市很近，所以官方称之为 Bell-Atlanta，缩写 BA），MO 指马丁奥马哈工厂。由于边生产边改进，每个批次的飞机在细节上都会有所不同，为了区别各批次的飞机，在 B-29 型号与产地缩写之间会加入批次号，例如“B-29-1-BW”，就是指波音威奇塔工厂制造的第 1 批次的飞机。随着生产的累计，到 B-29 停产为止，波音的批次号达到了 100，马丁和贝尔也分别达到 60 和 65。
早期的作战经验指出 B-29 需要加强自卫火力来对付前方的战斗机，从第 40 批次开始，波音将其生产的 B-29 机背前炮塔的机枪增加到 4 挺，贝尔在第 10 批次开始引入了这项改动，而马丁制造的 B-29 从一开始就安装了四机枪炮塔。从第 25 批次起，波音加入了中翼段油箱，贝尔从第 5 批次开始引入，马丁由于投产较晚，所生产的 B-29 从一开始就具备中翼段油箱。从第 50 批次开始，波音使用 R-3350-41 发动机，马丁和贝尔随后在第 20 批次开始引入。R-3350-41 在散热方面有所改进，具备进气口导流板和交叉油路管道设计。
B-29“厄尼.派尔”号，注意机背前炮塔的机枪已增加到 4 挺，并去除了尾部 20 毫米炮
由于尾部 20 毫米炮的弹道特性与 12.7 毫米枪大不一样，部队反应其形同虚设。所以波音从第 55 批次开始去掉了 20 毫米尾炮，贝尔和马丁则都从第 25 批次引入这项改动。在生产的最后阶段，三家公司都开始使用 R-3350-57 发动机。
出于对遥控武器系统的不信任，一架 B-29-25-BW（42-2444）进行了有人炮塔的试验。这架飞机在机背前后和机腹前后安装了 4 个有人操纵的动力炮塔，腹部炮塔为球形，每个炮塔装备两挺 12.7 毫米机枪，并且在机身腰部两侧各安装一挺 12.7 毫米机枪，另外在机鼻两侧机身前方两侧增加一对球形炮塔，配备 12.7 毫米机枪。由于 B-29 的遥控自卫武器系统在实战中表现良好，所以中止了测试。
B-29-25-BW（42-2444），事实证明了 B-29 遥控自卫武器系统的有效