1943 年 12 月，美国决定 B-29 不用于欧洲战场，集中所有的 B-29 对日本进行战略轰炸。但此时大部份 B-29 仍然在改装中心等待标准化作战改装，但是由于大部分改装工作是在露天进行，受到冬季寒冷天气的影响而进展缓慢，并且改装工具和支援设备也不足，到 1944 年 3 月之前整个改装工程简直是一团糟。
威奇塔工厂外等待改装的 B-29
阿诺德将军在形势逼迫下命令助手 B.E.迈耶将军亲自介入改装工作。结果在 1944 年 3 月 10 日到 4 月 15 日间进行了史称“堪萨斯之战”突击改装工作，来自波音威奇塔和西雅图工厂的技师和专家们亲临改装第一线，制定了 B-29 改装时间表。工人和基地士兵在户外寒冷天气中日以继夜地工作，经过上上下下的超人努力，到 1944 年 4 月 15 日，第 20 轰炸机司令部终于获得了 150 架可以作战的 B-29。
“堪萨斯之战”纪念碑
乌尔夫将军将首批 B-29 充实到第 58 轰炸机联队中去。为了迷惑轴心国情报部门，掩护 B-29 在中缅印战场的部署，一架 B-29 在 1944 年 3 月特地在英国上空飞了几圈。但日本显然没有被愚弄，他们已经知道超级空中堡垒即将展开的行动。
1944 年 3 月 28 日，第 20 轰炸机司令部总部移至印度克勒格布尔（Kharagpur）机场。第 58 联队开始了飞往印度的漫长旅程，途经马拉喀什、开罗、卡拉奇，最后抵达印度加尔各答，总航程 18,552 公里，第一架 B-29 于 1944 年 4 月 2 日抵达印度查库里亚（Chakulia）机场。在加尔各答附近，原来的克勒格布尔、查库里亚、皮亚多巴（Piardoba）和杜昆迪（Dudkhundi）机场为 B-29 进行了扩建。所有这些基地都是 1942-43 年间为 B-24 解放者而建设的，距离加尔各答的港埠设施不是很远。这些基地的条件简陋，当首架 B-29 到达的时候，跑道仍在加长中。第 58 联队的总部和第 40 轰炸机大队的四个中队（第 25、44、45 和第 395 中队） 一起进驻查库里亚机场。4 月 23 日总部又搬迁到克勒格布尔。第 444 轰炸机大队（第 676、677、678 和第 679 中队）部署在新建的查拉（Charra）机场，于 4 月 11 日抵达。第 462 轰炸机大队（第 768、769、770 和第 771 中队）于 4 月 7 日到达皮亚多巴机场。第 468 轰炸机大队（第 792、793、794 和第 795 中队）于 4 月 13 日到达克勒格布尔机场。第 444 轰炸机大队稍后转移到杜昆迪机场，查拉成为运输机基地，供 C-87 和 C-46 使用。
1944 年 4 月 4 日，阿诺德将军为了避免中缅印战场指挥官（诸如陈纳德准将和史迪威将军）指挥第 58 联队执行战术任务，特别设立了一个机构来理顺隶属关系。这就是第 20 航空军，该机构完全自治，并由阿诺德将军通过参谋长联席会议的授权亲自指挥，担负起对日空袭的任务。1944 年 4 月 10 日，B-29 的对日轰炸正式有了名称——马特豪峰行动。
第 20 航空军徽章
B-29 进驻印度后就显得水土不服，4 月 15 日-22 日的一周时间内，就有 5 架因为发动机过热在卡拉奇坠毁。所有 B-29 机队都停飞等待查明事故原因，赖特的工程师在当地调查后发现卡拉奇地面温度常常超过 46 度，在此高温下 B-29 在满功率起飞时 R-3350 发动机后排汽缸由于缺乏足够的冷却空气，温度迅速上升，排气管在高温高压下熔化而发生事故。赖特的工程师设计了进气口整流板将冷空气导向受影响的区域，并改进整流罩排气门以改善冷却效率。另外的改进就是为前后排上面 5 个气缸安装交叉油管改善后排气缸的燃油供应。经过这些改进后，B-29 开始重新在印度上空飞行。
在印度的高温下，B-29 显得有些水土不服
到 1944 年 5 月 8 日，第 58 联队已经有 130 架 B-29 部署到了印度。在接下来的一个月中，四个轰炸机大队的 B-29 共飞行了 2，867 小时，但其中 2,378 小时（83%）用在了运输作业上，50 小时其他作业，用于训练的只有 439 小时，第 58 联队的 240 个机组平均每个不到两小时。
1943 年 11 月中国军民开始在成都周围为 B-29 修建四个机场：广汉、邛崃、新津和彭山。由于缺乏重型机械，多数施工都要人力来完成，所以进展缓慢。直到来年 5 月份才完工。
中国军民人力建起了可供 B-29 起降的机场
马特豪峰行动的最大缺陷在与要将大量的燃料、炸弹和零备件存放在中国前方基地上，需要进行大规模的空运。为此动用了两种 B-24 派生的运输机，一种是 C-87，另一种是 C-109 燃料运输机。有许多炸弹和燃油是 B-29 自行运输到中国的，执行燃料运输任务时 B-29 可在弹舱内加装两个巨大的油箱，每架飞机可以装 3 万升。驼峰航线十分危险，为此每一次印度到中国的运输任务都可以算成作战任务，机组可以在 B-29 驾驶舱下方绘上相应数量骆驼图案。
C-87 解放者快运
1944 年 4 月 26 日，中缅印战场的 B-29 首次与敌人遭遇。查尔斯.汉森的机组在一次飞往中国运送燃料任务中遭遇六架 Ki-43 隼式战斗机的攻击，最后敌机被击退，但一名乘员受伤。
注意背景上 B-29 代表运输任务的骆驼标记
1944 年 6 月 5 日，B-29 终于开始了对日本目标的第一次轰炸。任务由已经接替哈曼担任第 58 联队指挥官的桑德斯准将亲自率队，98 架 B-29 从印度起飞轰炸曼谷马卡桑（Makasan）铁路枢纽。往返航程长达 3,638 公里，创下了开战以来轰炸作战航程之纪录。起飞后有 14 架 B-29 因为发动机故障而被迫退出，机群飞抵目标后，发现天气恶劣无法目视轰炸。机群在低于原定的高度进行了雷达瞄准轰炸，但只有十八枚炸弹命中目标区。返航时有 5 架 B-29 在着陆时失事，还有 42 架由于燃料短缺而降落到其他机场。B-29 的第一次任务很不成功，而且自身的所有损失都不是敌人造成的。