机体方面需要做的改动很少，其中最明显的是进气口加大，并呈椭圆形。发动机尾喷管做了修改，向外、向下略有偏转；翼尖增加了角度，以求提高巡航航程；利用发动机气流的增大，附面层控制系统也得到了提高，从而进一步降低了“掠夺者”的起飞和着陆速度；因为预计载弹量将有较大提高，起落架也得到了加强；此外还采用了一套新的电力系统。为了解决弃机逃生问题，座舱盖上敷设了微型引爆线，在紧急情况下可以炸碎座舱盖，便于飞行员逃生。
最初那批预生产型飞机中的两架接受了“斯贝”发动机的改装。第一架安装“斯贝”发动机的“掠夺者”于 1963 年 5 月 17 日首飞。试飞项目进行得“掠夺者”S.1 更加顺利，没有因为事故而损失飞机。1965 年夏，三架原型机前往美国进行高温条件下的试飞，并在“莱克星顿”号航母（USS Lexington）上进行了舰上试验。试验结束后，一架“掠夺者”从加拿大古斯湾（Goose Bay）起飞，在中途不加油的情况下飞越大西洋返回洛西茅斯，共用时 5 小时 16 分钟，飞行 3,138 千米（1,950 英里），淋漓尽致地展现了其极佳的航程。这也是英国海军航空兵首次完成不间断的跨大西洋飞行。
XK526 被改装为 S.2 原型机，于1963 年 5 月 17 日首飞
1965 年 10 月，“掠夺者”S.2 在第 801 中队加入海军航空兵战斗序列。但此时的情况已经越来越清楚地表明，大型航母在皇家海军服役的日子已经屈指可数，这也给“掠夺者”的前景增加了不确定因素。霍克-西德利（它于 1963 年兼并了布莱克本，同时也就接管了“掠夺者”）提出了多种“掠夺者”的改进方案，但都没能引起皇家海军的兴趣。
“掠夺者”S.2 的入役受到了两次事故的冲击：1966 年 6 月，一架“掠夺者”在弹射起飞后坠入海中，起先事故被归咎为飞行员操作失误，但 1966 年 10 月，负责调查这起事件的一名试飞员在同样的情况下再次发生了坠机事故。后来终于查明，“掠夺者”在弹射起飞后容易出现一定程度的不稳定现象。为了解决这个问题，在空气动力和操作流程方面做了一些小的改动，但在特定的起飞条件下，仍需要飞行员保持高度的警惕。
1966 年 3 月，罗得西亚（津巴布韦）宣布独立，恰好此时“鹰”号接替“皇家方舟”号（HMS Royal Ark），开始在东非执行巡逻任务，其搭载的第 800 中队因而参与了对罗得西亚的石油封锁行动（代号为“贝拉巡逻”Beira Patrol），直到 9 月返回洛西茅斯。1967 年 3 月底，“掠夺者”取得了击沉大型舰船的唯一战果：来自第 800 和第 736 中队的“掠夺者”用 450 千克炸弹炸沉了泊锚在康沃尔郡 Land’s End 附近的废弃油轮“托利谷”号（Torrey Canyon）。令人啼笑皆非的是，此次攻击的目的并不是击沉油轮，而只是配合携带燃烧弹的“猎人”（Hunter）和“海上雌狐”（Sea Vixen）将船上的原油点燃，以防对海岸造成污染。
与此同时，皇家海军改进了“掠夺者”，使其可以携带“战槌”（Martel）精确制导导弹。“战槌”有两种不同的型号：反雷达型 AS.37 和电视制导型 AJ.168。尽管此时“掠夺者”的前途未卜，但由于“战槌”导弹可以使飞机的性能获得显著的提高，皇家海军仍然认为有必要进行改装。有关的改装工作于 1966 年 9 月正式启动，改装后的“掠夺者”可以携带 4 枚“战槌”，分别挂在 4 个翼下挂架上。为了挂载这种导弹，翼下挂架都被加大，由此带来的一个间接好处是，每个挂架可以使用三联装弹射导轨，从而可以携带 3 枚 450 千克炸弹。不过三联装导轨实际上从未用到，倒是双联装导轨还有时被用来挂载 2 枚 225 千克炸弹。除此之外，“掠夺者”还做了一些结构上的加强和改动；后座操纵台也做了修改，增加了 AJ.168 所需的电视显示屏和操纵杆。载机与 AJ.168 之间的联系是通过挂在翼下的一个纺锤状数据链吊舱来完成的，因此，“掠夺者”虽然可以挂载 4 枚反雷达型“战槌”，但必须携带数据链吊舱意味着它最多只能挂 3 枚电视制导型“战槌”。
AS.37（上）与AJ.168
“战槌”改装项目多少显得有些旷日持久，第一架可以携带“战槌”导弹的“掠夺者”直到 1972 年 10 月末才交付给皇家海军，而当时计划“掠夺者”在 70 年代中期就将从海军航空兵退役。不过这份时间表稍微推后了一段时间，皇家海军的最后一架“掠夺者”最终于 1978 年 12 月退役。
“掠夺者”逐步退出皇家海军的过程也是英国航母力量走向衰落的历史。1966 年对皇家海军来说是灾难性的，新上台的工党政府决定取消新型航母 CVA-01 的建造计划，而原有的航母受尺寸的限制，在搭载诸如“掠夺者”、“海上雌狐”和“弯刀”等较大、较重的舰载机时已逐渐显得力不从心。1970 年 7 月，由于“竞技神”号（HMS Hermes）航母被改造成直升机母舰，配属该舰的第 801 中队被解散。1972 年，因为“鹰”号退役，第 800 中队于 2 月被解散，被殃及的还有第 736 训练中队，因为训练任务已转由皇家空军承担。1973 年，洛西茅斯海军航空站也交由皇家空军管理。所幸“皇家方舟”号还在服役，第 809 中队的“掠夺者”才得以保留。不过好景也不长，1978 年“皇家方舟”号最后一次入坞，第 809 中队将“掠夺者”移交给皇家空军，随后宣布解散。
鼎盛时期的“方舟”号
“掠夺者”项目之初，美国海军曾对这种飞机流露出些许兴趣，但很快就转而自行发展类似的格鲁曼 A-6“入侵者”（Intruder）。西德倒是表示出浓厚的兴趣，考虑用它来替换其陈旧的霍克“海鹰”（Sea Hawk），但最终还是选择了用洛克希德 F-104G 来满足海上打击的需要。因此，“掠夺者”的出口用户就只剩下了南非一家。
早在“掠夺者”S.2 正式服役之前，南非就于 1963 年 1 月订购了 16 架采用“斯贝”发动机的“掠夺者”。这份订单是“西蒙斯顿协议”（Simonstown Agreement）的一部分，根据协议，英国取得了南非西蒙斯顿海军基地的使用权，同时将向后者提供海军装备以作为回报。南非空军希望能用“掠夺者”执行反舰攻击任务。