第一架原型机 Ar 240V1，注意座舱与主翼的相对位置，比较靠后
帝国航空部 C 处（C-Amt，RLM 的技术与航空武器分部）的一份进度报告显示：直到 1941 年 2 月，安装 DB601 引擎的 V1 原型机都在阿拉道进行各种测试。该机在同年 5 月换装新式的 DB603E 引擎。机身测试一直进行到 1941 年 7 月。V1 原型机的相关记载自 1941 年 10 月起就从各种档案中消失了。
Ar 240V1 的主翼翼展为 14.3 米，全长 11.8 米，空重 5,200 千克，起飞重量 8,000 千克 。 阿拉道 Ar 240V2
Ar 240V2 的工厂序列号为 240002，除此之外，我们既不知道该机的无线电呼号也不清楚它的首飞日期，不过许多出版物将 DD+CE 这个可疑的无线电呼号给了 V2。一份出自 1940 年 9 月 1 日的帝国航空部 C 处报告显示，其时 V2 原型机正在接受阿拉道公司的内部测试。1941 年 2 月底，V2 从阿拉道机场转场至雷希林（Rechlin）接受量产前的验收试飞。在 1941 年 5 月之前，V2 原有的 DB601 引擎被更换为 DB603E，这就为 1941 年 4 月 6 日的那次维护试飞提供了解释。1941 年 5 月到 1942 年 2 月间进行了引擎与武器测试，V2 的机载武器包括 2 挺 MG17 机枪与 2 门 MG151 航炮。1941 年 11 月，该机在通过俯冲轰炸的初步测试后换装了新式副翼。据考证，德国人曾有在 1941 年 12 月初恢复 V2 试飞工作的计划。
RLM 派驻阿拉道公司的观察员在 1941 年 11 月的月度报告里提到 V2 当时安装有 2 台 DB601E 引擎，而此后幸存下来的报告里再也没有出现过 V2 的字样。V2 的外观尺寸与 V1 相似，只是前者的重量有所增加：空重 5,425 千克，起飞重量 8,190 千克。
无线电呼号 KK+CD，工厂序列号 240003。已知 V3 原型机最早的一次飞行是 1941 年 5 月 9 日的维护试飞，在完成服役测试后，该机曾多次前往英国上空执行侦察任务。Ar 240 的座舱自 V3 起就向机鼻方向进行了移动，机尾部分的俯冲减速板被装有尾鳍的尾锥取代。关于最初安装在 V3 上的引擎有多种看法，一种认为是 2 台 1,175 马力的 DB601A，然而根据帝国航空部 C 处的报告，V3 在阿拉道进行测试时安装的是 Jumo213，另有报告指出 V3 在 1941 年 2 月之前换装了 DB601E，这倒是与出自 1941 年 11 月的 BAL（RLM 中负责工程监督的机构）月度报告相吻合，该档案还揭示了当时 V3 正在进行增压座舱测试。Ar 240V3 的试飞活动一直持续到 1942 年 2 月。
阿拉道 Ar 240V3 原型机
Ar 240V3 后视图，可见无线电呼号 KK+CD 的一部分，后射炮塔内尚未安装机枪
在主翼构造上，V3 取消了前缘缝翼。阿拉道与 DVL（Deutsche Versuchsanstalt fuer Luftfahrt e.V.，德国航空研究院）合作开发了一款新式遥控系统 FA-9，用于控制后射自卫武器（FDL-131Z），V3 是最早安装 FA-9 的 Ar 240 原型机。FA-13 后来取代了 FA-9，不过和 FA-9 一样，FA-13 的表现也无法让人满意。
准备起飞的阿拉道 Ar 240V3
V3 的最后一次试飞可能发生在 1944 年 4 月 18 日，地点在阿尔特吕纳维茨（AltLoennewitz）。翼展保持不变，V3 的全长增加到 12.38 米，空重增加到 5,970 千克。
V3 原型机的制造过程被拍成照片保存下来，这张照片是从机鼻处拍摄的 制造中的 V3 原型机的座舱
Ar 240V3 的后机身 V3 原型机的发动机舱
