高空飞行对臭氧层的破坏是有案可查的，只不过军用超音速飞机一般还是以亚音速巡航，影响相对较小。但大量的民航超音速飞行对臭氧层的影响，引起公众极大的疑虑，毕竟热爱在太阳下“烤肉”的人们不希望增加患皮肤癌的可能。亚利桑那大学的科学家在美国国会作证，500 架超音速客机在美国上空夜以继日地穿梭飞行，将每年增加 1 万名皮肤癌患者。虽然这后来被证明为夸大其词，但在大陆上空的民航超音速飞行在公众和舆论中已经被判了死刑。
协和式的加力发动机烧黑烟的问题一直没有解决，在环保成为时尚、反叛成为新潮的 60 年代，这是罪不容赦的死罪
但是老实说，在滚滚黑烟和轰鸣的滚雷中，看着这洁白的天鹅仰首跃起到天空，要是不考虑环保的事情的话，确实是一种享受。本人有幸在航展中经历过一次，印象太深刻了
限于发动机技术，超音速客机的发动机在低速时的推进效率较差，燃烧效率也不好，协和式起飞时遮天蔽日的黑烟，也引起对环境污染日益敏感的公众极大的不满。
公众的反对只是问题的一半。为了最大限度地减小超音速巡航阻力，超音速客机的机舱截面尺寸都是尽可能小。这样一来，机舱十分局促，不利于增加载客量。超音速客机需要异常长的跑道，不仅限制了可以起降的机场，也增加了航空公司的运营成本，机场当局是不会让你免费使用额外资源的。波音 747 和其他宽体客机的出现使亚音速客机的载客量大大超过了超音速客机，单位油耗大大降低，协和式的人-公里油耗 3.5 倍于波音 747，使本来对超音速客机有利的经济算盘完全颠倒了过来。更要命的是，第一代超音速客机的航程很尴尬，用作跨越大西洋的纽约-伦敦或者纽约-巴黎的飞行足够了，但是迈阿密-伦敦就是紧巴巴的，迈阿密-巴黎就不够，跨越太平洋更不够，旧金山到东京的航线必须在夏威夷或中途岛停一下，加油再飞。这样一来，不需要中途加油的高亚音速的波音 747 反而可以先抵达东京，747 宽大的机舱还为旅客提供了舒适得多的环境。而这时正好是超音速客机十月怀胎的关键时刻。
环保和油耗问题使协和式的商业生存力大受危害，但 1973 年的石油危机成为压断骆驼脊背的最后一坨巨石。各国航空公司本来争先恐后下的意向性订单，一夜之间全像烈日下的露珠一样挥发了。协和式一共生产了 20 架就早早停产了，其中两架是原型，两架是预生产型，两架生产型从来没有用于航班飞行，14 架最后进入航班飞行的生产型协和式中，只有 9 架是“按标价”由政府补贴出售给英国和法国的国营航空公司，剩下的 5 架全是以 1 英镑或 1 法郎的象征性价格无偿转让的。
英法从来没有公布过协和式计划的总投资，后人估计达 76 年币值 11 亿英镑，或者 2000 年币值 110 亿美元，另有说法是计划总投资最后超过预算 6 倍。协和式的单价为 1977 年币值 4,600 万美元。由于政府出资购买飞机，英航的协和式航班利润有 80% 要上交国家，作为对政府贷款的偿还。这也是英航的协和式航线尽管一直赢利，但对于继续经营并无积极性的原因。在惨淡经营近 30 年后，协和式遇上 911 和巴黎空难，最后于 2003 年 9 月退出航班服务，所有剩下的飞机都散失到各地的博物馆去了。
在美国国会一年后取消协和式在纽约肯尼迪机场起落的禁令之后，协和式的首选目的地纽约依然在公众舆论的反对下禁止协和式在纽约起陆。还好上帝关闭一扇门，总是打开一扇窗。在美国运输部长的特许下，华盛顿机场决定容许协和式起落，尽管协和式在进入美国大陆上空后必须减速至亚音速以避免音爆的问题。势利的纽约人不堪忍受华盛顿有协和式的航班而纽约没有，也终于容许协和式在纽约起降了。1977 年 11 月 22 日，英航和法航终于开通了伦敦和巴黎到纽约之间的协和式航班，英航一天两班，航班号为 BA001 到 004，单号为伦敦到纽约，双号为纽约到伦敦；法航一天只开一班，AF001 是纽约到巴黎，AF002 是巴黎到纽约。
新航涂装的协和式，这只是飞机的一半，另一半还是英航的涂装
1977 年里，新加坡航空公司和英航合作，开辟伦敦经巴林到新加坡的超音速航线，飞机右边用英航的涂装，左边用新航的涂装。不过马来西亚和印度以音爆为由，相继禁止协和式以超音速飞越领空，1980 年这条航线就放弃了。1978 年墨西哥石油勃兴的期间，法航开辟巴黎经由纽约或者华盛顿到墨西哥城的协和式航线，在美洲上空的航线减速到亚音速，只有在墨西哥湾上空可以短暂地达到超音速。这条航线在 80 年代初世界经济危机的重压下，很快陷入亏损，后期飞机几乎空无一人，只好在 1982 年关闭航线。不过法国人死脑筋，要是稍微拐一下，从巴哈马绕道，可以极大地避开在大陆上空不得超音速的禁令，英航后来用协和式作为包机飞到墨西哥城或者海边度假胜地阿卡波尔科走的就是这条路。
1978 年，廉价航空的先驱 Braniff 与英航和法航达成协议，将协和式到华盛顿的航线延伸到休斯敦，当然整个大陆航段都是亚音速的。不过票价太贵，赢利不好，机舱通常只有半满，到 1980 年也中止了。
1984 年，英航开辟了伦敦经由华盛顿到迈阿密的协和式航线，在飞越北卡罗来那海岸线之后，可以在海上飞 6-7 分钟的超音速，然后就要准备在迈阿密降落了。不过这条航线的生意也不怎么样，机上通常只有二三十个旅客。由于载客量少，飞机较轻，有时候华盛顿天气不好，索性从迈阿密直飞伦敦。最快的速度记录是载 70 名乘客时，用 3 小时 47 分钟飞行 7,400 公里，这差不多是温哥华到东京的距离了。这条航线在 1991 年也关闭了。但这个飞法只能保证从迈阿密到爱尔兰，到了爱尔兰后，飞机上要和伦敦核实还有足够的燃油，才可以直飞伦敦，否则必须在爱尔兰降落加油。
协和式经常被用来作包机飞行，其中比较出名的是 1992 年 10 月 12 到 13 日的环球飞行。法航的一架协和式从葡萄牙的里斯本出发，在多米尼加的圣多明戈、墨西哥的阿卡波尔科、夏威夷的火奴鲁鲁、关岛、曼谷和巴林加油，最后以 32 小时 49 分钟 3 秒的时间，创造了环球飞行的速度记录。1995 年 8 月 15 到 16 日，同一架飞机自西向东飞，从纽约起飞，经图卢兹、迪拜、曼谷、关岛、火奴鲁鲁和阿卡波尔科，最后以 31 小时 27 分 49 秒完成环球飞行。