VC-25A安装有5个ALQ-204“斗牛士”干扰机
尾部与发动机挂架上的ALQ-204，APU排气管两侧的就是AAR-54导弹告警系统，下方是AAQ-24“复仇女神”DIRCM
国会山的立法者们威胁要调查飞机延误交付后，空军在1990年8月23日正式了接收首架VC-25A。同年9月6日一架VC-25A进行了首次搭载总统的飞行，登机的是乔治·H·W·布什（小布什）。
当年12月20日第二架飞机也交付了。比尔·克林顿和乔治·W·布什总统都曾使用过这架飞机。
9/11中的空军一号
2001年9月11日美国遭遇恐怖袭击，VC-25A在这天执行了重要任务。空军一号在返回华盛顿特区前载着乔治·W·布什总统从佛罗里达州飞到路易斯安那州，然后是内布拉斯加州。之所以列出空军一号在9/11事件中的形程是因为这提醒了我们总统专机并不是仅仅涂上了军用机徽的客机，她们一直都是为战时任务而生的军用飞机。除作为运输机外，空军一号更是一所飞行指挥部，承担了许多之前波音E-4B的指挥和控制任务，后者也是747-200的改型。
9/11期间，待命在佛罗里达州坦帕附近迈克迪尔空军基地的VC-25A 82-8000被指定为布什总统的专机。由于姐妹机92-8000正在威奇托维护，所以总统的备份机是一架C-32A——波音757-200军用型。
布什在萨拉索塔一所学校中断预定演讲后，登上空军一号匆匆飞往路易斯安娜州的巴克斯代尔空军基地，然后又飞到内布拉斯加州美国战略司令部所在的奥福特空军基地。此时尚不清楚一共有多少客机被劫持，空军一号被告知可能会成为袭击目标，并获得了战斗机护航。由于VC-25A一般不会进入需要护航的空域，所以这一情形是相当罕见的。
911事件中空军一号的飞行路线
政府还启动了之前在真实世界中从未启用的战备预案。根据COG（政府连续性）预案（也被称为森耐科斯，森耐科斯-SENEX是高级管理的缩写），对副总统迪克·切尼和众议院议长丹尼斯·哈斯特这两位总统继任人进行了保护。
布什在空中渡过的当天的大部分时间。他否决了要求他躲入科罗拉多州夏延山北美防空司令部地下堡垒避难的建议，而是返回华盛顿并在当晚于白宫发表了电视讲话。
911期间，布什在空中渡过的当天的大部分时间
战略司令部指挥官海军上将詹姆斯·O·埃利斯爵士，后来抱怨9/11布什在空军一号上时无法与白宫的国家安全委员会取得联系，甚至无法收看有线电视。“在当天的危急时刻。”埃利斯说：“总统对空军系统有着大量的要求、对纵横全国的通讯网络有着大量的要求，但空军一号与领导班子间的通讯却无法令总统满意，于是只能选择一处能满足通讯要求的安全地点（奥福特）降落。”
空军一号通讯能力不足的问题促使美国空军耗资5800万美元研制总统数据系统（PDS），以增强两架VC-25A的带宽、卫星通信和视频会议能力。并计划在2013财年进行第二轮通讯能力升级。
历史上的总统专机
首先使用“空军一号”这个无线电呼号的是波音VC-137A“平流层客机”（序列号58-6970）“奎妮”号。当50年代后期德怀特·D·艾森豪威尔在一次出行中乘坐该机时，“奎妮”成为第一架搭载了总统的喷气式飞机。这也意味着“空军一号”这一称谓不适用于1942年把富兰克林·D·罗斯福总统送到卡萨布兰卡的波音315“飞剪”（NC18606）或罗斯福和哈利·S·杜鲁门总统乘坐过的首架总统专机道格拉斯C-54C“空中霸王”（42-107451）“圣牛”号。杜鲁门后来还使用过一架道格拉斯C-118（46-505）“独立”号，该机是DC-6客机的改型。艾森豪威尔使用过至少三架固定翼飞机，包括一架洛克希德C-121A“星座”（48-610）“哥伦拜恩II”号、一架C-121E“超级星座”（53-7885）“哥伦拜恩III”号和一架Aero L-26B“指挥官”（55-4647）。除了“指挥官”外。所有上述美国空军飞机在作为总统专机期间都在军用编号前加上了V前缀，表示这是一架要员（VIP）运输机。
首先使用“空军一号”这个无线电呼号的是波音VC-137A“平流层客机”（序列号58-6970）“奎妮”号
1942年把富兰克林·D·罗斯福总统送到卡萨布兰卡的波音315“飞剪”（NC18606）
杜鲁门总统的专机——VC-54C“空中霸王”（42-107451）“圣牛”号
杜鲁门总统的专机——道格拉斯VC-118（46-505）“独立”号，机头绘有鹰头图案
