Me 209V4 的座舱
Me 209V4 的动力装置为一台 1,100 马力的 DB601A 型发动机。Me 209V4 最初保留了前三架原型机上的蒸发冷却系统，但该装置在试飞中故障不断，设计人员在第 8 次试飞后将其换为装在两翼内侧后下方的两个小型低阻散热器，但该系统的表现依然令人失望。在后期的测试中，设计人员再次对 Me 209V4 的设计进行了修改：更换了新的机翼，新机翼的翼展增加到 10.04 米，前缘缝翼被取消；发动机换为起飞功率为 1,200 马力的 DB601N 型，动力虽然增加了，但因飞机重量也同时增加到 6,173 磅，飞机的动力性反而有所下降。与此同时，散热系统的问题依然困扰着 Me 209V4，设计人员只得再次更换冷却系统，用一个半埋装在机腹的大型散热器取代了翼下的两个小型低阻散热器。然而，在换装新的散热器后，Me 209V4 的性能却大幅下降，甚至低于现役的 Bf 109E 战斗机，更为糟糕的是，Me 209V4 的飞行品质十分恶劣，非常难以控制，驾驶该机对于最优秀的飞行员来说都是一件相当困难的任务。
Me 209V1 和 V4 比翼齐飞，注意 V4 机翼下的小型低阻散热器
由于存在诸多难以克服的缺陷，Me 209V4 的发展计划没进行多久就被放弃。
Me 209V4 三面图
尾声
Me 209V4 下马后，整个 Me 209 的故事似乎也该告一段落，但事情并未就此结束。1943 年 4 月 23 日，航空部提出研制一种高空战斗机，为了与福克－沃尔夫公司的 Ta 152 竞争，梅塞施米特拿出了新的 Me 209 方案，该方案也被称 Me 209II。Me 209II 虽然沿用了 Me 209 这个编号，但它在设计上与原先的 Me 209 毫无关系，完全是一种全新的机型。Me 209II 以德国空军当时现役的 Bf 109G 战斗机为设计蓝本，并大量使用后者的部件。Me 209II 虽然是从 Bf 109G 发展而来，外形也与 Bf 109G-10 有几分相似，但前者的外形尺寸却增加不少，其中最显著的变化是翼展增加到 10.95 米，机身长度、桨叶直径也有所增加。Me 209II 的动力装置为一台 1,750 马力的 DB603A 发动机，螺旋桨为直径 11 英尺 1.5 英寸的梅塞施米特 P8 螺旋桨。
Me 209II 首架原型机 Me 209V5
Me 209V5 三视图
Me 209V5 侧面剖视图
Me 209II 的首架原型机是 Me 209V5，该机于 1943 年 11 月 3 日由弗里茨•温德尔驾驶完成首飞。Me 209II 第二架原型机 Me 209V6 于 1943 年 12 月 22 日完成首飞。第三架原型机 Me 209V7（后来被航空部命名为 Me 209A-2）在首飞后即更换了 DB603G 型发动机和更高的垂直尾翼，换发后 V7 于当年年末重新开始试飞，该机曾在试飞中飞出 417 英里/小时的高速。由于当时 DB603 系列发动机供应紧张，梅塞施米特为 V5 和 V6 换上了容克斯公司生产的 Jumo213E 发动机，机头的散热器也随之变为环形，试飞表明，改用容克斯发动机后，飞机的整体性能与使用戴姆勒－奔驰发动机时没有两样。
Me 209V6 七视图
最后一种使用 Me 209 编号的飞机是一架名为 Me 209H-V1 的高空战斗机原型机，该机配备一台 DB603G 发动机，是 Me 209II 的一个发展型。Me 209H-V1 于 1944 年 6 月完工，到次年 1 月才完成首飞。到此时，航空部早已选定 Ta 152H 为新一代高空战斗机，并已开始少量装备，再加上梅塞施米特将大部分精力都放到喷气飞机的开发上，所以 Me 209II 的发展工作没有再继续进行下去。
Me 209H-V1 二视图
表格：He 100V8、Me 209V1和 Me 209V4 技术规格
附录：P.1106——喷气 Me 209
在二种末期德国各航空企业提出的名目繁多的“计划战斗机”中，有一种外形和布局酷似 Me 209 的喷气战斗机设计方案。该方案于 1944 年夏由梅塞施米特公司提出，公司内部代号 P.1106。P.1106 是一种单发单座轻型喷气战斗机，它采用了机头进气设计，发动机装在机身前下方，发动机尾喷口设在机身中下方，从而在机身上形成一个“断阶”造型。发动机上方为一个容量为 2,100 升的燃料箱，其后方为单人增压座舱，座舱设在机身后方，与 Me 209 如出一辙，而 Me 209 视野不佳的缺点也被 P.1106 继承下来。P.1106 采用了后掠翼布局，翼展 7.4 米，为了加快研制速度，P.1106 的机翼直接取材自 Me 262 战斗机。在早期的设计方案中，P.1106 的水平尾翼为 T 字型，后期型改为 V 字型。P.1106 的动力为一台推力为 1,300 公斤的亨克尔－希尔斯 HeS 011 涡喷发动机，据设计人员计算，P.1106 的最大速度可达 1,090 公里/小时（高度 6,000 米），最大升限 14,000 米。P.1106 的起落架为前三点式，前起落架向后收入发动机进气道下方的起落架舱内，主起落架向内收入位于机身两侧的主起落架舱内。武器方面，P.1106 配备有 2 门 MK-108 型 30 毫米机炮，必要时机炮的数量可以增加到 5 门，所有机炮全部安装在机鼻除，除固定前射武器外，该机还可携带 500 公斤炸弹。1945 年 2 月，设计人员发现 P.1106 的阻力要比原先预计大的多，而且性能逊于已经进入原型机装配阶段的 P.1101，梅塞施米特随后取消了 P.1106 的后续发展计划。
丑陋的 P.1106
早期的设计方案中，P.1106 的水平尾翼为 T 字型